[發(fā)明專利]一種利用測序技術(shù)分析豬乳腺組織基因表達差異的方法

無效

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• 申請日: 2011-11-29
• 公開（公告）號: CN102409099A
• 公開（公告）日: 2012-04-11
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 彭靜;張立凡;王穎;徐寧迎
• 申請（專利權(quán)）人: 浙江大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 杭州求是專利事務(wù)所有限公司 33200
• 代理人: 周烽

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于動物基因工程技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種利用測序技術(shù)分析豬乳腺組織基因表達差異的方法。

背景技術(shù)

金華豬又稱“金華兩頭烏”，是我國著名的優(yōu)良豬種之一，金華豬具有成熟早，肉質(zhì)好，繁殖率高等優(yōu)良性能，腌制成的“金華火腿”質(zhì)佳味香，外型美觀，蜚聲中外。產(chǎn)于浙江東陽、義烏、金華等地。體型中等，耳下垂，頸短粗，背微凹，臀傾斜、蹄質(zhì)堅實。全身被毛中間白，頭頸、臀尾黑。以早熟易肥、皮薄骨細、肉質(zhì)優(yōu)良、適于腌制火腿著稱。金華豬的毛色遺傳性比較穩(wěn)定，以中間白、兩頭烏為特征，純正的毛色在頭頂部和臀部為黑皮黑毛，其余多處均為白皮白毛，在黑白交界中，有黑皮白毛呈帶狀的暈。金華豬性成熟早，遺傳性穩(wěn)定，繁殖力強。金華豬雜種優(yōu)勢良好，已被廣泛用作雜交親本。肉脂品質(zhì)好，肌肉顏色鮮紅，系水力強，細嫩多汁，富含肌肉脂肪。皮薄骨細，頭小肢細，胴體中皮骨比例低，可食部分多。繁殖力高，平均每胎產(chǎn)仔可達14頭以上，繁殖年限長，優(yōu)良母豬高產(chǎn)性能可持續(xù)8-9年，終生產(chǎn)仔20胎左右，乳頭數(shù)多，泌乳力強，母性好，仔豬哺育率高。適應(yīng)性好，耐寒耐熱能力強，耐粗飼，能適應(yīng)我國大部分地區(qū)的氣候環(huán)境，多次出口到日本、法國、加拿大、泰國等國家。

大約克豬原產(chǎn)于英國，是世界分布最廣的瘦肉型豬代表品種。我國引入多年，由于其體形大，被毛全白，亦稱為大白豬，在各地均有飼養(yǎng)，可作為第一母本或父本利用。具有生長速度快、飼料利用率高、胴體瘦肉率高、肉色好、產(chǎn)仔多、適應(yīng)性強的優(yōu)良特點.其體形高大，皮膚可有隱斑；頭頸較長，面寬微凹，耳向前直立；體軀長，背腰平直或微弓，腹線平，胸寬深，后軀寬長豐滿；有效乳頭6對以上.成年公豬體重250-300千克，成年母豬體重230-250千克。通常利用的雜交方式是杜×長×大或杜×大×長，即用長白公(母)豬與大約克夏母(公)豬交配生產(chǎn)，雜一代母豬再用杜洛克公豬(終端父本)雜交生產(chǎn)商品豬。這是目前世界上比較好的配合。我國用大約克夏豬作父本與本地豬進行二元雜交或三元雜交，效果也很好。可在我國絕大部分地區(qū)飼養(yǎng)，較適宜集約化養(yǎng)豬場、規(guī)模豬場。?

隨著新一代高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，建立在高通量測序基礎(chǔ)上的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)已成為目前從全基因組水平研究基因表達和轉(zhuǎn)錄組分析的重要手段.?轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體最主要的調(diào)控方式.在深度測序技術(shù)出現(xiàn)之前，高通量測定不同基因轉(zhuǎn)錄水平的主要手段是基因芯片，它可以對不同組織或不同發(fā)育階段的基因表達差異和模式進行分析，而RNA-Seq技術(shù)最基本的應(yīng)用也是檢測基因的表達水平，它對同一樣品深度測序可以捕獲低表達的基因，而對大量樣品同時測序可以獲得樣品之間的表達差異。與基因芯片數(shù)據(jù)比較，RNA測序得到的是數(shù)字化的表達信號，無需設(shè)計探針，能在全基因組范圍內(nèi)以單堿基分辨率檢測和量化轉(zhuǎn)錄片段，具有靈敏度高、分辨率高和應(yīng)用范圍廣等優(yōu)勢。除此之外，研究人員還可以獲得轉(zhuǎn)錄本表達豐度、轉(zhuǎn)錄起始位點和可變剪切等重要信息。所以，建立在高通量測序基礎(chǔ)上的轉(zhuǎn)錄組研究已經(jīng)逐步取代基因芯片技術(shù)成為目前從全基因組水平研究基因表達的主流方法。Marioni?et?al.(2008)比較了轉(zhuǎn)錄組測序和傳統(tǒng)Microarray芯片技術(shù)在分析基因表達水平上的各自表現(xiàn)，他們發(fā)現(xiàn)深度測序具有良好的可重復(fù)性，并且能發(fā)現(xiàn)更多的低表達的基因。Tang?et?al.(2009)等利用RNA-Seq對小鼠單個卵母細胞進行表達譜分析，與芯片技術(shù)相比，高通量測序可以多檢測到75%的基因表達，并且有8%-19%的基因存在兩種以上的轉(zhuǎn)錄形式。Pan?et?al?.(2008)利用Solexa測序儀進行了人的轉(zhuǎn)錄組測序，首次利用新一代測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)和檢測了選擇性剪切，而且還用測序數(shù)據(jù)估計了外顯子。把高通量測序技術(shù)應(yīng)用到由mRNA逆轉(zhuǎn)錄生成的cDNA上，從而獲得來自不同際遇的mRNA片段在特定樣本中的含量，這就是mRNA測序或mRNA-seq。同樣原理，各種類型的轉(zhuǎn)錄本都可以用深度測序技術(shù)進行高通量定量檢測，統(tǒng)稱作RNA-seq或RNA?測序。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明目的在于針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種利用測序技術(shù)分析豬乳腺組織基因表達差異的方法。該方法通過制備金華豬和大約克豬乳腺組織的cDNA文庫并進行轉(zhuǎn)錄組測序分析來研究其基因表達情況，并進行兩不同樣本的基因差異表達分析和差異基因GO分析。

本發(fā)明的目的是通過以下技術(shù)方案來實現(xiàn)的：一種利用測序技術(shù)分析豬乳腺組織基因表達差異的方法，該方法包括以下步驟：