[發明專利]一種幽門螺桿菌感染個體化治療檢測基因芯片及應用

有效

• 申請號: 201310012008.5
• 申請日: 2013-01-14
• 公開（公告）號: CN103060455A
• 公開（公告）日: 2013-04-24
• 發明（設計）人: 王升啟;姚雪;劉琪琦;陳蘇紅;張敏麗;朱坤
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/04;C40B40/06;C40B50/06
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技術領域

本發明涉及一種幽門螺桿菌感染個體化治療檢測基因芯片及應用，涉及的技術領域是醫學檢驗和基因芯片技術。是一種用于幽門螺桿菌感染個體化治療的檢測型基因芯片，可同時對人基因組CYP4502C19*2，CYP4502C19*3多態性和幽門螺桿菌克拉霉素、喹諾酮類耐藥位點進行檢測。

背景技術

幽門螺桿菌(H.pylori，HP)是WHO國際癌癥研究機構確定的I類致癌因子。我國HP感染率為40％-90％，平均為59％，屬于HP相關疾病的重災區。HP感染是引起慢性胃炎以及導致消化性潰瘍發生和復發的重要原因，且與低度惡性胃黏膜相關淋巴組織(MALT)淋巴瘤的發生、發展密切相關。研究表明，幽門螺桿菌感染為胃癌發生的病因，對幽門螺桿菌的根除可明顯降低人群胃癌的發生風險。然而HP耐藥是一個全球性問題，是HP根治率下降的主要原因。以質子泵抑制劑(PPI)結合阿莫西林和克拉霉素(或甲硝唑)的三聯療法，是國內外公認的一線抗HP感染治療組合^[6]。喹諾酮類藥物是HP根治的二線藥物?？笻P治療的療效主要受到以下兩個因素影響：一是由于近年來抗生素的濫用，克拉霉素、甲硝唑、喹諾酮耐藥不斷上升，使得三聯療法中的克拉霉素或喹諾酮類藥物的有效率下降；另外一個影響三聯療法用藥成功率的重要影響因素是PPI抑制劑的使用。PPI代謝與人細胞色素P450(CYP450)同工酶CYP2C19密切相關，CYP2C19的基因多態性型決定了PPI在人體內的代謝速度(強代謝、中代謝和弱代謝)^[7；8]。因此，在使用三聯療法之前，如果能夠提供準確的克拉霉素或甲硝唑、喹諾酮藥敏結果和CYP2C19的類型，針對性地選擇藥物進行個體化用藥，則能夠保證治療成功率，同時減少抗生素濫用帶來的不良反應和資源浪費。

HP克拉霉素、喹諾酮耐藥及人CYP450基因多態性主要是由于相關基因的單核苷酸多態性(SNP)導致的。針對基因分型的檢測，傳統的培養和藥敏方法，對實驗室和操作人員的要求高，實驗耗時長(約1周)，工作量大，且上述方法并不能提供人CYP450多態性信息，因此限制了其在實際中的應用。PCR等快速檢測方法靈敏度高、特異性強，但檢測通量較低，一次僅能檢測2-3個靶點，也不能完全滿足臨床實際需要。同樣，測序技術雖然為我們提供了方便、快捷的檢測方法，但其需要昂貴的儀器，而且檢測靈敏度也遠遠不及芯片技術?；蛐酒夹g是近年來出現的一種程序化、規模化的基因結構分析與表達研究的新技術，可同時進行單基因多位點或多基因多位點的多態性分型檢測，具有信息量大、靈敏度高、平行快速檢測等特點。一旦前期研究工作完成得到成熟的基因芯片產品(檢測探針與雜交反應條件確定)，即可實現一次對成千上萬個等位基因進行基因分型的程序化與常規化，這是其他基因分型技術無法比擬的優越性所在。

基因芯片(Gene?Chip)是將大量的寡核苷酸分子固定于固相載體上形成DNA微點陣，借助核酸分子雜交配對的特性對DNA樣品的序列信息進行高效解讀和分析。DNA芯片的制備方法主要有兩種：一種是直接在固定面上原位化學合成一系列寡核苷酸，另一種是將預先合成好的不同寡核苷酸按照一定的排列方式點樣、固定在固相面上。制備好的芯片通過化學處理后即可進行雜交反應。病原微生物，包括細菌、病毒的基因序列研究逐步測出，為其分析提供了一個很好的切入點，二基因芯片又為檢測和平行研究病原微生物提供了有力的工具。將基因芯片技術用于疾病的診斷預測已成為全球研究的熱點，并已研制成功檢測部分細菌等微生物的基因芯片?；蛐酒夹g用于疾病診斷預測的優點有以下幾個方面：一是高度的靈敏和準確性，用樣本極少；二是快速簡便、時間短；三是可同時檢測多人的多種疾病。鑒于生物芯片技術具有巨大的理論意義和實際應用價值，我國一些科研實力較雄厚的單位已開展了這方面的研究工作。然而，國內實用芯片研究多剛剛起步，截至目前，國內外尚未見用于針對我國人群的幽門螺桿菌感染個體化治療的快速基因檢測芯片。

發明內容

本發明是建立一種用于幽門螺桿菌感染個體化治療的檢測型基因芯片，這種芯片能不經培養在一次實驗中同時檢測人基因組CYP4502C19*2，CYP4502C19*3多態性和幽門螺桿菌克拉霉素、喹諾酮類耐藥位點。通過分析篩選人基因組CYP4502C19*2，CYP4502C19*3的DNA及幽門螺桿菌克拉霉素和喹諾酮類耐藥位點DNA序列，分別設計不同的寡核苷酸片段，建立了包括檢測及鑒定基因芯片技術在內的綜合分析檢測方法，以期達到快速、準確、特異的檢測目的，并進行應用。