[發明專利]基于單堿基延伸反應進行基因多態性檢測的方法

無效

• 申請號: 201110313969.0
• 申請日: 2011-10-17
• 公開（公告）號: CN102329881A
• 公開（公告）日: 2012-01-25
• 發明（設計）人: 汪維鵬
• 申請（專利權）人: 蘇州大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 蘇州創元專利商標事務所有限公司 32103
• 代理人: 范晴

技術領域

本發明屬于基因多態性檢測技術領域，具體涉及一種基于單堿基延伸反應進行基因多態性檢測的方法。

背景技術

國際人類基因組計劃(HGP)完成之后，科學家在破譯人類基因組的過程中發現，任何兩個不同個體的基因組序列都有約0.1％的差異。這種基因序列差異被稱為基因多態性，其中最普遍的是單個核苷酸的差異，即單核苷酸多態性(SNP)，占所有已知多態性的90％以上【Lander?ES，Linton?LM，Birren?B，et?al.Initial?sequencing?and?analysis?of?the?human?genome.Nature?2001，409(6822)：860-921.】。基因多態性決定了不同人種和群體的差異，以及不同人群疾病易感性和藥物治療敏感性的差異。因此，基因多態性尤其是SNP可成為疾病發生和藥物反應相關基因，進行疾病預防、診斷和臨床用藥指導的基礎【Brown?PO，Hartwell?L.Genomics?and?human?disease--variations?on?variation.Nat?Genet?1998，18(2)：91-93.】。

通常，SNP是一種雙等位基因，即在該位置上存在兩種不同的堿基。因此，對已知SNP位點的檢測就是進行兩種不同類型堿基的確認分析，而無須對DNA片段進行全序列測定。目前，已經發展了多種檢測SNP的方法，這些檢測方法主要包括兩個部分，即檢測原理和檢測平臺。檢測原理主要包括引物延伸反應、內切酶酶切反應、連接酶酶連反應、構象和雜交；而檢測平臺主要有電泳、高效液相色譜、熒光、芯片和質譜分析等【汪維鵬，倪坤儀，周國華.單核苷酸多態性檢測方法的研究進展.遺傳，2006，28(1)：117-126.】。

這些技術雖然在某種程度上能完成對SNP的檢測，但應用上還存在很多不足，有些檢測過程繁瑣，需要多步反應，費時費力，如限制性片段長度多態性(RFLP)分析【Cohen?JB，Levinson?AD.A?point?mutation?in?the?last?intron?responsible?for?increased?expression?and?transforming?activity?of?the?c-Ha-ras?oncogene.Nature?1988，334(6178)：119-124.】；有些技術需要多種昂貴的試劑，如焦測序技術【Ronaghi?M，Uhlen?M，Nyren?P.A?sequencing?method?based?on?real-time?pyrophosphate.Science?1998，281(5375)：363，365.】；有些技術設計復雜，如引物入侵技術【Lyamichev?V，Mast?AL，Hall?JG，et?al.Polymorphism?identification?and?quantitative?detection?of?genomic?DNA?by?invasive?cleavage?of?oligonucleotide?probes.Nat?Biotechnol?1999，17(3)：292-296.】；有些技術對反應條件要求很高，難于控制，容易出現非特異性反應產物，如等位基因特異性擴增(ASA)【Sommer?SS，Groszbach?AR，Bottema?CD.PCR?amplification?of?specific?alleles?(PASA)is?a?general?method?for?rapidly?detecting?known?single-base?changes.Biotechniques?1992，12(1)：82-87.】和等位基因特異性雜交(ASO)等【Tsuji?S，Martin?BM，Barranger?JA，et?al.Genetic?heterogeneity?in?type?1?Gaucher?disease：multiple?genotypes?in?Ashkenazic?and?non-Ashkenazic?individuals.Proc?Natl?Acad?Sci?U?S?A?1988，85(7)：2349-2352.】；還有些技術需要對核苷酸進行熒光、同位素或酶標記，這就需要采用相應的檢測平臺進行檢測，使得檢測成本大大提高，如TaqMan探針技術【Livak?KJ，Marmaro?J，Todd?JA.Towards?fully?automated?genome-wide?polymorphism?screening.Nat?Genet?1995，9(4)：341-342.】和SNP芯片技術【Fan?JB，Chen?X，Halushka?MK，et?al.Parallel?genotyping?of?human?SNPs?using?generic?high-density?oligonucleotide?tag?arrays.Genome?Res?2000，10(6)：853-860.】等。