[發明專利]空間編碼的生物學測定

有效

• 申請號: 201180017696.3
• 申請日: 2011-04-05
• 公開（公告）號: CN102834526A
• 公開（公告）日: 2012-12-19
• 發明（設計）人: 馬克·S·奇
• 申請（專利權）人: 普羅格諾西斯生物科學公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 申基成;鄭霞

1.一種測定樣品中在多個位點的多種生物靶的豐度或活性或兩者的空間模式的測定系統，其中所述測定系統進行下列步驟：

提供附著到支持體的樣品；

以已知的空間模式將用于所述多種生物靶的編碼探針遞送到所述樣品中的所述多個位點，其中每個編碼探針包含可與所述生物靶相互作用的探針區域和確定所述編碼探針被遞送的位點的位置的代碼標簽；

促使所述編碼探針與所述生物靶相互作用；

將與所述生物靶相互作用的編碼探針和未與所述生物靶相互作用的編碼探針分離；

測定所述編碼探針的序列的全部或一部分，以及

將所述多種生物靶的豐度或活性或二者與所述樣品中所述位點的位置相關聯。

2.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述生物靶是核酸且所述編碼探針是寡核苷酸。

3.根據權利要求2所述的測定系統，其中對于多種核酸靶中的每一種存在兩種編碼探針。

4.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述多種生物靶是蛋白質，所述編碼探針的所述探針區域是蛋白質且所述代碼標簽包含寡核苷酸。

5.根據權利要求4所述的測定系統，其中所述多種生物靶包含酶。

6.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述編碼探針的探針區域包含抗體。

7.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述編碼探針的所述探針區域是適體。

8.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述編碼探針的所述探針區域是小分子。

9.根據權利要求1所述的測定系統，還在所述分離步驟和所述測定步驟之間包含擴增步驟。

10.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述測定步驟通過核酸測序進行。

11.根據權利要求10所述的測定系統，其中所述測序是高通量數字核酸測序。

12.根據權利要求1所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于20。

13.根據權利要求12所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于50。

14.根據權利要求13所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于75。

15.根據權利要求14所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于100。

16.根據權利要求15所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于1,000。

17.根據權利要求16所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于10,000。

18.根據權利要求17所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于100,000。

19.根據權利要求18所述的測定系統，其中被測定的所述多種生物靶與所述樣品中的所述多個位點的乘積大于1,000,000。

20.根據權利要求11所述的測定系統，其中至少十萬個編碼探針的序列被并行測定。

21.根據權利要求20所述的測定系統，其中至少五十萬個編碼探針的序列被并行測定。

22.根據權利要求21所述的測定系統，其中至少一百萬個編碼探針的序列被并行測定。

23.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述已知的空間模式通過所述樣品的組織學特征確定。

24.根據權利要求1所述的測定系統，其中軟件程控的硬件進行所述遞送步驟、所述分離步驟、所述測定步驟和所述關聯步驟中的至少兩個步驟。

25.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述編碼探針的所述探針區域是蛋白質且所述分離步驟通過用親和捕獲劑捕獲與所述生物靶相互作用的編碼探針實現。

26.根據權利要求1所述的測定系統，其中所述編碼探針的所述探針區域是核酸且所述分離步驟通過洗滌所述樣品實現。