[發明專利]一種基于統計顯著性能快速識別基因組轉錄因子結合位點的系統

無效

• 申請號: 201210157108.2
• 申請日: 2012-05-21
• 公開（公告）號: CN103425900A
• 公開（公告）日: 2013-12-04
• 發明（設計）人: 單杲
• 申請（專利權）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.這種預測基因組轉錄因子結合位點的預測方法，其特征在于，通過統計顯著性的方式，將基因組啟動子區的轉錄因子結合位點的信息進行預測。

2.首先是統計K字串的數目與隱馬爾科夫模型的背景K-字串的數目進行比較，得到統計顯著性字符串。

3.其次，收集統計顯著性得分高的K串作為轉錄因子結合位點的種子，進行聚類，計算轉錄因子結合位點的權重矩陣。

4.如權利要求1所述的系統，其特征在于，統計K字串的出現的實際頻率，得到K串的實際頻率分布。

5.如權利要求2所述的系統，其特征在于，計算隱馬模型背景概率條件下，各K串出現的背景概率分布，該統計方法還包括一個隱馬模型的建立和參數訓練的過程。

6.如權利要求3所述的系統，其特征在于，聚類算法的實現，把具有編輯距離小于1的統計顯著性K串，按其基本形態，進行聚類，并構建通用的權重矩陣。

7.如權利要求3所述的系統，還包括一個自適應迭代算法的實現用于更新權重矩陣的參數，保持權重矩陣的形態特征。

8.如權利要求3所述的方法，還包括一個P值和Z值指標的計算，用于統計顯著性標志物的度量。