[發(fā)明專利]限定母體循環(huán)血液中保守的游離浮動胎兒DNA的診斷性和治療性靶物

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201180051243.2
• 申請日: 2011-08-24
• 公開（公告）號: CN103370456A
• 公開（公告）日: 2013-10-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: A.布魯克斯
• 申請（專利權(quán)）人: 比奧DX股份有限公司
• 主分類號: C40B20/00
• 分類號: C40B20/00;C40B40/06;G06F17/30
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所 11105
• 代理人: 封新琴

對相關(guān)申請的交叉引用

本申請要求2010年8月24日提交的美國臨時(shí)申請No.61/376,637的優(yōu)先權(quán)，其通過提述完整并入本文。

發(fā)明領(lǐng)域

本發(fā)明提供了檢測及表征母體樣品（例如母體血液）中的胎兒遺傳物質(zhì)（例如胎兒DNA）以及基于非侵入性產(chǎn)前測試來鑒定胎兒狀況。

發(fā)明背景

與通過游離浮動(free?floating)的胎兒DNA的DNA診斷學(xué)有關(guān)的挑戰(zhàn)很多。與DNA量、胎兒特異性DNA的富集、核酸純度和了解妊娠和受試者間保守的特定胎兒DNA序列有關(guān)的問題是最大的障礙。目前，沒有用于在診斷測試前測定胎兒DNA存在的令人滿意的方法，這不利地影響報(bào)告一致的且可靠的數(shù)據(jù)的能力。還缺乏對可以用于鑒定特定序列（在疾病靶物外）的游離浮動胎兒DNA的充分表征，所述特定序列可以用于在妊娠間測定法開發(fā)中獲得高成功率。

鑒于與通過母體全血的產(chǎn)前核酸分析有關(guān)的變化性，目前難以實(shí)施序列和突變特異性測定法開發(fā)。

因此，本領(lǐng)域中仍然需要檢測胎兒DNA和相關(guān)胎兒狀況的方法和途徑。

本發(fā)明描述了用于檢測及表征母體樣品中胎兒遺傳物質(zhì)的技術(shù)辦法。另外，本發(fā)明提供了基于母體樣品中的胎兒遺傳物質(zhì)來鑒定胎兒狀況的方法和相關(guān)材料。

發(fā)明概述

本發(fā)明部分基于如下的發(fā)現(xiàn)，即某些胎兒遺傳物質(zhì)在母體生物學(xué)樣品例如母體血液中是保守的。因而，本發(fā)明提供了可用于檢測胎兒遺傳物質(zhì)以及用于鑒定胎兒狀況的方法和材料。

在一個方面，本發(fā)明提供了用于檢測母體宿主(maternal?host)生物學(xué)樣品中胎兒DNA的存在的方法。在一個實(shí)施方案中，所述方法包括鑒定母體宿主生物學(xué)樣品中至少一種保守基因組區(qū)段的基因型，并將該基因型與相應(yīng)的母體基因型比較，從而基于樣品基因型和母體宿主基因型之間的一個或多個差異來測定胎兒DNA的存在。

在一個實(shí)施方案中，所述保守基因組區(qū)段是表1中提供的基因組區(qū)段。在一個實(shí)施方案中，所述保守基因組區(qū)段包含表1中鑒定的任何探針。在另一個實(shí)施方案中，所述保守基因組區(qū)段包含表1中鑒定的任何基因。在又一個實(shí)施方案中，所述保守基因組區(qū)段是表1中鑒定的基因的片段，例如與表1中鑒定的基因的任何基因型標(biāo)志物有關(guān)的片段。在又一個實(shí)施方案中，所述保守基因組區(qū)段是通過表1中鑒定的探針可鑒定的或與表1中鑒定的探針有關(guān)的任何基因。

在一個實(shí)施方案中，所述方法包括在母體宿主生物學(xué)樣品中檢測表1中提供的至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少20種、至少50種、至少100種、至少150種、至少200種、至少250種、至少500種、至少600種、至少700種、或至少800種保守基因組區(qū)段的基因型，并將該基因型與相應(yīng)的母體基因型比較，從而基于樣品基因型和母體宿主基因型之間的一個或多個差異來測定胎兒DNA的存在。

在一個實(shí)施方案中，保守基因組區(qū)段的基因型包含任何一種或多種遺傳組成的概況(profile)，其適合于區(qū)別一種基因組與另一種基因組。例如，保守基因組區(qū)段的基因型可以包含單核苷酸多態(tài)性(SNP)、限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、短串聯(lián)重復(fù)(STR)、DNA序列、或其任何組合的概況。在一個實(shí)施方案中，保守基因組區(qū)段的基因型包含SNP的概況。在又一個實(shí)施方案中，一種或多種保守基因組區(qū)段的基因型包含一種或多種保守基因組區(qū)段中至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、或100個SNP的概況。