[發明專利]一種多樣本間甲基化差異檢測方法及裝置

有效

• 申請號: 201110258798.6
• 申請日: 2011-09-02
• 公開（公告）號: CN102982253A
• 公開（公告）日: 2013-03-20
• 發明（設計）人: 吳紅龍;黃樹嘉;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22
• 代理公司: 深圳市威世博知識產權代理事務所(普通合伙) 44280
• 代理人: 何青瓦;丁建春

1.一種多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，所述方法包括步驟：

獲得多組樣本的基因組測序片段對應于參考基因組序列上的位置信息以及各個樣本的甲基化數據；

對在所述參考基因組序列上滑動的同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據進行分析，獲取上述組基因組上存在甲基化差異的甲基化差異區域；

對同一甲基化差異區域內的各組的所述甲基化數據進行分析，獲取在所述甲基化差異區域內存在甲基化差異的具體組。

2.根據權利要求1所述的多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，

對在所述參考基因組序列上滑動的同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據進行分析，獲取上述組基因組上存在甲基化差異的甲基化差異區域的步驟包括以下步驟：

預設窗口長度，根據位置信息，從參考基因組序列起始端開始，以所述窗口長度作為判斷區間的起始長度在參考基因組序列上設定判斷區間；

判斷同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據是否符合方差分析前提；

若符合方差分析前提，則將位置在同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據進行組間方差分析，若不符合方差分析前提，則將位置在同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據進行組間Kruskal-Wallis非參數檢驗，得到分析結果，根據分析結果判斷上述組在該判斷區間內是否存在甲基化差異；

若存在甲基化差異，則延長該判斷區間，判斷位置在同一延長后的判斷區間內的各組的所述甲基化數據是否符合方差分析前提，若符合則進行前述組間方差分析，若不符合則進行前述組間Kruskal-Wallis非參數檢驗，得到分析結果，并根據分析結果判斷上述組在當前判斷區間內是否存在甲基化差異的步驟，重復本步驟直至判斷得出上述組在當前判斷區間內不存在甲基化差異，并輸出該當前判斷區間的信息作為甲基化差異區域；

若不存在甲基化差異，則從上一判斷區間的末端開始在參考基因組序列上以所述窗口長度作為所述判斷區間的起始長度設定下一判斷區間，判斷位置在同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據是否符合方差分析前提，若符合則進行前述組間方差分析，若不符合則進行前述組間Kruskal-Wallis非參數檢驗，得到分析結果，并根據分析結果判斷上述組在該判斷區間內是否存在甲基化差異，若存在甲基化差異則執行前述延長該判斷區間、判斷是否符合方差分析前提以及分析并判斷上述組在當前判斷區間內是否存在甲基化差異的步驟，若不存在甲基化差異則執行本步驟。

3.根據權利要求2所述的多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，

所述的對同一甲基化差異區域內的各組的所述甲基化數據進行分析，獲取在所述甲基化差異區域內存在甲基化差異的具體組的步驟包括以下步驟：

通過最小顯著性差異法對位置在同一甲基化差異區域內的且符合方差分析前提的各組的所述甲基化數據進行組間兩兩比較，通過Kruskal-Wallis?Dunn方法對各組在所述甲基化差異區域內的且不符合方差分析前提的所述甲基化數據進行組間兩兩比較，得到比較結果；

根據所述比較結果判斷并輸出在該甲基化差異區域內存在甲基化差異的具體組。

4.根據權利要求2所述的多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，

對在所述參考基因組序列上滑動的同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據進行分析，獲取上述組基因組上存在甲基化差異的甲基化差異區域的步驟包括以下步驟：

在判斷完上述組在當前判斷區間是否存在甲基化差異之后，判斷當前判斷區間是否已達所述參考基因組序列末端，若是，則終止繼續設定或延長判斷區間以及分析并判斷上述組在判斷區間內是否存在甲基化差異的步驟。

5.根據權利要求2所述的多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，在判斷得出上述組在當前判斷區間內存在甲基化差異時，所述延長該判斷區間的步驟具體為：將該判斷區間延長一個預設步長。

6.根據權利要求2所述的多樣本間甲基化差異的檢測方法，其特征在于，所述方差分析前提為：

各組樣本的數據是否具有獨立性；

同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據是否符合正態分布；

同一判斷區間內的各組的所述甲基化數據是否符合方差齊性。