[發(fā)明專利]與鯉魚免疫相關(guān)的遺傳標(biāo)記

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201210479916.0
• 申請日: 2012-11-23
• 公開（公告）號: CN102936595A
• 公開（公告）日: 2013-02-20
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 賈智英;徐鵬;石連玉;李池陶;許建;李炯堂;李盛文;柏盈盈;張曉峰;孫效文;胡雪松
• 申請（專利權(quán)）人: 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黑龍江水產(chǎn)研究所
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及鯉魚的遺傳標(biāo)記。

背景技術(shù)

鯉魚是世界范圍內(nèi)重要的養(yǎng)殖魚類，然而隨著對水產(chǎn)品需求的增加，集約化養(yǎng)殖已成為鯉魚重要的養(yǎng)殖方式，而這種集約化養(yǎng)殖帶來了鯉魚多種疾病的爆發(fā)，如皰疹病毒(KHV)、嗜水氣單胞菌(Aeromonas?hydrophila)。以皰疹病毒為例，該病毒感染后的鯉魚，其死亡率高達(dá)80％～100％。皰疹病毒導(dǎo)致1997～1998年以色列和歐洲錦鯉和鯉魚出現(xiàn)了大批量死亡事件。目前因皰疹病毒而引發(fā)的大規(guī)模死亡事件幾乎遍布所有的鯉魚主養(yǎng)區(qū)，除歐洲和以色列外，在世界多個(gè)鯉魚養(yǎng)殖區(qū)均爆發(fā)過大規(guī)模的死亡事件，目前，藥物治療效果甚微，嚴(yán)重影響了鯉魚產(chǎn)業(yè)的健康、穩(wěn)定和可持續(xù)發(fā)展。而且，藥物極易對生態(tài)環(huán)境造成污染，因而從長遠(yuǎn)看，采用遺傳學(xué)方法從遺傳本質(zhì)上提高鯉魚對病原的抗病，開展抗病育種具有治本的功效。

SNP標(biāo)記，即單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism)標(biāo)記，具有以下優(yōu)點(diǎn)：

(1)遺傳穩(wěn)定，突變率低，受選擇影響小。SNP的突變概率非常低，僅為1×10^-9～5×10^-9，遠(yuǎn)低于微衛(wèi)星的10^-4～10^-6。此外，SNP在單個(gè)基因或整個(gè)基因組中的分布是不均勻的，在非轉(zhuǎn)錄序列中要多于轉(zhuǎn)錄序列，而且即使在轉(zhuǎn)錄區(qū)也是非同義突變的頻率較大。因此無論在自然選擇還是人工選擇的過程中，SNP標(biāo)記都能夠很穩(wěn)定的遺傳，不受選擇壓的影響。

(2)準(zhǔn)確性高，方便自動(dòng)化、高通量檢測。SNP通常只是二等位基因或二態(tài)(biallelic)的遺傳變異，即在該位置上存在兩種不同的堿基，因此判型非常簡單，二進(jìn)制的形式可以通過計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化，大大減少了人為錯(cuò)誤的發(fā)生，提高判型準(zhǔn)確性，節(jié)約勞動(dòng)力和成本。據(jù)報(bào)道在目前大規(guī)模SNP檢測的研究中，SNP的判型錯(cuò)誤率為0.0001～0.005，并且SNP判型和數(shù)據(jù)處理技術(shù)與軟件發(fā)展快速，方便了實(shí)驗(yàn)室互相交流和重復(fù)實(shí)驗(yàn)。

(3)DNA樣品量要求低。SNP是單堿基突變，在PCR過程中一般只需要擴(kuò)增100bp左右片段長度，因此對DNA樣品量以及樣品的質(zhì)量要求進(jìn)一步降低，例如，使用時(shí)間飛行質(zhì)譜(MALDI-TOF)的方法對SNP標(biāo)記進(jìn)行分型使用的DNA樣品量只需達(dá)到2.5～5ng即可。

因此，提供與鯉魚免疫相關(guān)的SNP遺傳標(biāo)記將對鯉魚的抗病性提高及生物學(xué)檢測具有重大意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供與鯉魚免疫相關(guān)的SNP遺傳標(biāo)記為鯉魚抗病選育提供充足的標(biāo)記。

本發(fā)明與鯉魚免疫相關(guān)的遺傳標(biāo)記1位于鯉魚ctssb.1基因上，DNA序列如SEQ?ID?NO：1所示，其中有25個(gè)SNP位點(diǎn)，分別位于該序列的第32、44、329、605、617、722、899、917、947、38、99、119、153、310、507、1235、92、116、317、788、1067、1107、1366、395和584位堿基。

與鯉魚免疫相關(guān)的遺傳標(biāo)記2位于鯉魚gsk3b基因上，DNA序列如SEQ?ID?NO：2所示，其中有33個(gè)SNP位點(diǎn)，分別位于該序列的第24、50、95、148、223、321、372、416、529、577、675、687、711、794、806、868、47、187、214、291、377、514、615、690、339、398、499、661、803、624、789、666和834位堿基。

與鯉魚免疫相關(guān)的遺傳標(biāo)記3位于鯉魚arpc3基因上，DNA序列如SEQ?ID?NO：3所示，其中有10個(gè)SNP位點(diǎn)，分別位于該序列的第14、57、602、16、113、149、531、605、669和25位堿基。

與鯉魚免疫相關(guān)的遺傳標(biāo)記4位于鯉魚cfl2基因上，DNA序列如SEQ?ID?NO：4所示，其中有15個(gè)SNP位點(diǎn)，分別位于該序列的第68、125、191、254、272、367、71、83、104、141、149、358、170、187和200位堿基。