[發明專利]一種用于定量檢測IKZF1基因突變的試劑盒

有效

• 申請號: 201310047359.X
• 申請日: 2013-02-06
• 公開（公告）號: CN103103284A
• 公開（公告）日: 2013-05-15
• 發明（設計）人: 阮國瑞;黃曉軍;江濱;劉開彥;陳珊珊;江浩;劉艷榮;賴悅云;李玲娣;冷馨;黎寧
• 申請（專利權）人: 北京大學人民醫院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢

技術領域

本發明涉及一種用于定量檢測IKZF1基因突變的試劑盒。

背景技術

Ph陽性白血病包括慢性髓性白血病(chronic?myelogenous?leukemia，CML)和某些急性淋巴細胞白血病(acute?lymphoblastic?leukemia，ALL),其始作俑者是Ph染色體導致的BCR-ABL1融合基因。然而，以BCR-ABL1為靶點的治療對某些Ph陽性白血病卻并不見效。最新研究發現，在這類白血病的發生及進展過程中，包括IKZF1基因缺失在內的其他遺傳學因素的作用也不可忽視。

IKZF1基因編碼一種具有鋅指結構的轉錄因子蛋白，在淋巴細胞的分化和發育過程中起著重要的調控作用。IKZF1基因的下游產物Ikaros是淋巴細胞特異性轉錄因子。IKZF1基因缺失可導致Ikaros表達的不足、顯性失活或完全喪失。

IKZF1突變主要見于ALL，約20%的兒童B-ALL、15～30%的成人B-ALL和5%的T-ALL患者有IKZF1突變。BCR-ABL1陽性B-ALL患者常伴有IKZF1基因突變，MLL相關融合基因陽性的ALL患者也可伴有IKZF1突變，約20%染色體核型正常的ALL患者中可檢測到IKZF1基因突變。IKZF1突變發生于基因組水平，是ALL發病的一個重要促進因素，也是ALL患者獨立的預后不良因素。IKZF1突變很少發生于髓性白血病，但約86%的CML患者急淋變時可檢測到發生IKZF1突變，是CML患者急變的重要促進因素。

目前，檢測IKZF1突變的方法主要為測序的方法，不能定量分析IKZF1突變的水平。

發明內容

本發明的一個目的是提供一種用于定量檢測IKZF1基因突變的試劑盒。

本發明所提供的用于定量檢測IKZF1基因突變的試劑盒，由引物對和探針組成，引物對的一條引物序列如SEQ?ID?No：1所示，另一條引物序列如SEQ?ID?No：2所示，探針的序列如SEQ?ID?No：3所示。

SEQ?ID?No：1和SEQ?ID?No：2所示引物對和SEQ?ID?No：3所示探針在制備定量檢測IKZF1基因突變的試劑盒中的應用也屬于本發明的保護范圍。

上述技術方案中，所述IKZF1基因突變可為單純的缺失突變，還可為缺失突變和插入突變并存，還可為缺失突變和替換突變并存；

以野生型IKZF1基因的全基因組序列(NCBI?Reference?Sequence:NT_079592.2)為參照物來描述該突變應當滿足的條件，該突變必須滿足如下條件：

1）缺失突變、插入突變或替換突變均發生在參照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸之間；（參照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸實際上位于參照物的第2內含子-第6內含子這段區域內）

2）在參照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸之間，發生所述突變后，所剩余的DNA片段大小能夠被SEQ?ID?No：1和SEQ?ID?No：2所述引物對擴增得到PCR擴增曲線。

本發明提供的引物對和探針，可以用于定量檢測IKZF1基因突變水平，且簡便、靈敏，從而用于血液腫瘤患者（特別是ALL白血病患者、CML急淋變患者）的輔助診斷、MRD監測、預后的評估等等，將在醫學檢測領域發揮重要作用。

附圖說明

圖1為IKZF1基因突變測序結果。

圖2為標準曲線。

圖3為對病人樣本的靈敏度檢測結果圖。

具體實施方式

下述實施例中所使用的實驗方法如無特殊說明，均為常規方法。

下述實施例中所用的材料、試劑等，如無特殊說明，均可從商業途徑得到。

實施例1、檢測IKZF1基因突變

一、檢測樣本

成人初診為ALL306例，非霍奇金淋巴瘤(non-hodgkin's?lymphoma,NHL)10例，慢性淋巴細胞白血病(chronic?lymphoblastic?leukemia，CLL)21例，診斷標準依據世界衛生組織新的分型標準。提取DNA的樣本為上述患者的外周血或骨髓，均經過患者的知情同意。

二、測序方法檢測IKZF1基因突變