[發(fā)明專利]使用核苷酸序列相關(guān)信息的信息處理系統(tǒng)

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201210033478.5
• 申請(qǐng)日: 2002-05-24
• 公開（公告）號(hào): CN102637245A
• 公開（公告）日: 2012-08-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 加藤孝昌;森本健郎
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 株式會(huì)社日立制作所
• 主分類號(hào): G06F19/22
• 分類號(hào): G06F19/22
• 代理公司: 中國(guó)國(guó)際貿(mào)易促進(jìn)委員會(huì)專利商標(biāo)事務(wù)所 11038
• 代理人: 黨建華

本申請(qǐng)是由株式會(huì)社日立制作所于2002年5月24日申請(qǐng)的、申請(qǐng)?zhí)枮?2127572.6、發(fā)明名稱為“使用核苷酸序列相關(guān)信息的信息處理系統(tǒng)”一案的分案申請(qǐng)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種經(jīng)通信網(wǎng)絡(luò)提供信息的信息處理系統(tǒng)。

背景技術(shù)

目前，正迅速確定包括人類的不同生物體的基因組核苷酸序列，在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)中積累著關(guān)于基因組核苷酸序列的信息。例如，目前正在構(gòu)建一個(gè)系統(tǒng)，它使不同的研究機(jī)構(gòu)和研究者經(jīng)過諸如因特網(wǎng)的信息網(wǎng)絡(luò)，利用數(shù)據(jù)庫(kù)中積累的關(guān)于基因組核苷酸序列的信息。

同時(shí)，已用包含在這種關(guān)于基因組核苷酸序列的信息中的核苷酸序列進(jìn)行了積極地研究，目的是遺傳信息等基因組藥物的發(fā)現(xiàn)和分析，由單核苷酸多態(tài)性表示的個(gè)人之間的差異引起了關(guān)注。通常，個(gè)人之間核苷酸序列的差異指多態(tài)性(由各物種中以1％或1％以上的頻率出現(xiàn)的預(yù)定核苷酸差異來定義)和變異(由各物種中1％以下的預(yù)定核苷酸差異來定義)。尤其是，已知多態(tài)性是SNP(單核苷酸多態(tài)性)，其中，個(gè)人之間有一核苷酸差異；插入/缺失多態(tài)性，其中，缺失或插入幾十個(gè)(有時(shí)是幾千個(gè))核苷酸中的一個(gè)；VNTR(隨機(jī)重復(fù)變量數(shù))，其中，包括2到幾十個(gè)核苷酸的序列重復(fù)數(shù)作為一個(gè)單位的變化；微隨體多態(tài)性(microsatellite?polymorphism)(有2到4個(gè)核苷酸的重復(fù)序列)。

這種多態(tài)性有時(shí)影響例如個(gè)人之間蛋白的氨基酸序列中的差異或個(gè)人之間關(guān)于預(yù)定基因表達(dá)效果的差異。這些影響導(dǎo)致了例如個(gè)人之間預(yù)定疾病的發(fā)病率差異和個(gè)人之間預(yù)定醫(yī)藥敏感度的差異。

然而，還未建成一種系統(tǒng)，它通過有效利用諸如多態(tài)性的核苷酸序列相關(guān)信息中的差異來提供用于多個(gè)個(gè)人之間的每個(gè)生物體的語義信息。

在上述條件下，本發(fā)明注重構(gòu)成一種系統(tǒng)，用于通過有效利用個(gè)人之間的核苷酸序列相關(guān)信息中的差異來處理信息，以提供用于各個(gè)人的語義信息和/或與語義信息有關(guān)的信息。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明包括下述特征以實(shí)現(xiàn)上述目的：

根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，提供了一種用于處理關(guān)于核苷酸序列的信息的方法，包括以下步驟：

(a)接收對(duì)于對(duì)象和/或服務(wù)的請(qǐng)求信息；

(b)根據(jù)所述請(qǐng)求信息，從存儲(chǔ)器中獲得位置信息，其中對(duì)于所述存儲(chǔ)器的存取由接收所述請(qǐng)求信息的一側(cè)授權(quán)，并且所述存儲(chǔ)器具有表示所存儲(chǔ)的核苷酸序列的位置的位置信息；以及

(c)從基因組相關(guān)信息記錄媒體中獲得與步驟(b)中獲得的位置信息相對(duì)應(yīng)的核苷酸序列相關(guān)信息，其中對(duì)于所述基因組相關(guān)信息記錄媒體的存取由提供所述請(qǐng)求信息的一側(cè)授權(quán)，并且所述基因組相關(guān)信息記錄媒體具有與位置信息相關(guān)的核苷酸序列相關(guān)信息，并且獲得由核苷酸序列相關(guān)信息所蘊(yùn)涵的語義信息和/或與所述語義信息相關(guān)的信息。

優(yōu)選地，所述語義信息和/或與步驟(c)中獲得的語義信息相關(guān)的信息被傳送給信息處理器，其中所述處理器提供步驟(a)中的請(qǐng)求信息和/或語義信息的用戶和/或與語義信息相關(guān)的信息。

優(yōu)選地，至少還包括步驟(d)，步驟(d)傳送在步驟(b)中獲得的位置信息，

在步驟(c)中，從對(duì)于其的存取由提供所述請(qǐng)求信息的一側(cè)授權(quán)的所述基因組相關(guān)信息記錄媒體中，接收與從步驟(d)中傳送的位置信息相對(duì)應(yīng)的核苷酸序列相關(guān)信息，接著獲得蘊(yùn)涵所述接收的核苷酸序列相關(guān)信息的語義信息和/或與所述語義信息相關(guān)的信息。

優(yōu)選地，在步驟(d)中，設(shè)定與步驟(b)中獲得的位置信息相對(duì)應(yīng)的輔助位置信息，步驟(b)中獲得的位置信息按照所述輔助位置信息傳送，

在步驟(c)中，按照所述輔助位置信息接收所述核苷酸序列相關(guān)信息，接著通過所述輔助位置信息和/或與所述語義信息相關(guān)的信息，獲得由與位置信息相關(guān)的核苷酸序列相關(guān)信息所蘊(yùn)涵的語義信息。

優(yōu)選地，從存儲(chǔ)器中提取與對(duì)應(yīng)于步驟(d)傳送的位置信息的核苷酸序列相關(guān)信息相關(guān)的語義信息，以獲得由步驟(c)中接收的核苷酸序列相關(guān)信息所蘊(yùn)涵的語義信息，其中所述存儲(chǔ)器中分別存儲(chǔ)有：多條位置信息；多條與每條所述位置信息相關(guān)的核苷酸序列相關(guān)信息；以及由多條核苷酸序列相關(guān)信息中每一條所蘊(yùn)涵的語義信息。

優(yōu)選地，上述步驟(c)中，獲得相應(yīng)于步驟(b)中獲得的位置信息的多條核苷酸序列相關(guān)信息，獲得由多條核苷酸序列相關(guān)信息中每一條所蘊(yùn)涵的語義信息和/或與該語義信息有關(guān)的信息。