[發明專利]一種構建薔薇科原始染色體的方法

有效

• 申請號: 201110439976.5
• 申請日: 2011-12-23
• 公開（公告）號: CN102559880A
• 公開（公告）日: 2012-07-11
• 發明（設計）人: 張啟翔;孫麗丹;黃邦清;陳文彬;程堂仁;楊煒茹;王佳
• 申請（專利權）人: 北京林業大學;深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王朋飛;王加嶺

1.一種構建薔薇科原始染色體的方法，包括以下步驟：

1)收集薔薇科已測序物種數據；

2)鑒定同源基因；

3)確定參考物種染色體同源區域；

4)確定比對物種和參考物種在染色體上的同源區域；

5)構建原始染色體。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟1)所述的物種數據是物種基因CDS序列和基因在染色體上的定位信息。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟1)所述的已測序物種為蘋果、草莓、梅花。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟2)是將兩個基因blast的結果用累加一致性百分比CIP和累加比對長度百分比CALP鑒定同源基因。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)是通過參考物種的自身blastn比對找到的同源區域，得到參考物種基因的染色體復制信息。

6.如權利要求1所述的方法，所述參考物種為蘋果，所述比對物種為梅花和/或草莓。

7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟4)是通過比對物種和參考物種之間的blastn比對找到在染色體上的同源區域。

8.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟5)是通過參考物種自身比對和比對物種與參考物種的比對得到的在染色體上的區域方法實現的。

9.權利要求1-8任一所述的方法在確定植物物種祖先染色體進化方面的應用。

10.如權利要求9所述的應用，其特征在于所述的植物為薔薇科植物。