[發明專利]一種對核酸序列信息進行匹配的系統和方法

有效

• 申請號: 201210263634.7
• 申請日: 2012-07-28
• 公開（公告）號: CN102841988A
• 公開（公告）日: 2012-12-26
• 發明（設計）人: 盛司潼
• 申請（專利權）人: 盛司潼
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述系統包括數據庫、參考序列變換單元、標記單元和匹配單元；

所述數據庫，用于存儲參考序列；

所述參考序列變換單元，用于對數據庫中的參考序列進行BWT變換，得匹配參考序列；

所述標記單元，用于對數據庫中的匹配參考序列進行間隔標記；

所述匹配單元，用于將核酸序列片段依次與數據庫中的匹配參考序列進行一致性匹配，得匹配核酸序列。

2.根據權利要求1所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述參考序列變換單元包括參考序列矩陣模塊和BWT矩陣模塊；

所述參考序列矩陣模塊，用于對數據庫中的參考序列末端或前端添加標識符，并將該參考序列循環移動，得參考序列矩陣；

所述BWT矩陣模塊，用于將參考序列矩陣按照字典順序排序，得BWT參考序列矩陣。

3.根據權利要求2所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述參考序列變換單元還可包括匹配參考序列模塊，用于獲取BWT參考序列矩陣第一列與最后一列，得匹配參考序列，并儲存在數據庫中。

4.根據權利要求1所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述標記單元，用于對數據庫中的匹配參考序列按照等差數列進行間隔標記。

5.根據權利要求4所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述標記單元，還用于在每個等差數列間隔中再利用等差數列對數據庫中的匹配參考序列進行進一步標記。

6.根據權利要求1至5中任一項所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述匹配單元，用于將核酸序列片段反向互補形成反向互補核酸序列片段，并將反向互補核酸序列片段與數據庫中的匹配參考序列進行一致性匹配，得匹配核酸序列。

7.根據權利要求6所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述匹配單元，利用回溯法依次在反向互補核酸序列片段不能匹配的位置之前的位置上進行堿基替換，并從替換位置開始繼續在數據庫中進行匹配。

8.根據權利要求1至5中任一項所述的對核酸序列信息進行匹配的系統，其特征在于，所述系統還包括信息接收單元；所述信息接收單元，用于通過USB接口或光盤驅動接口或INTERNET獲取核酸序列片段和參考序列。

9.一種基于權利要求1所述的對核酸序列信息進行匹配的系統的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

A、對數據庫中的參考序列進行BWT變換，得匹配參考序列，并將匹配參考序列存儲在數據庫中；

B、對數據庫中的匹配參考序列進行間隔標記；

C、將核酸序列片段依次分別與數據庫中的匹配參考序列進行一致性匹配，得匹配核酸序列。

10.根據權利要求9所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述步驟A包括：

A1、將數據庫中的參考序列末端或前端加上標識符，并將該參考序列循環移動，得參考序列矩陣；

A2、將參考序列矩陣按照字典順序排序，得BWT參考序列矩陣并存儲在數據庫中。

11.根據權利要求10所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，所述步驟A2之后還包括：

A3、獲取BWT參考序列矩陣第一列與最后一列，并存儲在數據庫中。

12.根據權利要求9所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述步驟B為，對數據庫中的匹配參考序列按照等差數列進行間隔標記。

13.根據權利要求12所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述步驟B中，在每個等差數列間隔中再利用等差數列對數據庫中的匹配參考序列進行進一步標記。

14.根據權利要求9至13中任一項所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述步驟C為，將核酸序列片段反向互補形成反向互補核酸序列片段，然后將反向互補核酸序列片段與數據庫中的匹配參考序列中進行一致性匹配，得匹配核酸序列。

15.根據權利要求14所述的對核酸序列信息進行匹配的方法，其特征在于，所述步驟C中，在允許錯配的情況下，利用回溯法依次在反向互補核酸序列片段不能匹配的位置之前的位置上進行堿基替換，并從替換位置繼續在數據庫上進行一致性匹配。