[發(fā)明專利]用于堿基序列分析的參考序列處理系統(tǒng)及方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310009073.2
• 申請日: 2013-01-10
• 公開（公告）號: CN103294932A
• 公開（公告）日: 2013-09-11
• 發(fā)明（設計）人: 樸旻胥;金判奎;全皓湘
• 申請（專利權）人: 三星SDS株式會社
• 主分類號: G06F19/16
• 分類號: G06F19/16
• 代理公司: 北京銘碩知識產權代理有限公司 11286
• 代理人: 韓明星;王兆賡

1.一種參考序列處理系統(tǒng)，其特征在于，包括：

種子片段提取部，從參考序列提取種子片段；

判斷部，判斷由所述種子片段提取部提取的所述種子片段中是否存在不明確的堿基；

索引生成部，當所述種子片段中存在不明確的堿基時，將所述種子片段加入到索引中。

2.如權利要求1所述的參考序列處理系統(tǒng)，其特征在于，所述判斷部根據(jù)所述種子片段中是否存在使用A、C、G或T以外的文字標記的堿基來判斷所述種子片段中是否存在不明確的堿基。

3.如權利要求1所述的參考序列處理系統(tǒng)，其特征在于，所述判斷部根據(jù)所述種子片段中是否存在用N標記的堿基來判斷所述種子片段中是否存在不明確的堿基。

4.一種基因組分析系統(tǒng)，其特征在于包括如權利要求1至3中任意一項所述的參考序列處理系統(tǒng)。

5.一種參考序列處理裝置，其特征在于，該裝置包括一個以上的處理器、存儲器、一個以上的程序，構成為所述一個以上程序存儲于所述存儲器且由所述一個以上的處理器執(zhí)行，所述程序包括用于執(zhí)行如下步驟的指令：從參考序列提取種子片段的步驟；判斷所提取的所述種子片段中是否存在不明確的堿基的步驟；當所述種子片段中存在不明確的堿基時，將所述種子片段加入到索引中的步驟。

6.一種參考序列處理方法，其特征在于，包括步驟：

由參考序列處理系統(tǒng)從參考序列提取種子片段；

由所述參考序列處理系統(tǒng)判斷所提取的所述種子片段中是否存在不明確的堿基；

當所述種子片段中存在不明確的堿基時，所述參考序列處理系統(tǒng)將所述種子片段加入到索引中。

7.如權利要求6所述的參考序列處理方法，其特征在于，在所述判斷步驟中，根據(jù)所述種子片段中是否存在使用A、C、G或T以外的文字標記的堿基來判斷所述種子片段中是否存在不明確的堿基。

8.如權利要求6所述的參考序列處理方法，其特征在于，在所述判斷步驟中，根據(jù)所述種子片段中是否存在用N標記的堿基來判斷所述種子片段中是否存在不明確的堿基。