[發明專利]人乳頭狀瘤病毒的快速基因型鑒定分析及其裝置

有效

• 申請號: 201180032327.1
• 申請日: 2011-04-27
• 公開（公告）號: CN102985565A
• 公開（公告）日: 2013-03-20
• 發明（設計）人: 譚約瑟夫榮安;周約瑟夫;陳里斯卓宇
• 申請（專利權）人: 達雅高生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N33/48
• 代理公司: 北京華科聯合專利事務所 11130
• 代理人: 王為

本申請要求2010年4月29日提交的美國專利申請序號12/770034的優先權，該申請是部份接續2006年4月4日提交的美國專利申請序號11/398433，而后者是部分接續2002年11月7日提交的美國專利申請序號10/291168，同時該申請聲明要求2001年11月7日提交的美國專利申請序號60/345948的權益。美國專利申請序號11/398433也是部分延續2002年11月9號提交的美國專利申請序號10/293248。前述申請內容特此全文并入本申請中作為參考。

技術領域

本發明是關于鑒定人乳頭狀瘤病毒的多種基因型。

背景技術

鑒定人類白細胞抗原（HLA）

在器官或骨髓移植中，通過準確的HLA分型使得供體和受體相匹配（4），是預防急性移植物抗宿主病（GVHD）發生的關鍵。HLA分型通常是通過標準血清學分型（2）來完成。最近的研究表明，DNA分型提供的結果更加準確和肯定（7，9，8）。將HLA-DQ、HLA-DR和HLA-DP分型檢測結果用于高精度匹配，這已是選擇潛在器官捐獻者的必備途徑（3）。先前已有報道，利用序列特異性引物的聚合酶鏈反應（SSP-PCR）擴增，可進行HLA基因分型。然而，由于HLA-DQ、DR和DP位點的高度多態性，所需序列特異性引物（SSP）的數目將會多達數百個，超出了多重PCR擴增極限，從而無法進行有效的PCR擴增。要確保HLA基因分型的結果在臨床上有實際應用，必須設置多項檢測，每項各有50至100個獨立的PCR反應。如今市場上提供一種試劑盒，其中包括一個擴增過程，需要進行96個獨立的PCR反應，然后對凝膠電泳分離得到的片段大小進行分析。這不僅耗費時間和金錢，而且非常容易出現差錯，因為反應設置復雜，另外判斷凝膠電泳中片段大小也存在不確定性。因此，DNA測序仍然被認為是HLA基因準確分型的首選方法。遺憾的是，由于在序列上高度同源，假基因也可以在聚合酶鏈反應（PCR）中被共同擴增，使得單獨通過DNA測序進行高分辨HLA基因分型將會更加困難并且昂貴。授予JWO?Tam先生的美國專利第5471547和6020187號，公開了一種可以在費用低廉的設備上進行的快速退火過程，用于準確的突變型檢測、基因分型和指紋圖譜分析。本發明公開了一種使用改進的導流方式，利用ASO寡核苷酸探針對?HLA基因座DP、DR和DQ?beta序列進行快速分析的方法。

DNA指紋圖譜快速鑒定人類和生物體

1985年，基于限制性片段長度多態性（RFLP）的DNA指紋圖譜首次應用于人類身份鑒定（12），并隨后開始應用于其他生物體的鑒定。在實際應用中，DNA指紋技術作為最好的法醫學工具已經被廣泛接受，可用于在刑事案件中確定犯罪嫌疑人、親子糾紛、建立或證實一個人的身份。耗時的RFLP方法已逐漸被高通量的自動化過程取代。目前，利用PCR擴增，分析人類基因組10、16、18或更多位點上的短串聯重復序列（STR）的數目（1991年發現（11）），已經實現了單細胞水平的鑒定。但是，不論STR還是可變數目的串聯重復序列（VNTR），都相對昂貴，因為這些方法需要使用復雜的設備，以及人工密集并且過程耗時的方法，比如Southern印跡雜交。自發突變（10）也可能會降低準確性和最終鑒定結果的確定性。此外，STR數據表明，突變的頻率，特別是在癌癥患者中，并不鮮見。因此，需要找到新的替代方法。單核苷酸多態性（SNP）基因型鑒定是在法醫或個人身份識別中一種分辨率更高的方法，這種方法基于在不連鎖位點上選擇一定數量的SNP位點，其中每個位點的突變頻率均低于VNTR或STR系統。本發明展示了一種利用SNP基因型鑒定的方法，快速、明確鑒定個體生物特征，包括人、動物、植物或其他生物。

HPV基因型鑒定

人乳頭狀瘤病毒（HPV）攻擊粘膜細胞，具有高度多樣性，世界范圍內已報道的有大約200種不同的基因型，在不同種群中患病率各不相同。根據導致疾病的嚴重程度，人乳頭狀瘤病毒分為高風險株（HR）和低風險株（LR）。?HR類型較常出現在宮頸的癌前病變或惡性病變，而LR類型多為良性病例（4）。每年有大約50萬宮頸癌新發病例，死亡病例預計超過25萬。因此，HPV感染與宮頸癌仍然是威脅全球女性的主要癌癥（5）。基于這個原因，HPV篩查建議用于預防宮頸癌，因為它比細胞學方法更敏感（6,7）。