[發明專利]一種牛的miRNA靶基因預測分析方法

無效

• 申請號: 201110407322.4
• 申請日: 2011-12-09
• 公開（公告）號: CN103164633A
• 公開（公告）日: 2013-06-19
• 發明（設計）人: 曾華宗
• 申請（專利權）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種基于已有序列數據庫及計算機軟件輔助的、預測分析牛miRNA靶基因的方法，其主要特征在于：

步驟1、3’-UTR數據庫的建立；

步驟2、對于沒有3’-UTR序列的物種，獲得牛的mRNA序列；

步驟3、獲得牛的蛋白序列；

步驟4、我們通過編寫PERL腳本程序從mRNA序列中減除編碼蛋白的序列(CDS)從而獲得基因的5’-UTR和5’-UTR序列。其中的3’-UTR序列被收集起來，建立其3’-UTR序列數據庫；

步驟5、對于有公開的3’-UTR的物種，則直接下載相關的數據；

步驟6、靶基因預測由多個軟件分別進行預測，對于有些無法對應的microRNA，則參考了miRGator軟件。我們一般取幾種軟件預測結果的交集，即overlap部分；

步驟7、統計分析，將預測得到的靶基因進行統計，以確定最有可能的靶基因。目標是找到對應miRNA最多的5-10個目標靶基因。