[發(fā)明專利]基于20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的法醫(yī)學(xué)復(fù)合檢測試劑盒

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201110346459.3
• 申請(qǐng)日: 2011-11-04
• 公開（公告）號(hào): CN102337345A
• 公開（公告）日: 2012-02-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 侯一平;扎拉嘎白乙拉;云利兵;顏靜;翟仙敦;羅海玻;李英碧
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 四川大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 成都虹橋?qū)＠聞?wù)所 51124
• 代理人: 梁鑫

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種用于法醫(yī)個(gè)體識(shí)別的基于20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的法醫(yī)學(xué)復(fù)合檢測試劑盒。

背景技術(shù)

法醫(yī)DNA分析通過對(duì)生物性檢材進(jìn)行DNA遺傳標(biāo)記的檢測來實(shí)現(xiàn)親子鑒定和個(gè)人識(shí)別的目的。單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism，SNP)是基因組特定核苷酸位置上單個(gè)堿基變異引起的DNA序列多態(tài)性，是人類基因組中最常見、分布最廣泛的DNA多態(tài)性類型。SNP作為第三代DNA遺傳標(biāo)記，具有含量豐富、遺傳穩(wěn)定、突變率低、擴(kuò)增片段小等特點(diǎn)，在法醫(yī)學(xué)親子鑒定和個(gè)人識(shí)別中有特殊的應(yīng)用價(jià)值。

但是，傳統(tǒng)意義上的SNP是指DNA序列中有兩種堿基變化的多態(tài)性，這種二等位基因的SNP有其局限性。首先，二等位基因的SNP其信息量與具有較多等位基因的STR遺傳標(biāo)記差距較大，至少需要50-60個(gè)SNP位點(diǎn)才能達(dá)到13-15個(gè)常用STR的累計(jì)個(gè)人識(shí)別率和非父排除率。而大量二等位基因SNP的復(fù)合擴(kuò)增，不僅增加了檢測成本，且大大增加了復(fù)合檢測和數(shù)據(jù)分析的難度。二等位基因SNP的另一個(gè)局限性在于無法用于混合樣本的分析。混合樣本，尤其是混合血痕，是暴力犯罪和意外事故中常見的生物性檢材。二等位基因SNP無法提示混合樣本中多個(gè)來源個(gè)體的存在，因而對(duì)混合樣本的分析無能為力。

隨著人類基因組單體圖計(jì)劃和千人基因組計(jì)劃的進(jìn)展，一種特殊類型的SNP——三等位基因SNP(Tri-allelic?SNP)引起法醫(yī)遺傳學(xué)研究者的關(guān)注。三等位基因SNP是指在一個(gè)群體中基因的特定核苷酸位置上出現(xiàn)三種堿基，其中最少的一種在群體中的頻率大于1％。理論上，三等位基因SNP具有低突變率、只需擴(kuò)增很短DNA片段就可以包含SNP位點(diǎn)等特點(diǎn)，而且由于等位基因數(shù)量增加，因此可以用比二等位基因SNP少的位點(diǎn)數(shù)就可獲得和現(xiàn)有STR系統(tǒng)大致相同的個(gè)人識(shí)別率和非父排除率。然而，目前有關(guān)三等位基因SNP在法醫(yī)物證領(lǐng)域的研究還屬于起步階段。2004年，Phillips等首次提出了三等位基因SNP在法醫(yī)物證領(lǐng)域應(yīng)用的可能性，并在歐洲和非洲人群中發(fā)現(xiàn)了9個(gè)三等位基因SNP。而Westen等在2009年通過在荷蘭人和歐美混血人群中共發(fā)現(xiàn)了11個(gè)具有三等位基因的SNP，并證實(shí)它們可以有效地分型降解樣本。Antoinette等同時(shí)采用DNA修飾酶法、miniSTR系統(tǒng)和三等位基因SNP系統(tǒng)對(duì)降解樣本進(jìn)行分型，結(jié)果顯示三等位基因SNP非常適合鑒定降解樣本。

目前為止，可以應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)個(gè)人識(shí)別的三等位基因SNP數(shù)量有限，尚無法構(gòu)建可與現(xiàn)有STR系統(tǒng)媲美的高識(shí)別能力的體系。篩選到一組適宜的三等位基因SNP遺傳標(biāo)記，構(gòu)建一種高效能的復(fù)合檢測體系，將為法醫(yī)的個(gè)人識(shí)別提供一種新的技術(shù)手段。開發(fā)出基于現(xiàn)有法醫(yī)遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)室通用的毛細(xì)管電泳平臺(tái)的三等位基因SNP復(fù)合檢測試劑盒，將極大推動(dòng)這種新技術(shù)在法醫(yī)個(gè)人識(shí)別中的推廣和應(yīng)用。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是實(shí)現(xiàn)利用三等位基因SNP遺傳標(biāo)記對(duì)未知來源的人類生物學(xué)檢材進(jìn)行法醫(yī)學(xué)個(gè)人識(shí)別，從而能確定所述樣本的個(gè)體來源。

本發(fā)明解決該技術(shù)問題的方案是提供一種基于20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的法醫(yī)學(xué)復(fù)合檢測試劑盒。該基于20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的法醫(yī)學(xué)復(fù)合檢測試劑盒由分離包裝的復(fù)合擴(kuò)增引物混合物、多重單堿基延伸反應(yīng)引物混合物、等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物混合物、復(fù)合擴(kuò)增反應(yīng)混合液和單堿基延伸反應(yīng)混合液構(gòu)成。

其中，上述試劑盒中所述復(fù)合擴(kuò)增引物混合物包含了20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的共計(jì)40條擴(kuò)增引物，各條引物的核苷酸序列分別為表1中SEQ?ID?No.1至SEQ?ID?No.40所示。

表1單管內(nèi)復(fù)合擴(kuò)增引物對(duì)

所述復(fù)合擴(kuò)增引物混合物能在單管內(nèi)對(duì)含有20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的所有DNA片段一次性同時(shí)擴(kuò)增。

其中，上述試劑盒中所述的多重單堿基延伸反應(yīng)引物混合物包含20個(gè)三等位基因SNP遺傳標(biāo)記的共計(jì)20條單堿基延伸引物，這些單堿基延伸引物的核苷酸序列為表2中SEQ?ID?No.41至SEQ?ID?No.60所示。

表2單堿基延伸反應(yīng)引物序列