[發(fā)明專利]評(píng)價(jià)牛個(gè)體中與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力的基因標(biāo)記

無效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201110063514.8
• 申請(qǐng)日: 2011-03-16
• 公開（公告）號(hào): CN102465124A
• 公開（公告）日: 2012-05-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 高須賀晶子;渡邊敏夫;橫內(nèi)耕;龍?zhí)锝?/a>
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 社團(tuán)法人畜產(chǎn)技術(shù)協(xié)會(huì)
• 主分類號(hào): C12N15/11
• 分類號(hào): C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京北翔知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11285
• 代理人: 張廣育;姜建成

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及評(píng)價(jià)牛個(gè)體中與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力的標(biāo)記和使用該標(biāo)記的評(píng)價(jià)與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力的方法。

背景技術(shù)

牛的肉質(zhì)或帶骨肉重量是直接關(guān)系價(jià)格的經(jīng)濟(jì)性狀。尤其是，脂肪大理石紋被認(rèn)為是脂肪蓄積在肌肉組織內(nèi)的狀態(tài)，認(rèn)為脂肪呈霜狀又細(xì)又濃密地存在于其中是好的，它對(duì)柔軟度等肉質(zhì)有大的影響。對(duì)于如何評(píng)價(jià)與這種肉質(zhì)或帶骨肉重量相關(guān)的遺傳能力，是否有利于牛的改良，人們提出了根據(jù)育種值進(jìn)行的方法等，并正在使用。

人們認(rèn)為肉質(zhì)或帶骨肉重量是與多個(gè)基因相關(guān)的量的性狀。要是能夠鑒定出對(duì)肉質(zhì)或帶骨肉重量有較大影響的基因或基因組區(qū)域(QTL)，能夠判斷優(yōu)良的基因型，就可以在牛改良中對(duì)其進(jìn)行利用。

到目前為止，已經(jīng)報(bào)道了通過使用日本黑牛(黒毛和種)種雄牛的父方半親同胞的家系的QTL分析，發(fā)現(xiàn)在牛4號(hào)染色體上存在對(duì)脂肪大理石紋有影響的基因組區(qū)域(參照非專利文獻(xiàn)1)。此后，在其它的日本黑牛種雄牛中4號(hào)染色體上的相同區(qū)域發(fā)現(xiàn)了脂肪大理石紋QTL，通過單倍型比較和關(guān)聯(lián)分析，弄清楚了該QTL存在于46cM附近的3.7Mb的區(qū)域內(nèi)(參照非專利文獻(xiàn)2)。

現(xiàn)有技術(shù)文獻(xiàn)

【非專利文獻(xiàn)】

【非專利文獻(xiàn)1】Mizoguchi?et?al.(2006)Animal?Genetics?37，51-54

【非專利文獻(xiàn)2】Yokouchi?et?al.(2009)Animal?Genetics?40，945-951

發(fā)明內(nèi)容

發(fā)明要解決的問題

但是，實(shí)際上，由于不清楚究竟哪個(gè)遺傳信息承擔(dān)著優(yōu)良型遺傳性狀，因此在評(píng)價(jià)牛個(gè)體中與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力時(shí)，無法使用基因型等遺傳信息。

因此，本發(fā)明的目的在于提供評(píng)價(jià)牛個(gè)體中與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力的標(biāo)記和使用該標(biāo)記的評(píng)價(jià)與脂肪大理石紋相關(guān)的遺傳能力的方法。

用于解決問題的方法

本發(fā)明人通過詳細(xì)分析牛4號(hào)染色體上的影響脂肪大理石紋的基因組區(qū)域，發(fā)現(xiàn)位于牛pantophysin基因的5’上游域的SNP(單核苷酸多態(tài))中，S1部位(SNP27)中的SNP對(duì)脂肪大理石紋有影響，因此，含有S1部位且S1部位中的堿基是A的DNA可用作使脂肪大理石紋增加的基因標(biāo)記。此外，SNP29、SNP30、ARS-BFGL-NGS-20161、BTB-00183730、BTA-70505-no-rs各SNP與S1部位的SNP處于連鎖不平衡，而且，在S1部位的堿基為A的牛個(gè)體的肌肉間脂肪組織中，pantophysin基因的表達(dá)量相對(duì)變高，由此明了S1部位是QTL的責(zé)任SNP，從而完成了本發(fā)明。

這里，本說明書中所謂S1部位(SNP27)是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49100585位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)1中牛pantophysin基因外顯子1的5’上游側(cè)第718位的位置。

此外，SNP29是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49101189位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)1中牛pantophysin基因外顯子1的5’上游側(cè)第1322位的位置。

SNP30是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49101317位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)1中，牛pantophysin基因外顯子1的5’上游側(cè)第1450位的位置。

ARS-BFGL-NGS-20161(NCBI?AssayID：ss86290215)是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49036518位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)2中，牛pantophysin基因外顯子7的3’下游側(cè)第27348位的位置。

BTB-00183730(NCBI?Reference?SNP：rs43398415)是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49109714位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)3中，牛pantophysin基因的外顯子1的5’上游側(cè)第9847位的位置。

BTA-70505-no-rs(NCBI?Reference?SNP：rs41602690)是對(duì)應(yīng)于牛基因組序列(Btau4.0)4號(hào)染色體的第49147499位的位置，是對(duì)應(yīng)于序列號(hào)4中，牛pantophysin基因外顯子1的5’上游側(cè)第47632位的位置。