[發明專利]染色體rs1333049多態性位點基因分型引物

無效

• 申請號: 201210104418.8
• 申請日: 2012-04-11
• 公開（公告）號: CN102643911A
• 公開（公告）日: 2012-08-22
• 發明（設計）人: 彭文輝;徐亞偉;莊劍輝;李海玲
• 申請（專利權）人: 上海市第十人民醫院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 上海申新律師事務所 31272
• 代理人: 劉懿

技術領域

本發明涉及一種單核苷酸多態性位點基因分型引物，尤其涉及一種用于染色體rs1333049多態性位點基因分型的引物。

背景技術

單核苷酸多態性（single?nucleotide?polymorphism，SNP）是指基因組DNA中某一特定核苷酸位置上發生轉換、顛換、插入或缺失等變化，它與許多疾病直接相關是決定人類疾病易感性和藥物反應差異的主要因素。SNP具有數量多、分布廣和穩定遺傳，是繼限制性片段長度多態性和微衛星多態性這兩種遺傳標記之后，成為第三代分子標記。

通常認為SNP只有兩種類型，即等位基因，因此在對已知突變位點檢測時只需要對SNP進行兩種不同類型堿基的確認分析，而無需對DNA片段全序列測定。據估計，大約有10⁵個SNP分子標記將被用于基因功能及與疾病相關性的關聯研究，如此龐大的分析工作，對檢測技術提出了極高的要求。因此，一種理想的SNP測定方法應該具備如下優點。

1）準確——新方法必須經的起標準方法加以驗證，而且準確率必須＞99%。

2）可靠——此技術穩定，以免重復進行實驗使花費上升，耽誤結果，浪費寶貴的樣品。

3）簡便——步驟簡單，操作時間短，這樣可以降低時間及金錢上的花費。

4.）經濟——時間及金錢上的花費要少越好，例如試劑費，設備需求，使用費等，花費過高就無法測試大量的樣品。

目前單核苷酸多態性的基因分型有多種方法，如Sanger測序、限制性內切酶法、Taqman探針法、Massarray法，但是這些基因分型方法要么耗時、效率低（限制性內切酶法，每個位點需要1-3元，需要6-12小時），要么成本高（測序法，每個位點需要24小時，20元）或者需要其他大型設備（如Taqman探針法需要熒光定量PCR儀，每個位點需要5-10元，需要2小時）。

多態性位點rs1333049位于染色體9p21區域多態性，至2007年Nature、Science雜志報道9p21區域與冠心病發病率相關以來，已有近百個研究顯示全世界多民族冠心病、糖尿病、早老性癡呆、腦卒中、主動脈瘤等疾病發病率均與該區域相關。9p21區域的多態性位點以rs1333049位點與疾病相關性研究最多，與疾病相關性也最強；2008年，研究者在韓國和日本人群中對染色體9p21區域的rs1333049位點進行了研究，發現該位點與冠心病顯著相關。人群中rs1333049最小等位基因頻率為0.17-0.5，在中國人群中MAF約0.478，發明人前期工作也揭示該位點與中國人群急性心肌梗死明確相關。因此，該在普通人群或者病人中分型rs1333049，對評估病人的病情及遺傳異質性十分有意義。

rs1333049位點無法用內切酶分型，目前研究一般采用的方法是Taqman探針法，該探針可從ABI公司購買，也可由公司合成，基因分型如果采用ABI7900實時定量PCR儀（384孔板），1個位點需要4-5元。采用其他實時定量PCR儀（96孔板），1個反應需要7-9元。ABI7900該儀器一般需要15萬美元，目前上海市僅有不到10臺同類型機器。因此，采用該方法需要研究平臺高，且費用高。

發明內容

本發明所要解決的是現有的rs1333049位點基因分型方法成本高的問題。

本發明的目的是提供一種染色體rs1333049多態性位點基因分型的引物、包括所述引物的試劑盒、以及進行基因分型的方法。

本發明的第一個方面是提供一種染色體rs1333049多態性位點基因分型引物，其中，以SEQ?ID?No.1和SEQ?ID?No.2中的任意一種或兩種序列作為上游引物，以SEQ?ID?No.3序列作為下游引物。

5'-ATACTAACCATATGATCAACAGTCC-3'???SEQ?ID?No.1

5'-ATACTAACCATATGATCAACAGTCG-3'???SEQ?ID?No.2

5'-?TTTTCTAGCGCAATACCACA-3'?????????SEQ?ID?No.3

本發明的第二個方面是提供一種包括上述引物的染色體rs1333049多態性位點基因分型試劑盒，其中，包括SEQ?ID?No.1和/或SEQ?ID?No.2序列作為上游引物，包括SEQ?ID?No.3序列為下游引物。

根據本發明所述試劑盒的一種優選實施方式，包括SEQ?ID?No.1和SEQ?ID?No.2序列作為上游引物。

本發明所述的任意試劑盒，還可以包括Taq?酶。