[發明專利]一種分子標記在豬初生重性狀關聯分析中的應用

有效

• 申請號: 201210039581.0
• 申請日: 2012-02-21
• 公開（公告）號: CN103255203A
• 公開（公告）日: 2013-08-21
• 發明（設計）人: 余梅;侯春艷;劉榜;趙書紅;王維民;李小平;李新云;曹建華;李長春;朱猛進;洪林君
• 申請（專利權）人: 華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所 42001
• 代理人: 張紅兵

1.一種分子標記Alu?I-RFLP在豬初生重性狀關聯分析中的應用，其特征在于下列步驟：

1)用人HPSE基因cDNA為信息探針，作同源序列篩選，獲得同源性80％以上的表達序列標簽(EST)，然后對EST進行拼接；提取豬肺臟組織總RNA并做cDNA第一鏈反轉錄；設計引物對，該引物對的正向引物為5’-AGCCAGGTGAGCCCGAGATG-3’，反向引物為5’-GCATCTGCTCGTGTTCCTAC-3’，用RT-PCR方法擴增豬HPSE基因的cDNA片段，PCR產物純化克隆和測序，通過序列分析獲得如SEQ?ID?NO：2所示的核苷酸序列；

2)根據SEQ?ID?NO：2所示的核苷酸序列設計引物對，該引物對的核苷酸序列如下所示：

正向引物：5′-GGATGAAGGCTGGTATTT-3′，反向引物：5′-TGGGATAAGGCAATACAG-3′，擴增豬基因組DNA，將PCR產物純化克隆和測序，通過序列分析獲得如下所述的核苷酸序列：

GGATGAAGGCTGGTATTTACATTGATGGATTTCAGTTAGGAGAAGATTTTATTGACTTGCACAAACTTCTAAGAAAATCRGCTTTCAAAAATGCAAAACTCTATGGTCCTGATATTAGCCAGCCTCGACGAAAGAATGCTGAGATGCTGAAGAGGTAAGAGTGAGAGGAAGCAGAACCACTTTTCTTAAAAATAATATTTTCCTGTGGTGGAGACTCCTCAACAAACCACCTAATATTAAACGATTTGCTGCCTGACTTGAAGGTTTACCAAAAGAGGAAACAGTGATTGGCTCAGAAGACCAAAGATTTTGTGACAAATGGCACCATGATAAAATTTGTTTCAGAATTAGGAAGTCTGTATTGCCTTATCCCA

上述序列中的R是A或G，導致Alu?I-RFLP多態性；

3)檢測目的基因HPSE?mRNA在豬胎盤絨毛膜組織樣中轉錄水平的表達，設計用于檢測目的基因HPSE?mRNA表達水平的引物對以及作為內參基因GAPDH的引物對，其核苷酸序列分別如下所示：

目的基因HPSE的引物對：

正向引物：5′GTTTGTCTCCCGCATACCTGA?3′，

反向引物：5′CAAGTCCAGTCCTGAGCAAT?3′；

內參基因GAPDH的引物對：

正向引物：5′ATCCCGCCAACATCAAAT3′，

反向引物：5′CACGCCCATCACAAACAT3′；

4)定位目的基因HPSE基因的mRNA在豬胎盤組織的表達位置；

5)應用PCR-RFLP方法對序列表SEQ?ID?NO：1的第80位堿基進行檢測，然后對基因型與豬初生重性狀進行關聯分析。