[發明專利]一種RB1基因突變檢測特異性引物和液相芯片

有效

• 申請號: 201110301947.2
• 申請日: 2011-09-30
• 公開（公告）號: CN103031370A
• 公開（公告）日: 2013-04-10
• 發明（設計）人: 許嘉森;何嘉英;陳家欣
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;G01N21/64
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種RB1基因突變檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

視網膜母細胞瘤基因1(Retinoblastoma1，RB1)是人類第一個分離克隆的抑癌基因。因為該基因與視網膜母細胞瘤的發生密切相關，??因此被命名為視網膜母細胞瘤基因。RB1基因是細胞周期的負調控因子，通過與轉錄因子結合調節細胞增殖和分化所需基因的表達，從而維持細胞生長發育的平衡。因此，該基因的功能與細胞周期、細胞衰老、細胞凋亡、細胞分化和生長抑制等有關。

目前，對RB1基因突變進行檢測和分析的方法很少，主要有直接測序法和單鏈構象多態性分析法(Single-Strand?ConformationPolymorphism，SSCP)，其中最常用的方法有PCR產物的SSCP分析法。SSCP分析法主要是通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)分離具有不同空間結構的單鏈DNA分子，并通過放射性自顯影、銀染或溴化乙錠顯色分析結果，通過單鏈DNA帶遷移率與正常對照的相對比，判定該鏈構象發生改變，進而推斷該DNA片段中有堿基突變，該方法簡便、快速；但是，SSCP分析法并不能確定堿基突變的位置和類型，電泳條件要求嚴格，另外，由于SSCP是依據點突變引起單鏈DNA分子立體構象的改變來實現電泳分離的，這樣就可能會出現當某些位置的點突變對單鏈DNA分子立體構象的改變不起作用或作用很小時，再加上其他條件的影響，使聚丙烯酰胺凝膠電泳無法分辨造成漏檢。再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供RB1基因突變檢測液相芯片。該液相芯片可用于單獨或并行檢測RB1基因三種常見基因型C1654T、C1666T和C1981T的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種RB1基因突變檢測液相芯片，包括有：

(A).針對RB1基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對C1654T位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8；針對C1666T位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10；和/或針對C1981T位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.6；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.13～SEQ?ID?NO.18，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。

優選地，所述擴增引物為：針對C1654T、C1666T位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；和/或針對C1981T位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?ID?NO.22。

優選地，所述ASPE引物為針對C1654T位點的由SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.7組成的序列及由SEQ?ID?NO.2和SEQ?ID?NO.8組成的序列；針對C1666T位點的由SEQ?ID?NO.3和SEQ?IDNO.9組成的序列及由SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.10組成的序列；和/或針對C1981T位點的由SEQ?ID?NO.5和SEQ?ID?NO.11組成的序列及由SEQ?ID?NO.6和SEQ?ID?NO.12組成的序列。

本發明的另一目的是提供用于RB1基因突變檢測的特異性引物。

實現該目的的技術方案如下：

所述特異性引物序列為：針對C1654T位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8；針對C1666T位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10；和/或針對C1981T位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?IDNO.12。

本發明的主要優點在于：