[發明專利]長的非編碼RNA靶基因預測的方法

無效

• 申請號: 201110162894.0
• 申請日: 2011-06-16
• 公開（公告）號: CN102827923A
• 公開（公告）日: 2012-12-19
• 發明（設計）人: 曾華宗
• 申請（專利權）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/18
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種適用于長的非編碼RNA靶基因預測的方法，其特征在于：

本發明采用的技術方案是：

步驟一：lncRNA的基因組定位：ncRNA的基因組定位分為3類：一類是內含子反義轉錄本，內含子反義轉錄本一般抑制靶基因的表達。另一類是編碼區反義轉錄本，編碼區反義轉錄本一般也是抑制靶基因的表達，第三類是基因間非編碼轉錄本，基因間非編碼轉錄本則比較復雜，一般認為對臨近的上下游基因具有調節作用

步驟二：靶基因預測：靶基因分為Cis作用和trans作用。Cis作用是lncRNA的一種靶基因作用方式，在啟動子區域同向轉錄的靶基因一般是促進表達作用，反向則一般為抑制作用。而在3’-UTR區域時，部分情況下反向也為促進表達。trans作用是lncRNA的另一種靶基因作用方式，lncRNA與靶基因不考慮位置關系，通過堿基配對互相識別。我們利用RNAplex(http://www.tbi.univie.ac.at/～htafer/)確定lncRNA的可能的靶基因。我們預先將lncRNA與蛋白編碼基因進行blast(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)比對(參數為e＜1E-5)然后利用RNAplex進行進一步的篩選(參數為RNAplex-e-20)。

2.權利要求一中所述的兩位靶基因調控方式為cis作用和trans作用，兩種作用可以同時存在。