[發明專利]一種基于核小體脫氧核糖核酸模版的核小體預測方法

有效

• 申請號: 201210427661.3
• 申請日: 2012-10-31
• 公開（公告）號: CN102968575A
• 公開（公告）日: 2013-03-13
• 發明（設計）人: 劉宏德;謝建明;孫嘯
• 申請（專利權）人: 東南大學
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10
• 代理公司: 南京蘇高專利商標事務所(普通合伙) 32204
• 代理人: 柏尚春

1.一種基于核小體脫氧核糖核酸模版的核小體預測方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟1?獲取待預測的DNA序列，長度為T，并利用

計算待預測的DNA序列彎曲度信號Signal，

其中，C的模代表彎曲度，=10.4?bp，是DNA雙螺旋一個周期的堿基對平均數目，n₁和n₂代表加和范圍的起始和終止位置，i為復數單位，ρ和τ是16種二聯核苷酸在空間彎曲的幅度，ρ為在平面旋轉的幅度，τ為扭曲的幅度，

步驟2?建立核小體DNA模版信號P，所述的模板信號為一條147(bp)長的數字信號，該模板信號兩端區域寬度為50bp，高度為0.07，中間區域的寬度為47bp，高度為0.05，卷積彎曲度信號和模板信號得到卷積信號Signal：

給定模板信號P和彎曲度信號Signal，長度分別為147和T-10，二者的卷積為

????

其中，S_covn為卷積的結果，長度為147+T-10-1，從卷積結果S_covn中部取出長度為T-10的信號，標記為S_covn_keep，長度為T-10，k是一個變量，，,

步驟?3?檢測卷積信號S_covn_keep的峰位置，具體過程為：

步驟3.1?計算S_covn_keep的連續小波變換，小波母函數為墨西哥帽函數；?尺度范圍為[2,?8]，記連續小波變換結果為W?(a,?b)，

???

其中，a和b分別為尺度因子和平移因子，為小波函數，W(a,?b)為連續小波變換的結果，其中，S_conv_keep(t)?為S_conv_keep第t個元素，W(a,?b)為二維信號，表示尺度為a_i時，，當小波函數的平移量是b時，S_conv_keep在小波函數空間的投影，

步驟3.2?在每個平移因子b處計算|W(a,?b)|的最大值，?

M_W(b)?=max?(|W(a,?b)|)

其中，|W(a,?b)|小波變換的絕對值，M_W(b)為在平移為b時，S_conv_keep在尺度范圍[2,?8]上的小波函數上投影的最大值，，

步驟3.3?M_W(b)中的峰即為核小體的二分點Dyad位置，這樣便實現了核小體的預測。