[發明專利]預測核酸與蛋白相互作用的新算法

無效

• 申請號: 201110458951.X
• 申請日: 2011-12-29
• 公開（公告）號: CN103186715A
• 公開（公告）日: 2013-07-03
• 發明（設計）人: 劉極龍
• 申請（專利權）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18;G06F19/24
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.本發明根據RNA與蛋白結合的結構特點，用于預測RNA的靶蛋白。可直接針對核糖核酸和蛋白進行鎖定，以便于進一步的生物學實驗驗證，本發明主要包括如下流程：步驟1：提取所有蛋白結構數據；步驟2：篩選陽性和陰性訓練集；步驟3：提取訓練集數據的特征，包括：RNA的二級結構、蛋白的二級結構、氫鍵和范德華力；步驟4：建立支持向量機預測模型；步驟5：采用10倍交叉證實驗證模型的可靠性；步驟6：篩選部分結果，利用RIP(RNA互作蛋白免疫共沉淀)方法進行實驗驗證。

2.如權利要求1所述的一種預測核酸與蛋白相互作用的新算法，其特征在于：所述步驟1中，利用深度測序數據獲得自然反義微小核糖核酸的候選序列，其具體過程為：下載所有蛋白結構數據(RCSB?databank，網址：http://www.pdb.org/)。整理合并相同序列，形成列表。

3.如權利要求1所述的一種預測核酸與蛋白相互作用的新算法，其特征在于：所述步驟2中，篩選陽性和陰性訓練集，其具體過程為：手工篩選RNA與蛋白結合的數據，得到大約有700對，同時我們手工篩選大約同等數目的陰性數據。

4.如權利要求1所述的一種預測核酸與蛋白相互作用的新算法，其特征在于：所述步驟3中，提取訓練集數據的特征，其具體過程為：RNA二級結構由RNAfold獲得(www.tbi.univie.ac.at/～ivo/RNA)；蛋白二級結構則由Chou-Fasman和Deleage-Roux算法獲得；氫鍵通過Grantham和Zimmerman算法獲得；范德華力則是通過Kyte-Dolittle和Bull-Breese獲得。

5.如權利要求1所述的一種預測核酸與蛋白相互作用的新算法，其特征在于：所述步驟4中，建立支持向量機預測模型，軟件下載網址：www.csie.ntu.edu.tw/～cjlin/libsvm。