[發明專利]建立幽門螺桿菌核酸指紋圖譜的方法及其產品

有效

• 申請號: 201210272533.6
• 申請日: 2012-08-02
• 公開（公告）號: CN102827930A
• 公開（公告）日: 2012-12-19
• 發明（設計）人: 馬慶偉;趙洪斌;張海燕;趙艷梅
• 申請（專利權）人: 向華
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12R1/01
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.建立幽門螺桿菌核酸指紋圖譜的方法及其產品，其特征在于，它至少包括如下步驟：

（1）PCR反應：使用針對幽門螺桿菌的PCR通用引物，進行PCR擴增，得到含擴增目標區域的PCR產物；

（2）SAP酶消化：用堿性磷酸酶（SAP酶）處理步驟（1）得到的PCR產物；

（3）轉錄和核酸酶切：使用特定的轉錄和內切酶，分別在一個反應體系中，對步驟（2）得到的各個消化產物進行轉錄和核酸酶切，獲得一系列長度不一、豐度不一的核酸片段；

（4）純化：使用樹脂處理步驟（3）得到的酶切產物；

（5）質譜儀檢測：將步驟（4）得到的純化產物上點在含有基質的靶片上，上質譜儀進行檢測，得到不同細菌的特征核酸指紋譜圖。

2.根據權利要求1的方法，其中通用引物包括但不限于SEQ?ID?No：1和SEQ?ID?No：2所示序列；且用于核酸酶切的特定酶，包括但不限于RNaseA酶。

3.權利要求1或2的方法，其中步驟5的純化包括在轉錄和酶切產物中加入超純水，混勻后，再加入樹脂，上下顛倒混勻15分鐘；所述質譜儀是MALDI?TOF?MS質譜儀。

4.利用權利要求1的方法用于建立幽門螺桿菌標準核酸指紋特征圖譜的方法，至少包括：上述步驟1-5，和；

(6)將步驟5得到的幽門螺桿菌核酸指紋特征圖譜，通過計算機軟件進行匯總和整理，得到所述的幽門螺桿菌的標準核酸指紋特征圖譜。

5.權利要求4的方法，其中所述軟件是BioExplore軟件，其版權號為軟著登字第136879號、登記號2009SR10700。

6.利用權利要求4的方法所建立的幽門螺桿菌標準核酸指紋特征圖譜，用于幽門螺桿菌鑒定或分類的方法，包括：

（1）PCR反應：使用針對細菌的PCR通用引物，擴增待測細菌的核酸模板，得到含擴增目標區域的PCR產物；

（2）SAP酶消化：用堿性磷酸酶（SAP酶）處理步驟（1）得到的PCR產物；

（3）轉錄和核酸酶切：使用特定的轉錄和內切酶，在一個反應體系中，對步驟（2）得到的細菌的消化產物進行轉錄和核酸酶切，獲得一系列長度不一、豐度不一的核酸片段；

（4）純化：使用樹脂處理步驟（3）得到的酶切產物；

（5）質譜儀檢測：將步驟（4）得到的純化產物上點在含有基質的靶片上，上質譜儀進行檢測，得到該細菌的核酸指紋特征圖譜；

（6）將所得核酸指紋特征圖譜與幽門螺桿菌標準核酸指紋特征圖譜進行比較，從而判斷待測細菌是否為幽門螺桿菌。

7.權利要求6的方法，其中步驟6通過BioExplore軟件進行比較檢測。

8.提供能用于幽門螺桿菌分類和鑒定的試劑盒，包括：

（1）用于擴增細菌DNA的通用引物對及其緩沖液；

（2）SAP酶及其緩沖液；

（3）RNAase及其緩沖液；

（4）用于純化酶切產物的樹脂；

（5）用于比對核酸指紋特征圖譜的分析軟件。

9.權利要求8的試劑盒，其中所述引物是SEQ?ID?NO:1-2。

10.權利要求8或9的試劑盒，其中所述軟件是BioExplore軟件，其版權號為（軟著登字第136879號、登記號2009SR10700）。