[發明專利]包含聚合物單元的聚合物的分析

在審

• 申請號: 201280057564.8
• 申請日: 2012-09-21
• 公開（公告）號: CN104066850A
• 公開（公告）日: 2014-09-24
• 發明（設計）人: 斯圖爾特·威廉·里德;加文·哈珀;克萊夫·加文·布朗;詹姆斯·安東尼·克拉克;安德魯·約翰·赫倫
• 申請（專利權）人: 牛津楠路珀爾科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N33/487;G06F19/22;B82Y15/00
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 余剛;張英

1.一種由涉及聚合物的至少一個測量的系列來估計所述聚合物中的聚合物單元的序列的方法，其中，每個測量的值取決于k聚體，所述k聚體是k個聚合物單元的組，其中k是正整數，所述方法包括：

提供模型，對于一組可能的k聚體，所述模型包括：

過渡權重，所述過渡權重表示從起源k聚體到目標k聚體的過渡的機會，和

關于每個k聚體的發射權重，所述發射權重表示觀測該k聚體的測量的給定值的機會；以及

利用參考所述模型的分析技術來分析所述測量的系列并且基于通過由聚合物單元的序列產生的所述測量的系列的模型所預測的似然來估計所述聚合物中的聚合物單元的至少一種估計的序列。

2.根據權利要求1所述的方法，其中，所述過渡權重和所述發射權重中的至少一種包含非二進制變量的值。

3.根據權利要求2所述的方法，其中，所述過渡權重和所述發射權重中的兩者包含非二進制變量的值。

4.根據權利要求1至3中任一項所述的方法，其中，所述發射權重表示觀測所有可能的測量的非零機會。

5.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其中，關于每個k聚體的所述發射權重相對于測量的值具有單峰或多峰分布。

6.根據權利要求5所述的方法，其中，關于每個k聚體的所述發射權重相對于測量的值具有高斯、拉普拉斯、正方或三角分布。

7.根據權利要求1至6中任一項所述的方法，其中，k是復整數。

8.根據權利要求7所述的方法，其中，所述過渡權重表示優選過渡的非零機會，所述優選過渡是從起源k聚體到具有其中第一(k-1)聚合物單元是所述起源k聚體的最后(k-1)聚合物單元的序列的目標k聚體的過渡，并且表示非優選過渡的較低機會，所述非優選過渡是從起源k聚體到具有不同于所述起源k聚體并且其中所述第一(k-1)聚合物單元不是所述起源k聚體的最后(k-1)聚合物單元的序列的目標k聚體的過渡。

9.根據權利要求8所述的方法，其中，所述過渡權重表示至少一些所述非優選過渡的非零機會。

10.根據權利要求9所述的方法，其中，所述過渡權重表示從起源k聚體到具有其中第一(k-2)聚合物單元是所述起源k聚體的最后(k-2)聚合物單元的序列的目標k聚體的非優選過渡的非零機會。

11.根據權利要求1至10中任一項所述的方法，其中，所述分析技術是概率技術。

12.根據權利要求1至11中任一項所述的方法，其中，所述過渡權重是概率，和/或所述發射權重是概率。

13.根據權利要求1至12中任一項所述的方法，其中，所述模型是隱馬爾可夫模型。

14.根據權利要求1至13中任一項所述的方法，其中，所述分析步驟進一步包括導出關于所述估計序列或每個估計序列的質量得分，所述質量得分表示通過由聚合物單元的估計序列產生的測量的系列的模型預測的似然。

15.根據權利要求1至14中任一項所述的方法，其中，所述分析步驟進一步包括導出關于對應于聚合物單元的估計序列的單獨k聚體的質量得分，所述質量得分表示通過由包括所述單獨k聚體的序列產生的測量的系列的模型所預測的似然。

16.根據權利要求1至15中任一項所述的方法，其中，所述分析步驟進一步包括導出關于對應于聚合物單元的估計序列的k聚體的序列的質量得分，所述質量得分表示通過由k聚體的給定序列產生的測量的系列的模型所預測的似然。

17.根據權利要求1至16中任一項所述的方法，其中，所述分析步驟導出在所述聚合物中的聚合物單元的多個估計序列。

18.根據權利要求1至17中任一項所述的方法，其中，估計所述聚合物中的聚合物單元的至少一種估計序列的步驟包括：

基于通過由單獨k聚體產生的測量的系列的模型所預測的似然來估計k聚體的序列；以及

由k聚體的估計序列來估計聚合物單元的序列。