[發明專利]基于自治計算的流行病傳播網絡建模與推斷有效
| 申請號: | 201210364148.4 | 申請日: | 2012-09-27 |
| 公開(公告)號: | CN102945310A | 公開(公告)日: | 2013-02-27 |
| 發明(設計)人: | 楊博 | 申請(專利權)人: | 吉林大學 |
| 主分類號: | G06F19/00 | 分類號: | G06F19/00 |
| 代理公司: | 暫無信息 | 代理人: | 暫無信息 |
| 地址: | 130012 吉*** | 國省代碼: | 吉林;22 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關鍵詞: | 基于 自治 計算 流行病 傳播 網絡 建模 推斷 | ||
1.一種基于自治計算的流行病傳播網絡建模與推斷方法,其特征在于,包括如下步驟:
101:構造模擬流行病傳播過程的自治體系統(命名為D-AOC系統);
102:采用蒙特卡羅模擬和負反饋機制,從流行病監控數據中推斷出D-AOC系統的參數,包括:流行病傳播網絡和與流行病有關的生物學參數。
2.根據權利要求書1所述的D-AOC系統,其特征在于,按照如下步驟構造:
201:建模流行病傳播網絡;
202:建模自治體;
3.根據權利要求書2所述的流行病傳播網絡,其特征在于,按照如下方式建模:
流行病傳播網絡包含N個節點。節點可表示具有不同大小的空間區域(如戶、村、鄉、鎮、縣、市),也可表示復合群體(如不同年齡段的人口)。節點間的鏈接表示流行病傳播途徑,鏈接權重表示傳播強度。流行病傳播網絡表示為一個N×N矩陣A=[aij]N×N,aij表示節點i與節點j的鏈接權重,滿足0≤aij≤1和
4.根據權利要求書2所述的自治體,其特征在于按照如下方法定義自治體和自治體的狀態轉換規則:
401:定義自治體
流行病傳播網絡中的每個節點可包含多個自治體,節點i中自治體定義為如下的一個5元組:
(i,s,βi,γi,τi)
其中,i表示自治體所在網絡節點的標識符;s表示自治體當前所處的狀態,自治體在每個時刻處于S(易感)、E(潛伏)、I(感染)和R(恢復)四種狀態之一;βi,1/γi,1/τi分別表示節點i中自治體對流行病的抵抗力、流行病的潛伏期和患病之后的康復期,滿足0≤βi,γi,τi≤1。令B=(β1,…,βN),H=(γ1,…,γN),F=(τ1,…,τN),向量B,H和F表示與流行病相關的生物學參數。
402:定義自治體的狀態轉換規則
規則1:當位于節點i中的自治體處于S狀態時,將以的概率進入E狀態。稱為節點i在t時刻的感染強度,由自治體對流行病的抵抗力和流行病傳播網絡共同決定,計算如下:
其中βi表示節點i中自治體對流行病的抵抗力,表示t時刻節點j中處于I狀態的自治體數目,表示t時刻節點j中自治體的總數,aij表示節點i和節點j之間的網絡鏈接權重。
規則2:自治體處于E狀態已經持續1/γi時間后進入I狀態;
規則3:自治體處于I狀態已經持續1/τi時間后進入R狀態;
規則4:自治體進入R狀態后則永久停留在該狀態,意味著它獲得了對流行病的終身免疫。
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G06F 電數字數據處理
G06F19-00 專門適用于特定應用的數字計算或數據處理的設備或方法
G06F19-10 .生物信息學,即計算分子生物學中的遺傳或蛋白質相關的數據處理方法或系統
G06F19-12 ..用于系統生物學的建模或仿真,例如:概率模型或動態模型,遺傳基因管理網絡,蛋白質交互作用網絡或新陳代謝作用網絡
G06F19-14 ..用于發展或進化的,例如:進化的保存區域決定或進化樹結構
G06F19-16 ..用于分子結構的,例如:結構排序,結構或功能關系,蛋白質折疊,結構域拓撲,用結構數據的藥靶,涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的,例如:基因型–表型關聯,不均衡連接,種群遺傳學,結合位置鑒定,變異發生,基因型或染色體組的注釋,蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用





