[發(fā)明專利]使用XPD解旋酶表征多核苷酸的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201280068306.X
• 申請日: 2012-12-28
• 公開（公告）號: CN104136631A
• 公開（公告）日: 2014-11-05
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 露絲·莫伊西;安德魯·約翰·赫倫;紹博爾奇·蘇羅爾斯
• 申請（專利權(quán)）人: 牛津納米孔技術(shù)公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京同立鈞成知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11205
• 代理人: 臧建明

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種新的表征目標(biāo)多核苷酸的方法。該方法使用孔及XPD解旋酶。解旋酶控制所述目標(biāo)多核苷酸穿過所述孔的移動。

背景技術(shù)

當(dāng)前需要一種適合于各種應(yīng)用的快速且廉價的多核苷酸(例如DNA或RNA)測序和鑒定的技術(shù)。現(xiàn)有技術(shù)很慢并且昂貴，這主要是因為它們依賴于擴(kuò)增技術(shù)來產(chǎn)生大量的多核苷酸并需要大量專門的熒光化學(xué)物質(zhì)來檢測信號。

當(dāng)跨膜孔(納米孔)具有極大的用作聚合物及多種小分子的直接的電生物傳感器的潛力。特別是，最近關(guān)注的是將納米孔作為潛在的DNA測序技術(shù)。

當(dāng)跨納米孔施加電勢時，當(dāng)分析物，如核苷酸，在桶內(nèi)短暫停留一定時間段后，電流會發(fā)生變化。納米孔檢測核苷酸得到已知標(biāo)志(signature)的電流變化和持續(xù)時間。在“鏈測序”(“Strand Sequencing”)方法中，使單個多核苷酸鏈穿過孔，得到對該核苷酸的鑒定。鏈測序可包括，使用核苷酸調(diào)控蛋白來控制多核苷酸穿過孔的運(yùn)動。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明已經(jīng)證明了XPD解旋酶可控制多核苷酸穿過孔的運(yùn)動，尤其是當(dāng)對所述孔施加電勢，例如電壓時。解旋酶能夠以可控和逐步的方式逆著或順著由施加電壓得到的場移動目標(biāo)多核苷酸。出人意料的是，解旋酶能夠在高鹽濃度下起作用，所述高鹽濃度對表征多核苷酸有利，特別是對使用鏈測序確定其序列有利。這將在下面更詳細(xì)地討論。

因此，本發(fā)明提供了一種表征目標(biāo)多核苷酸的方法，包括：

(a)使目標(biāo)多核苷酸與跨膜孔及XPD解旋酶接觸，使得目標(biāo)多核苷酸移動穿過所述跨膜孔，并使XPD解旋酶控制目標(biāo)多核苷酸穿過所述跨膜孔的移動；和

(b)當(dāng)所述目標(biāo)多核苷酸相對于所述跨膜孔移動時，獲取一個或多個測量值，其中所述測量值代表所述目標(biāo)多核苷酸的一個或多個特征并由此表征所述目標(biāo)多核苷酸。

本發(fā)明還提供了：

-一種形成用于表征目標(biāo)多核苷酸的傳感器的方法，包括在孔和XPD解旋酶之間形成復(fù)合體并從而形成用于表征目標(biāo)多核苷酸的傳感器；

-XPD解旋酶在控制目標(biāo)多核苷酸穿過孔的運(yùn)動中的應(yīng)用；

-一種表征目標(biāo)多核苷酸的試劑盒，其包括(a)孔和(b)XPD解旋酶；和

-一種用于表征樣本中目標(biāo)多核苷酸的分析裝置，包括多個孔和多個XPD解旋酶；

-一種表征目標(biāo)多核苷酸的方法，包括：

(a)使目標(biāo)多核苷酸與XPD解旋酶接觸，使得XPD解旋酶控制所述目標(biāo)多核苷酸的運(yùn)動；和

(b)當(dāng)XPD解旋酶控制所述目標(biāo)多核苷酸的運(yùn)動時，獲取一個或多個測量值，其中所述測量值代表所述目標(biāo)多核苷酸的一個或多個特征并從而表征所述目標(biāo)多核苷酸；

-XPD解旋酶在表征目標(biāo)多核苷酸過程中控制目標(biāo)多核苷酸的運(yùn)動中的應(yīng)用；

-XPD解旋酶在對目標(biāo)多核苷酸的一部分或全部進(jìn)行測序的過程中，控制目標(biāo)多核苷酸的運(yùn)動中的應(yīng)用；

-一種用于表征樣本中目標(biāo)多核苷酸的分析裝置，其特征在于其包括XPD解旋酶；和

-一種表征目標(biāo)多核苷酸的試劑盒，包括(a)用于表征所述目標(biāo)多核苷酸的分析裝置和(b)XPD解旋酶。

附圖說明