[發明專利]一種CDKN2A基因突變檢測特異性引物和液相芯片

有效

• 申請號: 201110301940.0
• 申請日: 2011-09-30
• 公開（公告）號: CN103031369A
• 公開（公告）日: 2013-04-10
• 發明（設計）人: 許嘉森;郭靖;甘丹翠
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種CDKN2A基因突變檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

細胞周期依賴性激酶抑制基因(cyclin-dependent?kinase?inhibitor，CDKN2A)，是一種重要的抑癌基因，屬于細胞周期依賴性激酶抑制因子基因家族，具有調節細胞增殖與凋亡的作用。

人CDKN2A定位于染色體9p21，編碼兩種不同的抑癌蛋白，一是細胞周期依賴性激酶抑制蛋白p16?INK4a，由外顯子1α、2和3編碼；另一個為其可變讀框基因(alterative?reading?frame，ARF)p14ARF產物，由外顯子1β、2和3編碼，因此，CDKN2A基因又稱INK4a-ARF基因，抑癌基因CDKN2A編碼的周期抑制蛋白p16INK4a和p14ARF具有重要的細胞周期調控作用，CDKN2A基因的變異是腫瘤發生及進展過程中的常見現象。

目前，對CDKN2A基因突變進行檢測和分析的方法很少，主要有直接測序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供CDKN2A基因突變檢測液相芯片，該液相芯片可用于單獨或并行檢測CDKN2A基因10種常見基因型G128T、C143T、T281A、G322A/C/T、G329A、G330A、C341T和G358T的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種CDKN2A基因突變檢測液相芯片，包括有：

(A).針對CDKN2A基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對G128T位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；針對C143T位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?ID?NO.22；針對T281A位點的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；針對G322A/C/T位點的SEQ?ID?NO.25以及SEQ?ID?NO.26、SEQ?ID?NO.27和SEQ?ID?NO.28中的一種以上；針對G329A位點的SEQ?ID?NO.29及SEQ?ID?NO.30；針對G330A位點的SEQ?ID?NO.31及SEQ?ID?NO.32；針對C341T位點的SEQ?ID?NO.33及SEQ?ID?NO.34；和/或針對G358T位點的SEQ?ID?NO.35及SEQ?ID?NO.36；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.18；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.37～SEQ?ID?NO.54，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。

優選地，所述擴增引物為針對G128T和/或C143T位點的SEQ?ID?NO.55及SEQ?ID?NO.56；和/或針對T281A、G322A/C/T、G329A、G330A、C341T、G358T位點的SEQ?ID?NO.57及SEQID?NO.58。