[發(fā)明專利]基因序列數(shù)據(jù)的處理方法和裝置

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201210147222.7
• 申請(qǐng)日: 2012-05-11
• 公開（公告）號(hào): CN102841987A
• 公開（公告）日: 2012-12-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王垚燊;阮航;李萌
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京諾禾致源生物信息科技有限公司
• 主分類號(hào): G06F19/22
• 分類號(hào): G06F19/22
• 代理公司: 北京康信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 吳貴明;余剛

1.一種基因序列數(shù)據(jù)的處理方法，其特征在于，包括：

接收初始基因序列的測(cè)序數(shù)據(jù)；

構(gòu)建所述測(cè)序數(shù)據(jù)的德布魯因圖；

保存所述德布魯因圖中的第一邊序列和組成所述第一邊序列的各個(gè)短序列，其中，所述第一邊序列為所述德布魯因圖中的任一邊序列；

獲取組成所述第一邊序列的各個(gè)短序列的深度信息；

根據(jù)組成所述第一邊序列的各個(gè)短序列的深度信息計(jì)算所述第一邊序列的深度信息；

按照所述德布魯因圖中的各個(gè)邊序列的深度信息和所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列化簡所述德布魯因圖；以及

切割化簡后的德布魯因圖，得到所述測(cè)序數(shù)據(jù)的疊連群基因序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的處理方法，其特征在于，按照所述德布魯因圖中的各個(gè)邊序列的深度信息和所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列化簡所述德布魯因圖包括：

獲取所述德布魯因圖中第一組合邊序列，其中，所述第一組合邊序列包括第一序列、第二序列和第三序列，所述第二序列連接在所述第一序列和所述第三序列之間，所述第一序列和所述第三序列均包括兩條分支邊序列，所述第二序列包括一條共有邊序列；

判斷所述第一組合邊序列中的各個(gè)邊序列的深度信息是否滿足預(yù)設(shè)條件；

在判定所述第一組合邊序列中的各個(gè)邊序列的深度信息滿足所述預(yù)設(shè)條件時(shí)，對(duì)比所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列，確定所述第一組合邊序列的基因類型；以及

按照所述基因類型拆解所述第一組合邊序列，得到化簡后的德布魯因圖。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的處理方法，其特征在于，對(duì)比所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列，確定所述第一組合邊序列的基因類型包括：

對(duì)比所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列以確定出同屬于一條短序列的第一分支邊序列和第二分支邊序列，其中，所述第一分支邊序列為所述第一序列中的分支邊序列，所述第二分支邊序列為所述第三序列中的分支邊序列；

復(fù)制所述共有邊序列，得到第一共有邊序列和第二共有邊序列；

依次連接所述第一分支邊序列、所述第一共有邊序列和所述第二分支邊序列，將連接后的組合邊序列的類型確定為所述第一組合邊序列的第一基因類型；以及

依次連接第三分支邊序列、所述第二共有邊序列和第四分支邊序列，將連接后的組合邊序列的類型確定為所述第一組合邊序列的第二基因類型，其中，所述第三分支邊序列為所述第一序列中的分支邊序列且所述第三分支邊序列與所述第一分支邊序列不同，所述第四分支邊序列為所述第三序列中的分支邊序列且所述第四分支邊序列與所述第二分支邊序列不同。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的處理方法，其特征在于，對(duì)比所述測(cè)序數(shù)據(jù)中的各個(gè)短序列以確定出同屬于一條短序列的第一分支邊序列和第二分支邊序列包括：

判斷第一短序列的長度是否大于所述共有邊序列的長度，其中，所述第一短序列為所述各個(gè)短序列中的任一短序列；

在判定所述第一短序列的長度大于所述共有邊序列的長度時(shí)，對(duì)比所述第一短序列全部堿基組成以確定出同屬于一條短序列的第一分支邊序列和第二分支邊序列；以及

在判定所述第一短序列的長度小于或等于所述共有邊序列的長度時(shí)，對(duì)比所述第一短序列的雙末端堿基組成以確定出同屬于一條短序列的第一分支邊序列和第二分支邊序列。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的處理方法，其特征在于，判斷所述第一組合邊序列中的各個(gè)邊序列的深度信息是否滿足預(yù)設(shè)條件包括：

判斷所述共有邊序列的深度信息值是否為所述分支邊序列的深度信息值的第一數(shù)值倍，

其中，在判定所述共有邊序列的深度信息值為所述分支邊序列的深度信息值的第一數(shù)值倍時(shí)，確定所述第一組合邊序列中的各個(gè)邊序列的深度信息滿足所述預(yù)設(shè)條件。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的處理方法，其特征在于，根據(jù)組成所述第一邊序列的各個(gè)短序列的深度信息計(jì)算所述第一邊序列的深度信息包括：

計(jì)算組成所述第一邊序列的各個(gè)短序列的深度信息值的平均值；以及

確定計(jì)算出的平均值為所述第一邊序列的深度信息值。