[發明專利]CARD9基因突變體及其應用

有效

• 申請號: 201210055659.8
• 申請日: 2012-03-05
• 公開（公告）號: CN103290031A
• 公開（公告）日: 2013-09-11
• 發明（設計）人: 管李萍;劉軒竹;王俊;汪建;楊煥明
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: C12N15/31
• 分類號: C12N15/31;C07K14/37;C12Q1/68;C12M1/34;C12Q1/02;C12R1/645
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.一種分離的編碼CARD9突變體的核酸，其特征在于，與SEQ?ID?NO：1相比，所述核酸具有選自下列的至少一種突變：c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG，任選地，所述核酸為DNA。

2.一種分離的多肽，其特征在于，與SEQ?ID?NO：2相比，所述分離的多肽具有選自下列的至少一種突變：p.E81K、p.R35Q、p.Q158X、p.L64fsX59以及p.D274fsX60，

任選地，所述多肽是由權利要求1所述的核酸編碼的。

3.一種篩選易感暗色真菌的生物樣品的方法，其特征在于，包括以下步驟：

從所述生物樣品提取核酸樣本；

確定所述核酸樣本的核酸序列；

所述核酸樣本的核酸序列與SEQ?ID?NO：1相比，具有選自c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG的至少一種突變是所述生物樣品易感暗色真菌的指示，

任選地，所述生物樣品為選自人體血液、皮膚以及皮下組織的至少一種，

任選地，所述核酸樣本為全基因組DNA。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，從所述生物樣品提取核酸樣本進一步包括：

從所述生物樣品提取RNA樣本，優選所述RNA樣本為mRNA；以及

基于所述RNA樣本，通過反轉錄反應，獲得cDNA樣本，所述cDNA樣本構成所述核酸樣本。

5.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，確定所述核酸樣本的核酸序列進一步包括：

針對所述核酸樣本，構建核酸測序文庫；以及

對所述核酸測序文庫進行測序，以便獲得由多個測序數據構成的測序結果，任選地，采用選自Hiseq2000、SOLiD、454、和單分子測序裝置的至少一種對所述核酸測序文庫進行測序，

任選地，針對所述核酸樣本，構建核酸測序文庫進一步包括：

利用CARD9外顯子特異性引物，對所述核酸樣本進行PCR擴增；以及

針對所得到的擴增產物，構建所述核酸測序文庫，

任選地，所述CARD9外顯子特異性引物具有如SEQ?ID?NO：3-26所示的核苷酸序列。

6.一種篩選易感暗色真菌的生物樣品的系統，其特征在于，包括：

核酸提取裝置，所述核酸提取裝置用于從所述生物樣品提取核酸樣本；

核酸序列確定裝置，所述核酸序列確定裝置與所述核酸提取裝置相連，用于對所述核酸樣本進行分析，以便確定所述核酸樣本的核酸序列；

判斷裝置，所述判斷裝置與所述核酸序列確定裝置相連，以便基于所述核酸樣本的核酸序列與SEQ?ID?NO：1相比，是否具有選自c.G241A、c.G104A、c.C472T、c.191insTGCT以及c.818insG的至少一種突變，判斷所述生物樣品是否易感暗色真菌。

7.根據權利要求6所述的系統，其特征在于，所述核酸提取裝置進一步包括：

RNA提取單元，所述RNA提取單元用于從所述生物樣品提取RNA樣本；以及

反轉錄單元，所述反轉錄單元與所述RNA提取單元相連，用于對所述RNA樣本進行反轉錄反應，以便獲得cDNA樣本，所述cDNA樣本構成所述核酸樣本。

8.根據權利要求6所述的系統，其特征在于，所述核酸序列確定裝置進一步包括：

文庫構建單元，所述文庫構建單元用于針對所述核酸樣本，構建核酸測序文庫；以及

測序單元，所述測序單元與所述文庫構建單元相連，用于對所述核酸測序文庫進行測序，以便獲得由多個測序數據構成的測序結果，

任選地，所述文庫構建單元進一步包括：

PCR擴增模塊，所述PCR擴增模塊中設置有CARD9外顯子特異性引物，以便利用CARD9外顯子特異性引物，對所述核酸樣本進行PCR擴增，

任選地，所述CARD9外顯子特異性引物具有如SEQ?ID?NO：3-26所示的核苷酸序列，

任選地，所述測序單元包括選自HISEQ2000、SOLiD、454和單分子測序裝置的至少一種。