[發明專利]ATR基因突變檢測特異性引物和液相芯片

無效

• 申請號: 201210107138.2
• 申請日: 2012-04-12
• 公開（公告）號: CN103374605A
• 公開（公告）日: 2013-10-30
• 發明（設計）人: 許嘉森;吳詩揚
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;C40B40/06
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種ATR基因突變檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

ATR基因位于3號染色體上(3q22-q24)，負責編碼共濟失調毛細血管擴張癥和相關蛋白Rad3(Ataxia?telangiectasia-mutated?and?Rad3-related，ATR)，ATR蛋白屬于磷脂酰肌醇3-激酶相關激酶(phosphatidylinositol3-kinaserelatedkinase，PIKK)蛋白質家族成員，是DNA損傷檢查點的主要成員，它們被不同類型的DNA損傷所激活，通過磷酸化相應的下游蛋白Chk1和Chk2等，調節細胞周期各個檢查點，引起細胞周期阻滯，使DNA損傷得以修復，因此，ATR在維持基因組的穩定性中起到至關重要的作用。目前，有研究表明，ATR基因突變與肺癌、胰腺癌的發生和發展相關，該突變位點主要包括G632A(rs2227928)、T7301G(rs6782400)和G946A(rs28897764)，通過該突變情況檢測來指導實際應用將成為本領域的研究熱點。

目前，ATR基因突變檢測方法主要有：PCR-RFLP、直接測序法和熒光定量PCR技術，PCR-RFLP法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。而其它以PCR為基礎的檢測技術，如直接測序法和熒光定量PCR技術，則存在靈敏度低，樣品易污染、假陽性率高的缺點。再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供ATR基因突變檢測液相芯片，該液相芯片可用于單項或者并行檢測ATR基因三種常見基因型G632A、T7301G和G946A的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種ATR基因突變檢測液相芯片，包括有：

(A).針對ATR基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物對：每條ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對G632A位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?IDNO.8；針對T7301G位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10；和/或針對G946A位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.6；

(B).有ant?i-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.13～SEQ?ID?NO.18，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。

在其中一些實施例中，所述擴增引物為：針對G632A位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；針對T7301G位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?ID?NO.22；和/或針對G946A位點的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24。

在其中一些實施例中，所述ASPE引物為針對G632A位點的由SEQ?ID?NO.1和SEQID?NO.7組成的序列及由SEQ?ID?NO.2和SEQ?ID?NO.8組成的序列；針對T7301G位點的由SEQ?ID?NO.3和SEQ?ID?NO.9組成的序列及由SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.10組成的序列；和/或針對G946A位點的由SEQ?ID?NO.5和SEQ?ID?NO.11組成的序列及由SEQ?ID?NO.6和SEQ?ID?NO.12組成的序列。

本發明的另一目的是提供用于ATR基因突變檢測的特異性引物。

實現上述目的的技術方案如下：

用于ATR基因突變檢測的特異性引物，為：針對G632A位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8；針對T7301G位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10；和/或針對G946A位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12。