[發(fā)明專利]利用微衛(wèi)星標(biāo)記鑒定北京油雞的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201210133458.5
• 申請(qǐng)日: 2012-04-28
• 公開（公告）號(hào): CN103374629A
• 公開（公告）日: 2013-10-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 文杰;趙桂蘋;劉冉冉;崔煥先;鄭麥青;陳繼蘭;王慧華;李鵬
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 王朋飛;王加嶺

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及微衛(wèi)星標(biāo)記的應(yīng)用，具體地說，涉及利用微衛(wèi)星標(biāo)記鑒定北京油雞的方法。

背景技術(shù)

北京油雞是北京地區(qū)特有的地方優(yōu)良品種，肉質(zhì)和蛋品優(yōu)良，外貌別致，是列入《中國家禽品種志》的27種雞種中寶貴的地方品種資源之一。北京油雞現(xiàn)基本處于小規(guī)模保種狀態(tài)，全國群體數(shù)量不超過6000只，曾一度瀕臨滅絕。2000年被農(nóng)業(yè)部首批列入《國家級(jí)畜禽品種資源保護(hù)名錄》。

目前鑒定家禽種群的方法主要是通過雞種形態(tài)學(xué)標(biāo)記和生產(chǎn)性能測(cè)定，具有一定的局限性，制約了地方雞種的保存與開發(fā)。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，從分子水平進(jìn)行地方雞種的品種鑒定已成為可能。微衛(wèi)星DNA與其他遺傳標(biāo)記相比具有較大的優(yōu)越性：數(shù)量多，分布廣，呈共顯性，遵循孟德爾遺傳規(guī)律遺傳方式，適合于進(jìn)行高度自動(dòng)化的分析等，已廣泛應(yīng)用于地方雞種的研究，而且微衛(wèi)星多態(tài)性很重要的一個(gè)應(yīng)用就是種群鑒定。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種利用微衛(wèi)星(SSR)標(biāo)記鑒定北京油雞的方法。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明目的，本發(fā)明的一種利用微衛(wèi)星標(biāo)記鑒定北京油雞的方法，其是以待測(cè)雞的基因組為模板，以5’-TGCGGAGAGCAATTAGTCTGC-3’和5’-GGAAAACAATCACTGCCTCG-3’為引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，根據(jù)擴(kuò)增結(jié)果統(tǒng)計(jì)LEI0070基因座上各等位基因的頻率，大小為201bp、205bp和207bp的3種等位基因頻率之和在75％以上即鑒定為北京油雞。

其中，PCR反應(yīng)體系以50μl計(jì)為：

PCR反應(yīng)條件為：94℃5min，95℃50s，55℃50s，72℃1min，共32個(gè)循環(huán)；72℃10min。

采用本發(fā)明方法鑒定北京油雞具有操作簡(jiǎn)便、檢測(cè)費(fèi)用低廉和準(zhǔn)確性高的特點(diǎn)。

具體實(shí)施方式

以下實(shí)施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。若未特別指明，實(shí)施例中所用的技術(shù)手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的常規(guī)手段，所用原料均為市售商品。

實(shí)施例1本發(fā)明SSR標(biāo)記的獲得

隨機(jī)挑選北京油雞原種100只和5個(gè)參照品種(京星黃雞D2系、絲羽烏骨雞、石岐雜雞、仙居雞、茶花雞)的原種各40只雞。北京油雞種來源于中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所國家級(jí)保種場(chǎng)。公母比例1∶1。最終獲得93只北京油雞的基因組DNA和其他雞種各40只雞的基因組DNA。利用20對(duì)雞特異性微衛(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)，其中19個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)性不能將北京油雞與其他種群區(qū)分開，只有LEI0070標(biāo)記在北京油雞保種群中的長度多態(tài)性具有特征性，可以將北京油雞保種群與其他種群區(qū)分開來。即在北京油雞保種群中，在該座位上共檢測(cè)到7種等位基因(182bp、194bp、198bp、201bp，205bp、207bp、216bp)，其中有3種等位基因(201bp、205bp、207bp)占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，頻率之和可達(dá)約86％(表1)。而在其他的5個(gè)品種中，這3種等位基因頻率之和分別為低于50％或在50％左右。其中仙居雞54.1％，石岐雜雞54.2％，絲羽烏骨雞37.5％，京星黃雞D2系50.0％，茶花雞41.0％。

表1北京油雞保種群LEI0070基因座等位基因的頻率

實(shí)施例2利用SSR標(biāo)記鑒定北京油雞的方法

1.1擬鑒定群體

隨機(jī)挑選待檢測(cè)雞群40-50只雞，公母比例1∶1，翅靜脈采血，ACD抗凝，-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2DNA提取

采用常規(guī)酚仿法提取基因組DNA，溶于TE中，用瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度法雙重檢測(cè)DNA的純度和濃度，然后稀釋至濃度50ng/μl。

1.3引物

根據(jù)NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi？uid＝279930)中公布的雞的特異性SSR引物(表2)：

表2本發(fā)明涉及的SSR引物

1.4PCR反應(yīng)