[發明專利]一種樹干畢赤酵母基因組規模代謝網絡模型構建及分析方法無效
| 申請號： | 201210097733.2 | 申請日： | 2012-04-06 |
| 公開（公告）號： | CN102663924A | 公開（公告）日： | 2012-09-12 |
| 發明（設計）人： | 劉立明;劉婷;徐楠 | 申請（專利權）人： | 江南大學 |
| 主分類號： | G09B19/12 | 分類號： | G09B19/12 |
| 代理公司： | 暫無信息 | 代理人： | 暫無信息 |
| 地址： | 214122 江蘇省無錫市*** | 國省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 樹干 酵母 基因組 規模 代謝 網絡 模型 構建 分析 方法 | ||
【權利要求書】：
1.一種以整合基因組注釋技術為核心的樹干基因組規模代謝網絡模型的構建方法，其特征在于：根據公布的目的微生物的測序結果，采用多種基因組注釋技術進行全基因注釋，同時補充生化數據庫和文獻組學數據，構建具有基因-蛋白質-反應關聯的基因組規模代謝網絡模型，后使用基于Matlab平臺的COBRA工具箱對所構建的模型進行模擬驗證與分析。
2.根據權利要求1所述，其涉及的目的微生物為Scheffersomyces?stipitis?CBS6054，其構建的最終模型為iTL779。
3.根據權利要求1所述，整合基因組注釋技術包括KAAS、IdentiCS和位點特異比對(PSI-BLAST)相結合的基因組序列比對方法。
4.根據權利要求1所述，補充信息來源于KEGG和MetaCyc生化數據庫及PubMed文獻組學數據。
5.根據權利要求1所述，模型證實運用通量平衡分析方法考察五種碳源對生長的影響，并與文獻實驗數據進行比較。
6.根據權利要求1所述，模型分析鑒定出維持樹干畢赤酵母細胞生長所需的最小基因、反應集合分別為110個基因和158個生化反應。
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