[發(fā)明專利]抗結(jié)核抑制劑篩選的靶標基因Rv2780及應(yīng)用有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201110373810.8 | 申請日： | 2011-11-21 |
| 公開（公告）號： | CN103123671A | 公開（公告）日： | 2013-05-29 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 何正國;曾菊梅;崔濤 | 申請（專利權(quán)）人： | 華中農(nóng)業(yè)大學(xué) |
| 主分類號： | G06F19/16 | 分類號： | G06F19/16 |
| 代理公司： | 武漢宇晨專利事務(wù)所 42001 | 代理人： | 張紅兵 |
| 地址： | 430070 湖*** | 國省代碼： | 湖北;42 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 結(jié)核 抑制劑 篩選 靶標 基因 rv2780 應(yīng)用 | ||
1.結(jié)核分枝桿菌基因Rv2780在篩選抗結(jié)核抑制劑靶標中的應(yīng)用，其特征在于，該基因的核苷酸序列如序列表SEQ.ID?NO：1所示。
2.結(jié)核分枝桿菌基因Rv2780在篩選抗結(jié)核抑制劑靶標中的應(yīng)用，其特征在于，該基因編碼的蛋白質(zhì)的序列如序列表SEQ.ID?NO：2所示。
3.如權(quán)利要求1或2所述的一種結(jié)核分枝桿菌Rv2780基因作為藥物靶標的應(yīng)用，其特征在于包含以下步驟：
(1)從PBD蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫獲得結(jié)核分枝桿菌Rv2780蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，以Rv2780結(jié)合NADH的活性空腔為其活性位點；
(2)建立針對結(jié)核分枝桿菌Rv2780的計算機藥物篩選系統(tǒng)；
(3)運用步驟(2)的計算機藥物篩選系統(tǒng)針對結(jié)核分枝桿菌Rv2780蛋白質(zhì)活性位點，從ZINC數(shù)據(jù)庫中篩選出15個與結(jié)核分枝桿菌Rv2780活性位點有高親和力的化合物；
(4)利用小分子化合物進行抑菌試驗，測定有抑菌活性的小分子的最小抑菌濃度；
其中：
步驟(1)中的結(jié)核分枝桿菌Rv2780蛋白質(zhì)的序列如序列表SEQ?IDNO：2所示；
步驟(3)的15個與結(jié)核分枝桿菌Rv2780活性位點有高親和力的化合物如下所述，且具有以下特征：
化合物21#
英文名稱：3-(acetylamino)benzenesulfonic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC02027551；
化合物22#
英文名稱：3-(formyloxy)pyridine-2-carboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC00335084；
化合物23#
英文名稱：3-azidothiophene-2-carboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC08383145；
化合物24#
英文名稱：3-imino-2-thien-2-ylpropanoic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC20032425；
化合物25#
英文名稱：4-(allylsulfanyl)-1H-imidazo[4，5-d]pyridazin-7-yl?hydrosulfide
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC05824465；
化合物26#
英文名稱：2-formyl-6-methoxybenzoic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC02524510；
化合物27#
英文名稱：6-amino-2-hydroxypyrimidine-4-sulfonic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC19800905；
化合物28#
英文名稱：5-(allyloxy)-6-bromo-2-pyridinecarboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC19872949；
化合物29#
英文名稱：3-oxo-1，3-dihydro-2-benzofuran-1-carboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC00336769；
化合物30#
英文名稱：5-chloro-1，3-benzodioxole-4-carboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC05046731；
化合物31#
英文名稱：6-bromo-5-hydroxy-2-pyridinecarboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC19924559；
化合物32#
英文名稱：4-cinchomeronic?acid-amide
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC00967289；
化合物33#
英文名稱：4-bromo-5-methoxy-2-thiophenecarboxylic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC00334118；
化合物34#
英文名稱：N-(1H-1，2，4-triazol-3-ylcarbonyl)-beta-alanine
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC19871583；
化合物35#
英文名稱：6-amino-5-chloropyridine-3-sulfonic?acid
結(jié)構(gòu)式：
化合物在ZINC數(shù)據(jù)庫中的編號：ZINC19862909；
其中
步驟(4)測定有抑菌活性的小分子化合物22#的最小抑菌濃度分別如下：
結(jié)核分枝桿菌??????4μg/ml；
牛結(jié)核分枝桿菌????8μg/ml；
步驟(4)測定有抑菌活性的小分子化合物即抑制劑23#的最小抑菌濃度分別如下：
結(jié)核分枝桿菌??????0.5μg/ml；
牛結(jié)核分枝桿菌????1μg/ml。
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G06F 電數(shù)字數(shù)據(jù)處理
G06F19-00 專門適用于特定應(yīng)用的數(shù)字計算或數(shù)據(jù)處理的設(shè)備或方法
G06F19-10 .生物信息學(xué)，即計算分子生物學(xué)中的遺傳或蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)處理方法或系統(tǒng)
G06F19-12 ..用于系統(tǒng)生物學(xué)的建?；蚍抡?，例如：概率模型或動態(tài)模型，遺傳基因管理網(wǎng)絡(luò)，蛋白質(zhì)交互作用網(wǎng)絡(luò)或新陳代謝作用網(wǎng)絡(luò)
G06F19-14 ..用于發(fā)展或進化的，例如：進化的保存區(qū)域決定或進化樹結(jié)構(gòu)
G06F19-16 ..用于分子結(jié)構(gòu)的，例如：結(jié)構(gòu)排序，結(jié)構(gòu)或功能關(guān)系，蛋白質(zhì)折疊，結(jié)構(gòu)域拓撲，用結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的藥靶，涉及二維或三維結(jié)構(gòu)的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學(xué)或蛋白質(zhì)組學(xué)的，例如：基因型–表型關(guān)聯(lián)，不均衡連接，種群遺傳學(xué)，結(jié)合位置鑒定，變異發(fā)生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質(zhì)相互作用或蛋白質(zhì)核酸的相互作用
