[發明專利]生物基因組簡單重復序列的發掘方法及設備

有效

• 申請號: 201110414015.9
• 申請日: 2011-12-13
• 公開（公告）號: CN102495977A
• 公開（公告）日: 2012-06-13
• 發明（設計）人: 任民;王志德;劉艷華;張興偉;牟建民
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院煙草研究所
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24
• 代理公司: 北京市盛峰律師事務所 11337
• 代理人: 趙建剛

1.一種生物基因組簡單重復序列的發掘方法，其特征在于，包括以下步驟：

根據需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR的特征構建正則表達式；

通過所述正則表達式分析待分析序列，判斷所述待分析序列中是否存在符合所述正則表達式要求的目標SSR，如果判斷結果為是，則輸出所述目標SSR；如果判斷結果為否，則顯示所述待分析序列中不存在所述目標SSR的信息。

2.根據權利要求1所述的生物基因組簡單重復序列的發掘方法，其特征在于，所述需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR的特征包括：

所述需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR中的基序的最小長度信息、所述基序的最大長度信息和所述基序的最少再重復次數信息，其中，所述基序指所述SSR中的重復單元。

3.根據權利要求2所述的生物基因組簡單重復序列的發掘方法，其特征在于，

所述正則表達式的形式為：(.{i，j}？)(/1){k，}，其中，i、j、k分別表示所述目標SSR中的基序的最小長度值、所述基序的最大長度值、所述基序的最少再重復次數。

4.根據權利要求1所述的生物基因組簡單重復序列的發掘方法，其特征在于，在所述判斷結果為是，之后還包括：

進一步判斷所述目標SSR是否由單一堿基組成，如果判斷結果為是，則刪除所述目標SSR，如果判斷結果為否，則輸出所述目標SSR。

5.一種生物基因組簡單重復序列的發掘設備，其特征在于，包括：

構建模塊：用于根據需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR的特征構建正則表達式；

第一判斷模塊：用于通過所述構建模塊構建的所述正則表達式分析待分析序列，判斷所述待分析序列中是否存在符合所述構建模塊構建的所述正則表達式要求的目標SSR；

輸出模塊：用于當所述第一判斷模塊的判斷結果為是時，輸出所述目標SSR；

顯示模塊：用于當所述第一判斷模塊的判斷結果為否時，顯示所述待分析序列中不存在所述目標SSR的信息。

6.根據權利要求5所述的生物基因組簡單重復序列的發掘設備，其特征在于，所述需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR的特征包括：

所述需要發掘的生物基因組簡單重復序列SSR中的基序的最小長度信息、所述基序的最大長度信息和所述基序的最少再重復次數信息，其中，所述基序指所述SSR中的重復單元。

7.根據權利要求6所述的生物基因組簡單重復序列的發掘設備，其特征在于，

所述正則表達式的形式為：(.{i，j}？)(/1){k，}，其中，i、j、k分別表示所述目標SSR中的基序的最小長度值、所述基序的最大長度值、所述基序的最少再重復次數。

8.根據權利要求5所述的生物基因組簡單重復序列的發掘設備，其特征在于，還包括：第二判斷模塊和刪除模塊；

所述第二判斷模塊用于：當所述第一判斷模塊判斷存在符合所述正則表達式要求的目標SSR時，進一步判斷所述目標SSR是否由單一堿基組成；

所述刪除模塊用于：當所述第二判斷模塊的判斷結果為是時，刪除所述目標SSR；

所述輸出模塊還用于：當所述第二判斷模塊的判斷結果為否時，輸出所述目標SSR。