[發明專利]生物分子網絡展示分析系統及其分析方法

無效

• 申請號: 201110100630.2
• 申請日: 2011-04-21
• 公開（公告）號: CN102142064A
• 公開（公告）日: 2011-08-03
• 發明（設計）人: 石鐵流;李鵬
• 申請（專利權）人: 華東師范大學
• 主分類號: G06F19/12
• 分類號: G06F19/12
• 代理公司: 上海麥其知識產權代理事務所(普通合伙) 31257
• 代理人: 董紅曼

1.一種生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，包括：

在線分析模塊（1），其通過文獻數據接口（8）、數據庫（7）檢索節點對應的注釋信息和關系注釋信息，基于所述關系注釋信息進行擴展網絡；

離線分析模塊（2），其導入網絡數據文檔XML文件，初始化網絡信息，并進行有效性檢驗；?

網絡數據結構模塊（3），其根據所述在線分析模塊（1）或所述離線分析模塊（2）的分析結果構建網絡；

網絡排布模塊（4），其按照網絡排布算法，計算所述網絡數據結構模塊（3）構建的網絡中節點的初始位置，并輸出所述初始位置的坐標；

網絡展示模塊（5），其按照節點的展示屬性進行可視化修飾；

網絡分析模塊（6），其對網絡結構進行初始化分析，提供網絡擴展接口，提供在線注釋信息跳轉功能，提供按屬性網絡過濾功能；

數據庫（7），其提供數據支持；

文獻數據接口（8），其連接現有生物醫學類文獻資源數據挖掘類在線分析平臺，以獲取與節點對應的注釋信息與關系節點信息；

臨時數據表（9），其儲存所述在線分析模塊（1）、所述離線分析模塊（2）的分析結果；

數據輸出模塊（10），其輸出網絡參數數據、網絡分析結果和相關圖像文檔。

2.如權利要求1所述生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，所述在線分析模塊（1）包括：

分子節點集輸入模塊，其初始化節點信息；

生物學研究先驗信息模塊，其檢索節點對應的注釋信息、關系注釋信息，并基于關系注釋信息擴展網絡。

3.如權利要求2所述生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，所述節點信息包括蛋白質、基因、化合物的標準名稱、或數據庫別名稱。

4.如權利要求2所述生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，所述擴展網絡的約束條件為節點總數小于最大節點數；所述最大節點數為指定值，初始值為1500，網絡深度無限制；所述擴展網絡是采用廣度優先策略。

5.如權利要求1所述生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，所述離線分析模塊（2）包括：

XML數據輸入模塊，其導入網絡數據文檔XML文件，并初始化網絡信息；

自定義注釋類型模塊，其根據XML文檔中的網絡結構和注釋類型，指定注釋類型對應的展示屬性與分析屬性；

網絡檢驗模塊，其對網絡進行有效性檢驗。

6.如權利要求1所述生物分子網絡展示分析系統，其特征在于，所述數據庫（7）包括：

生物信息學核心數據庫，其儲存節點初始資料；所述節點初始資料包括序列信息、基礎功能注釋信息、ID轉換表；

二級數據庫，其儲存節點的注釋信息、特異注釋信息；所述注釋信息包括功能模塊注釋，三級結構；所述特異注釋信息包括突變表型，疾病表型；

本地管理維護數據庫，其儲存現有的生物信息學數據庫信息。

7.如權利要求1所述生物分子網絡展示分析系統的分析方法，其特征在于，包括在線展示分析方法和離線展示分析方法。

8.如權利要求7所述生物分子網絡展示分析系統的分析方法，其特征在于，所述在線展示分析方法包括如下步驟：

（1）：在分子節點集輸入模塊中，初始化節點信息；

（2）：在生物學研究先驗信息模塊中，通過文獻數據接口、本地管理維護數據庫檢索節點對應的注釋信息和關系注釋信息，基于關系注釋信息擴展網絡；

（3）：將步驟（2）檢索的結果放入臨時數據表；

（4）：在網絡數據結構模塊中，將所述臨時表中的數據按照無標度網絡模型構建網絡；

（5）：在網絡排布模塊中，按照初始化網絡排布算法計算節點的初始位置，并用數據輸出模塊輸出初始位置的坐標；

（6）：在網絡展示模塊中，對所述網絡進行元件可視化修飾；

（7）：在網絡分析模塊中，分析網絡結構；

（8）：數據輸出模塊以文件的形式輸出分析結果數據、圖像。