[發明專利]腫瘤個性化治療基因測評及套組方法

無效

• 申請號: 201110091967.1
• 申請日: 2011-04-13
• 公開（公告）號: CN102732600A
• 公開（公告）日: 2012-10-17
• 發明（設計）人: 郜恒駿;盛海輝
• 申請（專利權）人: 上海芯超生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，包括步驟：

1)提取受檢者樣本DNA；

2)對樣本DNA進行目的基因的PCR擴增、純化、片段化及熒光素標記，所述目的基因包括UGT1A1基因、MTHFR基因、TYMS基因、XRCC1基因、ERCC1基因、DPYD基因、ABCB1基因和GSTP1基因；

3)熒光素標記的PCR產物進行基因芯片雜交，檢測目的基因的SNP位點；

4)根據步驟3)得到的基因分型結果，分析受檢者對抗腫瘤藥物的療效和毒副作用。

2.如權利要求1所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述步驟2)中的UGT1A1基因rs8175347和rs4148323的引物是SEQ?ID?NO：1～2所示序列的引物、UGT1A1基因rs35350960的引物是SEQ?ID?NO：3～4所示序列的引物、MTHFR基因的引物是SEQ?ID?NO：5～6所示序列的引物、TYMS基因rs45445694的引物是SEQ?ID?NO：7～8所示序列的引物、TYMS基因rs11280056的引物是SEQ?ID?NO：9～10所示序列的引物、XRCC1基因的引物是SEQ?ID?NO：11～12所示序列的引物、ERCC1基因的引物是SEQ?ID?NO：13～14所示序列的引物、DPYD基因G62A的引物是SEQ?ID?NO：15～16所示序列的引物、DPYD基因T85C的引物是SEQ?ID?NO：15～16所示序列的引物、DPYD基因I543V的引物是SEQ?ID?NO：17～18所示序列的引物、DPYD基因IVS14-G1A的引物是SEQ?ID?NO：19～20所示序列的引物、ABCB1基因rs1045642的引物是SEQ?ID?NO：21～22所示序列的引物、ABCB1基因rs2032582的引物是SEQ?ID?NO：23～24所示序列的引物、GSTP1基因的引物是SEQ?ID?NO：25～26所示序列的引物。

3.如權利要求1所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述步驟2)中的片段化是將純化的PCR產物經測定濃度后，用DNase?I進行片段化；

所述熒光素標記是將片段化PCR產物利用脫氧核苷酸轉移酶在3’末端進行熒光素標記。

4.如權利要求1所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述步驟3)基因芯片的制備是將預先設計并合成好的探針通過接觸式點樣或噴墨式點樣點載到玻片或硅片材質的固相載體片基上，其中，探針是SEQ?ID?NO：27～SEQ?ID?NO：58所示序列的DNA探針。

5.如權利要求1或4所述的檢測芯片，其特征在于，所述探針為DNA、RNA、DNA-RNA嵌合體、PNA或其衍生物。

6.如權利要求2所述的引物，其特征在于，所述引物含有SEQ?ID?NO：1～SEQ?ID?NO：27所示序列的核苷酸鏈或其互補鏈。

7.如權利要求1所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述步驟3)目的基因的SNP位點包括：UGT1A1基因rs8175347、UGT1A1基因rs35350960、MTHFR基因C677T、TYMS基因rs45445694、TYMS基因rs11280056、XRCC1基因rs25487、ERCC1基因C118T、DPYD基因G62A、DPYD基因T85C、DPYD基因I543V、DPYD基因IVS14-G1A、ABCB1基因rs1045642、ABCB1基因rs2032582、GSTP1基因I105V。

8.如權利要求1所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述步驟4)中的基因分型結果根導入分析軟件對受檢者抗腫瘤藥物的療效進行評估。

9.如權利要求1或7所述的腫瘤個性化治療基因測評及套組方法，其特征在于：所述抗腫瘤藥物的療效評估標準：MTHFR?TT和TYMS基因3R/-6bp對氟類藥物療效佳；DPYD基因IVS14-1A、543V、29R或62A對氟類藥物毒副作用高；UGT1A1基因7R、rs35350960A或rs4148323A對CPT-11和依托泊甙毒性作用大；GSTP1基因Val/Val、XRCC1基因Arg/Arg和ERCC1基因CC對鉑類藥物敏感性好；ABCB1基因rs1045642-CC和rs2032582-CC對紫杉醇、長春新堿、阿霉素和蒽環霉素等藥物治療效果佳。