[發明專利]與北京油雞五趾性狀相關的HB9基因及應用

在審

• 申請號: 201210342985.7
• 申請日: 2012-09-14
• 公開（公告）號: CN103667266A
• 公開（公告）日: 2014-03-26
• 發明（設計）人: 湯琳琳;黃啟忠;孟和
• 申請（專利權）人: 上海市農業科學院
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京聯瑞聯豐知識產權代理事務所(普通合伙) 11411
• 代理人: 曾少麗

技術領域

本發明涉及基因工程領域，特別是涉及與北京油雞五趾性狀相關的HB9基因及應用。

背景技術

北京油雞是我國一個珍貴的地方雞種，原產地在北京城北側安定門和德勝門外的近郊一帶，形成于清朝中期。北京油雞體軀中等，公雞羽毛呈赤褐色，鮮艷光亮，頭部高昂，尾羽多呈黑色。母雞羽毛呈黃色，頭尾微翹，脛部略短，體態墩實。鳳頭、毛腿、胡須，少量個體分生五趾是北京油雞的主要外貌特征。它以肉味鮮美、蛋質佳良而著稱。66周產蛋量125枚，90日齡體重1100克，飼料報酬3.4：1，成活率95%以上。

雞多趾性狀定位和比較基因組分析都表明雞2號染色體短臂端與人類7q36同源區應是雞多趾候選基因的關鍵區域，人和鼠PPD的候選基因也可作為雞多趾突變的候選基因。人7q36和鼠5號染色體上，EN2、SHH、Lmbr1、C7orf3、Hlxb9等同源基因以相似的順序排列。目前已知雞肢體發育重要相關基因，如EN2、SHH、Lmbr1、Hlxb9、GLI3、Twist1等均落位在這個區域。因此參照人類和鼠等物種相似性狀的研究進展對于進一步縮小雞多趾性狀候選區間、確定關鍵候選基因和進行未知基因的克隆就顯得特別重要。

基因Hlxb9最初被定位到人染色體1q41，后被重新定位到7q36的微衛星標記D7S559-D7S2423之間。雞的HB9基因位于2號染色體，mRNA全長1481bp（NCBI序列號為AF066861），OFR為1050bp，共有三個外顯子(538bp，161bp，764bp)，編碼一個349氨基酸的蛋白。在人、鼠、雞等不同物種間同源性比較結果顯示，同源一致性達到80.56%。

Najfeld?V在1992年利用熒光原位雜交技術對于Hlxb9基因進行檢測和定位，發現該基因在淋巴和胰腺組織中表達，并將其定位在1q41-q42.1內。后來Ross?AJ在1998年在有爪蟾蜍的尾芽和胚胎期的薦骨（主要是脊索區）也檢測到Hlxb9的表達，并發現Hlxb9的突變與薦骨發育不全有關。2000年Belloni?E和Hagan?DM在Currarino綜合癥中也都發現了HB9的特異性突變并導致了部分骶骨發育不全、便秘或肛門直腸畸形和骶前腫塊的表型。此外，Harrison?KA在1999年對HB9在胰腺的發育和功能上做了研究，發現該基因在胰腺的發育和功能上起著重要作用。但是沒有任何研究表明HB9基因與PPD（preaxial?polydactyly軸前多趾）有關。

五趾作為北京油雞的一個顯著、獨特、標志性的特征，是屠宰后典型包裝性狀之一，因此對北京油雞五趾性狀的遺傳規律和基因定位的研究結果，會為人類肢體發育異常遺傳分子機理的研究提供重要的參考，并且研究五趾性狀的遺傳規律，選育高純度北京油雞五趾品系，對優質雞產業化生產和產業品牌具有重要意義。

目前候選基因分析法是進行動物性狀基因定位的一個常用方法。該方法主要是選定一些候選基因，利用分子生物學技術研究這些基因和相關的DNA標記對某種性狀的遺傳效應，從而篩選出對該性狀有影響的主基因和DNA標記，估計出它們對性狀的效應值。

實時熒光定量PCR技術為在候選基因分析法中進行基因定量表達研究提供了有力的解決辦法，熒光定量PCR技術是指在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。其常用機制包括熒光染料檢測和水解探針檢測。

發明內容

本發明的目的是提供與北京油雞五趾性狀相關的HB9基因及應用。

為了實現本發明的目的，本發明通過以五趾油雞和石岐雜雞趾為材料，采用熒光定量PCR方法，檢測了HB9基因在胚胎發育第6～10天的表達，發現了HB9基因與五趾性狀具有極其顯著的相關性，由此表明HB9基因為北京油雞五趾性狀主效基因。

本發明提供了一種HB9基因，所述的HB9基因與北京油雞五趾性狀相關，且具有如SEQ?ID?NO：1所示的核苷酸序列。

優選地，所述的HB9基因為北京油雞五趾性狀主效基因。

本發明還提供了如前所述的HB9基因在選育具有五趾性狀的北京油雞中的應用。

本發明還提供了用于擴增與北京油雞五趾性狀相關的HB9基因的引物，所述引物包括：

上游引物F：5'-CCTTTCAGCTGGACCAGTGG-3'；和

下游引物R：5'-GCACTTCCCCAGCAGGTTG-3'。

本發明還提供了含有上述上游引物和下游引物的檢測試劑盒。