[發(fā)明專利]利用特定SNP組合進行親子鑒定的方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201210522691.2
• 申請日: 2012-12-08
• 公開（公告）號: CN102978286A
• 公開（公告）日: 2013-03-20
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 王健;其他發(fā)明人請求不公開姓名
• 申請（專利權(quán)）人: 上海迪道科技有限公司;郭景康
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術(shù)領(lǐng)域

???????本發(fā)明涉及使用SNP標記進行人類親子鑒定的檢測體系，具體涉及60個標記組合以及引物序列和檢測方法。

背景技術(shù)

???????現(xiàn)代親緣關(guān)系鑒定的方法是DNA分析，利用人類染色體上的遺傳標記來識別兩個個體之間是否有血緣關(guān)系。有親緣關(guān)系的個體之間，共享相同標記的概率，比沒有親緣關(guān)系的個體要大。目前，用于親子鑒定的遺傳標記是第二代遺傳標記短串聯(lián)重復(fù)序列（STR），它具有分布廣泛，易于檢測，信息量大，有高度多態(tài)性并遵循孟德爾共顯性遺傳等特點。STR進行親子鑒定時，一般檢測十幾個STR位點，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關(guān)系。但是STR不同等位基因的序列長度相似，區(qū)分和判型有一定困難，一般每個PCR反應(yīng)的判型錯誤率可達1%~5%（bonin?et?al.?2004;?Weller?et?al.?2004），判型錯誤影響親子鑒定的準確性和可重復(fù)性。

隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，單核苷酸多態(tài)性（SNP）作為第三代遺傳標記，越來越多的進入人們的視野。在遺傳制圖、連鎖性分析、疾病基因定位和物種多態(tài)性研究等諸多領(lǐng)域中，SNP已經(jīng)逐漸取代STR，成為首選的遺傳標記。相對于STR，SNP在染色體中的分布更為廣泛，數(shù)量更多，檢測方法也更方便可靠。在親緣關(guān)系鑒定領(lǐng)域，SNP分型也可以充分發(fā)揮其優(yōu)勢：

1）作為遺傳標記，SNP比STR更為穩(wěn)定，STR序列的突變率高于人類基因的平均突變率，而且STR中存在著多個核心序列重復(fù)、核心序列的非整倍重復(fù)等現(xiàn)象，SNP則不存在這類問題；

2）SNP檢測比STR檢測對DNA樣本的要求更低，適應(yīng)更多的特殊環(huán)境，SNP是單堿基圖片，在PCR過程中一般只需擴增100bp左右的長度即可完成檢測，9.11災(zāi)難的遇難人員身份識別，因為很多樣本在極端溫度與濕度的影響下，其DNA已經(jīng)降解，很難收集到足夠的STR數(shù)據(jù)，因此有一部分就是利用SNP完成的；

3）相對于STR，SNP的檢測更加廉價，且通量更高，美國等發(fā)達國家在9.11等事件中的經(jīng)驗表明，利用STR鑒定技術(shù)成功識別一個遺體的平均成本可以達到上千美元，SNP鑒定技術(shù)有望將識別成本減半甚至更低；

4）在鑒定父母與子女這樣之間的親緣關(guān)系方面，目前所廣泛使用的，十幾個位點的STR鑒定系統(tǒng)能夠提供充分的信息，但是當(dāng)鑒定的需求擴充到更遠的親緣關(guān)系，比如當(dāng)一個災(zāi)難事故遇難者，只有一個表親能夠提供身份鑒別所需的樣本時，這樣的STR鑒定就有些力不從心，而SNP位點由于具有遠超過STR位點的數(shù)量，可以提供更多的信息，理論上能夠?qū)苓h的親屬關(guān)系也提供可信的判定；

綜上所述，SNP標記具有穩(wěn)定性高，測定準確，檢測方法簡便并且高通量等優(yōu)點，將其應(yīng)用于親子鑒定的前景十分廣闊，代表了未來的發(fā)展方向。

發(fā)明內(nèi)容

???????本發(fā)明的目的是利用SNP標記高通量、易檢測、方便自動化的有點，建立了一套用于人類親子鑒定的標記組合，并建立簡便準確的飛行質(zhì)譜方法檢測此套SNP標記多態(tài)性的技術(shù)。

???????為達到上述目的，本發(fā)明的技術(shù)方案提供一種用于人類親子鑒定的SNP標記組合，其保護如附表所示的60個SNP標記：上述標記組合優(yōu)選利用飛行質(zhì)譜（MALDI-TOF）方法進行檢測，檢測方法包括以下步驟（1）提取基因組DNA，包括提取抗凝血DNA和口腔上皮細胞DNA；（2）飛行質(zhì)譜檢測SNP多態(tài)；（3）利用軟件進行親子推斷。

???????本發(fā)明經(jīng)過飛行質(zhì)譜檢測SNP多態(tài)及親子推斷實驗驗證，無論是父子關(guān)系推斷還是雙親推斷，親子關(guān)系都是極顯著的，并且推斷關(guān)系與實際親緣關(guān)系完全吻合；本發(fā)明提供的SNP標記組合用于人類親子鑒定，結(jié)果準確。利用飛行質(zhì)譜方法，可快速、高通量、簡便的進行人類親子鑒定。

實施例

???????以下結(jié)合實施例，對本發(fā)明的具體實施方式進行詳細描述，實施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。

???????實施例1：采用飛行質(zhì)譜方法對人群進行SNP分型及親子推斷：

一）提取基因組DNA

1）本試驗的樣本是使用刮棒采集的口腔粘膜細胞，室溫保存。刮棒采樣DNA提取的具體步驟如下：

2）將口腔刮棒上的脫落細胞溶于400uL?1X?裂解液中，加入1uL蛋白酶K，56度水浴30分鐘；

3）取出樣品置冰水浴1分鐘，加入6mol/L?NaCl?150uL，劇烈振蕩15-20秒，13000轉(zhuǎn)離心10分鐘；