[發明專利]一種LTQ Orbitrap組合式質譜儀檢測數據分析的方法

無效

• 申請號: 201110135640.X
• 申請日: 2011-05-24
• 公開（公告）號: CN102798685A
• 公開（公告）日: 2012-11-28
• 發明（設計）人: 曾華宗
• 申請（專利權）人: 上海聚類生物科技有限公司
• 主分類號: G01N30/86
• 分類號: G01N30/86
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明屬于生物技術領域，涉及LTQ?Orbitrap組合式質譜儀檢測數據的處理與分析。?

背景技術

本發明是一種關于LTQ?Orbitrap組合式質譜儀檢測數據的處理與分析方法。適用于LTQ?Orbitrap組合式質譜儀檢測數據的生物醫學研究或基礎生物學研究。?

LTQ質譜設備擁有高質譜精確度的MS/MS性能，通過質譜分析和數據庫檢索實現生物制品的全蛋白鑒定。提供的多參數描述為特定疾病相關的蛋白質網絡定性，更真實可靠的解釋病因、診斷和治療疾病的過程。?

LTQ?Orbitrap^TM復合型電場軌道阱回旋共振質譜儀將高性能LTQ與獲得專利的Orbitrap技術整合，在LTQ靈敏、快速多級質譜基礎上增加了Orbitrap技術的高分辨率、高質量精度的特點，具備了從復雜體系中快速、靈敏、可靠的檢測和鑒定化合物的能力。?

LTQ?Orbitrap質譜儀是繼20年前發明離子阱質譜技術后又一突破性創新。它在質量準確度、分辨率、動態范圍、靈敏度以及多級質譜能力等方面的明顯又是使之正在各個領域迅速替代TOF類質譜產品。?它與LTQ?FT有相近的工作原理，但儀器運行時無需消耗大量制冷劑，能夠在降低運行成本的同時得到高分辨率的數據結果。LTQ?Orbitrap除了能和液相色譜聯機外，還將與vMALDI源聯機。其整機操作維護的方便程度尤如LTQ質譜儀。目前主要的應用領域為蛋白質組學和代謝組學研究、新藥開發、小分子分析及結構解析等方面的研究。?

本發明對所研究的樣品采用shot-gun法lable-free方式做差異蛋白篩選，所用儀器為LTQ?Orbitrap組合式質譜儀。目的是能篩選到在樣本間差異表達的蛋白，驗證后選取相關蛋白做生物學功能研究，應用于疾病鑒別及診斷。?

發明內容

本發明通過對獲得的LTQ-MS原始數據進行數據預處理及均一化、差異蛋白的篩選、差異蛋白及樣本的聚類分析、差異蛋白Gene?ontology分析、Pathway?enrichment分析以及Network分析。形成一套LTQ?Orbitrap組合式質譜儀檢測數據分析的方法，其基本流程如下：?

步驟一：不同樣品間差異蛋白的篩選；?

步驟二：差異蛋白的層次聚類分析；?

步驟三：Gene?ontology分析；?

步驟四：KEGG?pathway分析。?

步驟五：蛋白的network分析。?

附圖說明

圖1一種LTQ?Orbitrap組合式質譜儀檢測數據分析的流程圖。?

具體實施方式

本發明將采用類風濕性關節炎和骨關節炎滑膜原代培養細胞，對兩種細胞進行差異蛋白篩選及后續分析，介紹本發明的具體實施步驟?

步驟一：不同樣品間差異蛋白的篩選。原始數據是客戶提供的APEX軟件分析結果(Braisted?et?al.The?APEX?Quantitative?Proteomics?Tool：Generating?protein?quantitation?estimates?from?LC-MS/MSproteomics?results.BMC?Bioinformatics?2008?Dec；9：529.Epub?2008Dec?09)。整理數據列表見data_full.xlsx。OA組與RA組各3個樣本，利用2-sample?t-test和fold?change方法篩選差異表達蛋白。p＜0.05，fold＞1.5的差異表達蛋白有100個。RA＞OA的蛋白有46個(以后稱之為上調蛋白)，RA＜OA有54個(以后稱之為下調蛋白)。?

步驟二：差異蛋白的層次聚類分析，所有的差異蛋白表達值首先經過對數轉換，作為層次聚類算法的輸入。其中距離(distance)采用Euclidean?distance，連接(linkage)采用average。?