[發明專利]基于多核CPU和GPGPU硬件的高通量測序數據質量控制系統有效
| 申請號： | 201210478392.3 | 申請日： | 2012-11-22 |
| 公開（公告）號： | CN103838985A | 公開（公告）日： | 2014-06-04 |
| 發明（設計）人： | 周茜;寧康;蘇曉泉;徐健 | 申請（專利權）人： | 中國科學院青島生物能源與過程研究所 |
| 主分類號： | G06F19/20 | 分類號： | G06F19/20 |
| 代理公司： | 暫無信息 | 代理人： | 暫無信息 |
| 地址： | 266101 山*** | 國省代碼： | 山東;37 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 基于 多核 cpu gpgpu 硬件 通量 序數 質量 控制系統 | ||
【權利要求書】：
1.一種軟硬件結合的計算機高通量測序數據質量控制系統，其特征是：系統包含計算機硬件和基于其上的軟件系統，輸入是在任何存儲介質上保留的高通量測序數據文件，輸出去除低質量序列和污染序列的定性及定量信息。
2.根據權利要求1所述的計算機高通量測序數據質量控制系統，其特征是：計算機硬件系統包括GPGPU硬件、多核CPU硬件、存儲介質等，是一個完整的計算機硬件系統。
3.根據權利要求1所述的高通量測序數據質量控制系統，其特征是：計算機軟件系統包括與多核CPU以及GPGPU硬件系統兼容的完整的高通量測序數據質量控制分析軟件，是一個完整的計算機軟件分析系統；該軟件系統的運行界面為命令行形式，輸出結果為網頁形式的文檔、圖片以及文本形式，配電子版使用說明。
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G06 計算；推算；計數
G06F 電數字數據處理
G06F19-00 專門適用于特定應用的數字計算或數據處理的設備或方法
G06F19-10 .生物信息學，即計算分子生物學中的遺傳或蛋白質相關的數據處理方法或系統
G06F19-12 ..用于系統生物學的建模或仿真，例如：概率模型或動態模型，遺傳基因管理網絡，蛋白質交互作用網絡或新陳代謝作用網絡
G06F19-14 ..用于發展或進化的，例如：進化的保存區域決定或進化樹結構
G06F19-16 ..用于分子結構的，例如：結構排序，結構或功能關系，蛋白質折疊，結構域拓撲，用結構數據的藥靶，涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的，例如：基因型–表型關聯，不均衡連接，種群遺傳學，結合位置鑒定，變異發生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用
G06F 電數字數據處理
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G06F19-12 ..用于系統生物學的建模或仿真，例如：概率模型或動態模型，遺傳基因管理網絡，蛋白質交互作用網絡或新陳代謝作用網絡
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G06F19-16 ..用于分子結構的，例如：結構排序，結構或功能關系，蛋白質折疊，結構域拓撲，用結構數據的藥靶，涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的，例如：基因型–表型關聯，不均衡連接，種群遺傳學，結合位置鑒定，變異發生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用
