[發明專利]一種利用網絡結構信息識別顯著生物通路的方法

無效

• 申請號: 201310028142.4
• 申請日: 2013-01-24
• 公開（公告）號: CN103093119A
• 公開（公告）日: 2013-05-08
• 發明（設計）人: 顧祖光;范垚;李捷;王進
• 申請（專利權）人: 南京大學
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 江蘇圣典律師事務所 32237
• 代理人: 胡建華

1.一種利用網絡結構信息識別顯著生物通路的方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟（1），輸入基因芯片數據，選擇基因ID類型；

步驟（2），整理和使用公共的生物通路數據集，將基因芯片所含基因歸屬到所屬已知的生物通路中；

步驟（3），使用生物通路的網絡結構信息和基因芯片的表達信息計算每條生物通路的差異性總得分；

步驟（4），構建隨機對照數據，計算每條生物通路的顯著性p值；

步驟（5），對計算出的p值進行多假設檢驗的FDR控制，即對原始p值進行校正；

步驟（6），根據設定的修正后的p值的閾值，判斷每條生物通路的顯著性是否符合閾值要求，如果判斷結果為否，則拋棄；如果判斷結果為是，則輸出識別結果。

2.根據權利要求1所述的一種利用網絡結構信息識別顯著生物通路的方法，其特征在于，步驟（3）中使用生物通路的網絡結構信息和基因芯片的表達信息計算每條生物通路的差異性總得分具體包括以下步驟：

（11）將生物通路中的基因映射為網絡節點；

（12）計算網絡中心性指標；

（13）使用基因芯片數據判斷網絡節點被差異表達影響的程度；

（14）計算生物通路整體差異性的總得分。

3.根據權利要求2所述的一種利用網絡結構信息識別顯著生物通路的方法，其特征在于，步驟（12）中所述的網絡中心性指標包括三種中心性值向量：

a)度：與網絡中某個節點直接相連的節點個數，衡量一個基因調控其他基因的個數，按照網絡邊的方向，度分為入度和出度；

b)最短路徑中間性：衡量經過一個節點的信息流數量，在網絡結構中，衡量起樞紐作用的關鍵基因，定義為，

Cspd(v)=Σs≠v∈VΣt≠v∈Vσst(v)σst,]]>

其中，C_spd(v)是節點v的最短路徑中間性的得分，σ_st是節點s到節點t最短路徑的條數，σ_st(v)是節點s到節點t經過節點v的最短路徑的條數，V是生物通路的網絡結構；

c)最大傳播距離：衡量節點信息所能傳播或者接受的最遠距離，在網絡結構中，衡量基因所能調控的深度，具有方向性的，記為入最大傳播距離和出最大傳播距離計算方法為，

Clrin(v)=maxw∈V{d(w,v)},]]>

Clrout(v)=maxw∈V{d(v,w)},]]>

其中，d(w,v)是從節點w開始到節點v結束的最短路徑長度，d(v,w)是從節點v開始到節點w結束的最短路徑長度。