[發(fā)明專利]構(gòu)建細(xì)胞代謝產(chǎn)物網(wǎng)絡(luò)的新算法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201110458950.5
• 申請日: 2011-12-29
• 公開（公告）號: CN103186718A
• 公開（公告）日: 2013-07-03
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 劉極龍
• 申請（專利權(quán)）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/26
• 分類號: G06F19/26
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.本發(fā)明根據(jù)已知的代謝通路，將其整合生成一個(gè)完整的代謝網(wǎng)絡(luò)。可以全局上觀察代謝物之間的關(guān)系，對于分析代謝通路之間的互作具有指導(dǎo)意義，本發(fā)明主要包括如下流程：

步驟一：獲得代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)；

步驟二：根據(jù)篩選標(biāo)準(zhǔn)，選擇差異表達(dá)的代謝物；

步驟三：對代謝物進(jìn)行代謝通路分析；

步驟四：分離每個(gè)代謝通路中代謝物之間的關(guān)系；

步驟五：構(gòu)建代謝網(wǎng)絡(luò)；

步驟六：使用cytoscape軟件(www.cytoscape.org)生成最終的網(wǎng)絡(luò)結(jié)果。

2.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)胞代謝產(chǎn)物網(wǎng)絡(luò)的新算法，其特征在于：所述步驟2中，根據(jù)篩選標(biāo)準(zhǔn)，選擇差異表達(dá)的代謝物，其具體過程為：對步驟1中獲得的數(shù)據(jù)中進(jìn)行t檢驗(yàn)，篩選p＜0.01的代謝物。

3.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)胞代謝產(chǎn)物網(wǎng)絡(luò)的新算法，其特征在于：所述步驟3中，對代謝物進(jìn)行代謝通路分析，其具體過程為：下載KEGG數(shù)據(jù)庫(www.genome.jp/kegg)中的代謝通路數(shù)據(jù)，將每一個(gè)代謝物映射到代謝通路中去。

4.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)胞代謝產(chǎn)物網(wǎng)絡(luò)的新算法，其特征在于：所述步驟4中，分離每個(gè)代謝通路中代謝物之間的關(guān)系，其具體過程為：利用R軟件(www.r-project.org)計(jì)算代謝物之間的關(guān)系。

5.如權(quán)利要求1所述的構(gòu)建細(xì)胞代謝產(chǎn)物網(wǎng)絡(luò)的新算法，其特征在于：所述步驟5中，構(gòu)建代謝網(wǎng)絡(luò)，其具體過程為：合并所有的代謝物之間的關(guān)系，利用R軟件(www.r-project.org)生成代謝網(wǎng)絡(luò)。