[發明專利]用于疾病生物標記鑒定和樣品質量評價的優選樣品處理和加工方案的選擇

無效

• 申請號: 201280052220.8
• 申請日: 2012-10-24
• 公開（公告）號: CN103958662A
• 公開（公告）日: 2014-07-30
• 發明（設計）人: M·里爾-米恩;A·A·E·斯圖爾特;G·桑德斯;R·M·奧斯特羅夫;S·A·威廉斯;E·N·布羅迪
• 申請（專利權）人: 私募蛋白質體公司
• 主分類號: C12M1/34
• 分類號: C12M1/34
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 左路;林曉紅

1.一種鑒定可用于定量樣品質量的樣品處理/加工標記的方法，其包括：

a)測定

(i)當處理/加工方案改變時，或

(ii)當特定生物學過程在實驗上活化或改變時，

差異表達的第一分析物集合；

b)測定改變的那些分析物子集，其中所述分析物測量與下述平滑地或線性地相關：

(i)應用的處理/加工方案改變的程度，或

(ii)應用于所述樣品的生物學過程的實驗活化程度；

其中所述子集可以含有與所述第一分析物集合相比較相同或更少的分析物；

c)針對下述構建定量模型：

(i)樣品處理方案中的變化和來自所述子集的分析物測量之間的依賴性；或

(ii)應用于所述樣品的生物學過程的實驗活化程度和來自所述子集的分析物測量之間的依賴性；和

d)基于步驟(c)的定量模型，提供關于每個樣品的度量或評分。

2.一種測定樣品的樣品質量的方法，其包括：

a)針對所述樣品提供權利要求1的樣品處理/加工標記；

b)應用來自權利要求1的定量模型，以提供關于所述樣品的度量或評分，其中所述度量或評分指示通過方法產生的樣品與優選方案的偏差程度；和

c)使用所述度量或評分：

(i)拒絕或接受所述樣品用于診斷目的；

(ii)拒絕或接受所述樣品用于生物標記發現應用；

(iii)通過與參考樣品比較，測定與樣品處理方案的變化程度；

(iv)校正樣品處理方案中的變化；

(v)拒絕樣品，由此可以提供用于生物標記發現的可接受樣品組；

和/或

(vi)拒絕樣品以避免診斷測試設置中的誤導結果。

3.一種用于選擇適合于生物標記發現的樣品子集的方法，其包括：

a)計算關于每個樣品的定量度量：

(i)針對在旨在用于生物標記發現的集合中的樣品，或

(ii)來自多個樣品收集物；

b)從步驟(a)選擇：

(i)滿足關于定量度量的可接受范圍的集合的樣品，或

(ii)來自滿足可接受度量的常見范圍的收集物的子集的樣品；和

c)拒絕顯示在所述度量和靶向用于生物標記發現的所述生物區別之間的關聯的步驟(a)的樣品。

4.一種用于拒絕整個收集物的方法，其包括

a)選擇樣品子集，其中所述子集包含所述收集物的所有樣品或其隨機子集；

b)計算關于所述子集中的每個樣品的定量度量；

c)測定滿足關于定量度量的可接受范圍的樣品比例或分布；

d)基于下述測定是否拒絕所述收集物：

(i)可接受樣品的分布或比例；和/或

(ii)目的臨床變化和所述定量度量之間的關聯程度。

5.一種改善樣品質量的方法，其包括：

a)使血漿上清液與個體樣品的細胞和細胞組分分離；

b)冷凍所述血漿上清液；

c)解凍所述血漿上清液；和

d)進行所述解凍上清液的第二旋轉，由此產生具有改善質量的樣品，其中所述旋轉是用于全血的臨床標準離心旋轉和/或所述旋轉具有大于2500g10分鐘的加速乘積。

6.權利要求5的方法，其中首先在第二旋轉前將所述解凍的血漿上清液轉移到具有足夠強度的管，使得可以經受住增加的重力(g)、旋轉時間和徑長。

7.權利要求6的方法，其中所述具有足夠強度的管是管。

8.一種針對其處理/加工標記值可變性篩選樣品或樣品集的方法，其包括：

在所述樣品或樣品集中測定處理/加工標記值，其對應于選自表1的至少N種標記之一，其中N＝2-73；

提供參考樣品，并且測定對應于所述測量的樣品或樣品集處理/加工標記的所述處理/加工標記值；和

比較所述樣品或樣品集處理/加工標記值與所述參考樣品的相應處理/加工標記值，由此可以測定所述樣品或樣品集的處理/加工標記值可變性。

9.權利要求8的方法，其中所述至少N種標記選自表2，并且其中N＝2–30。

10.權利要求8的方法，其中所述至少N種標記選自表3，并且其中N＝2–52。