[發明專利]用于評估雜合性丟失的方法與材料

有效

• 申請號: 201280070358.0
• 申請日: 2012-12-21
• 公開（公告）號: CN104160037A
• 公開（公告）日: 2014-11-19
• 發明（設計）人: V·阿布科維奇;A·古廷;K·蒂姆斯;J·蘭奇布瑞
• 申請（專利權）人: 美瑞德生物工程公司;V·阿布科維奇;A·古廷;K·蒂姆斯;J·蘭奇布瑞
• 主分類號: C12Q1/04
• 分類號: C12Q1/04;C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京萬慧達知識產權代理有限公司 11111
• 代理人: 戈曉美;楊穎

相關申請的交叉引用

本申請請求在2011年12月21日提交的序列號為61/578,713的美國臨時專利申請和2012年6月1日提交的序列號為61/654,402的美國臨時申請之優先權，其內容在此通過引用的方式全文并入本文。

背景

1.技術領域

本文件相關于涉及評估樣品(如：癌細胞)中是否存在雜合性丟失(LOH)譜的方法和材料。例如，本文件提供了測定一個細胞(如：癌細胞)中是否包含LOH譜的方法和材料。本文件還提供了鑒別有同源重組修復(HDR)缺陷的細胞(如：癌細胞)的材料和方法以及鑒別可能響應特定癌癥治療方案的癌癥患者的材料和方法。在本文中，除非明確指出，HDR缺陷和HRD(同源修復缺陷)當作同義詞使用。

2.背景介紹

癌癥是一個嚴重的公共衛生問題，僅在2009年就有562,340的美國人口死于癌癥。American?Cancer?Society,Cancer?Facts&Figures?2009(在美國癌癥協會網站可得到)。癌癥治療的主要挑戰之一就是發現與患者自身癌癥相關的臨床上有用的特征，并且基于這些特征給出最適合患者癌癥的治療方案。盡管在個性化醫療這個領域已經有了很大的進步，但是仍然非常需要更好的分子診斷工具來特征化患者的癌癥。

概述

一般說來，本發明的一個方面突出了評估癌細胞或其基因組DNA中LOH的方法。在一些實施例中，該方法包括，或大體由下列步驟組成，(a)在癌細胞或其來源的基因組DNA中檢測癌細胞中至少一對人類染色體上的LOH區域(如：除了人類X/Y性染色體對的任何一對人類染色體)；和(b)測定所述LOH區域的數目和大小(如：長度)。在一些實施例中，LOH區域在若干代表整個基因組的染色體對中被分析(如：足夠的染色體被分析，這樣LOH區域的數目和大小有望可以代表整個基因組的LOH區域的數目和大小)。在一些實施例中，該方法進一步包括測定長于約1.5、5、12、13、14、15、16、17(優選14、14、16或更多，更優選15或者更多)百萬堿基但是短于LOH區域所在相應染色體整體長度的LOH區域(指示LOH區域)的總數。二者擇一地或另外地，這些指示LOH區域的總的疊加長度被測定。在一些具體的實施例中，如果指示LOH區域的總數或指示LOH區域的總的疊加長度等于或大于預定的參考數值，那么所述癌細胞或其基因組DNA或具有所述癌細胞或基因組DNA的患者被鑒定具有HDR缺陷型LOH譜。

還提供了一種評估癌細胞或其基因組DNA中LOH的另一方法，其包括，或大體由下列步驟組成，(a)在癌細胞或來源于其的基因組DNA中檢測癌細胞的至少一對人類染色體上的LOH區域，其中所述“至少一對人類染色體”不是人類X/Y性染色體對；并且(b)在所述人類染色體中測定長于第一長度的LOH區域的總數和/或總的疊加長度，其中第一長度為約1.5或更多的(或5、10、13、14、15、16或更多，優選地15或更多)百萬堿基，而所述LOH區域短于包含該LOH區域的相應的整條染色體長度。在一些實施例中，如果那個總數或疊加長度等于或大于預設的參考數，那么所述癌細胞或基因組DNA或具有所述癌細胞或基因組DNA的患者被鑒定具有HDR缺陷型LOH標記。

另一方面，本發明提供了預測癌細胞中BRCA1和BRCA2基因狀態的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，在癌細胞中測定癌細胞的至少一對人類染色體上的LOH區域，此LOH區域的長度長于第一長度的LOH區域的總數和/或總的疊加長度，所述LOH區域短于包含該LOH區域的相應的整條染色體長度，其中所述“至少一對人類染色體”不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度為約1.5或更多的(或5、10或更多，優選約15或更多)百萬堿基；并且大于參考數的總數或疊加長度與BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加相關聯。

另一方面，本發明提供了預測癌細胞中HDR狀態的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，在癌細胞中測定癌細胞的至少一對人類染色體上長于第一長度的LOH區域的總數和/或總的疊加長度，所述LOH區域短于包含該LOH區域的相應的整條染色體長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約為1.5或更多的(或5、10或更多，優選約15或更多)百萬堿基；并且使大于參考數的總數或疊加長度與HDR缺陷的增加的可能性相關聯。