[發(fā)明專利]鑒定抗藥性分枝桿菌的方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201080064378.8
• 申請日: 2010-12-17
• 公開（公告）號: CN102947465A
• 公開（公告）日: 2013-02-27
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 托賓·J·赫利爾;詹姆斯·G·納多
• 申請（專利權(quán)）人: 貝克頓·迪金森公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京銀龍知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11243
• 代理人: 鐘晶;於毓楨

1.一種鑒定未突變分枝桿菌rpoB基因核心區(qū)存在的方法，包括：

(a)將核酸樣品與含有一組探針的組合物接觸，其中有至少四個探針是在允許rpoB探針與核心區(qū)雜交的條件下，特異性結(jié)合未突變rpoB基因核心區(qū)的rpoB探針，其中第一和第三rpoB探針用熒光供體基團(tuán)標(biāo)記，第二和第四rpoB探針用不同的熒光受體基團(tuán)標(biāo)記，其中rpoB探針與未突變rpoB基因核心區(qū)雜交以使得熒光受體基團(tuán)能夠接受來自于熒光供體基團(tuán)的能量轉(zhuǎn)移；以及

(b)分析當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射是否存在，其中，如果存在當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射，表明存在未突變的rpoB基因核心區(qū)；而如果當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射不存在或減少，表明不存在未突變的rpoB基因核心區(qū)。

2.一種鑒定分枝桿菌存在以及未突變分枝桿菌rpoB基因核心區(qū)存在的方法，包括：

(a)將核酸樣品與含有(i)分枝桿菌檢測探針，和(ii)一組探針的組合物接觸，其中有至少四個探針是在允許rpoB探針與核心區(qū)雜交以及檢測探針與互補(bǔ)分枝桿菌核酸序列雜交的條件下，特異性結(jié)合未突變rpoB基因核心區(qū)的rpoB探針，其中第一和第三rpoB探針用熒光供體基團(tuán)標(biāo)記，第二和第四rpoB探針用不同的熒光受體基團(tuán)標(biāo)記；其中rpoB探針與未突變rpoB基因核心區(qū)雜交以使得熒光受體基團(tuán)能夠接受來自于熒光供體基團(tuán)的能量轉(zhuǎn)移；以及

(b)分析雜交的檢測探針和當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射是否存在，其中，(i)存在雜交的檢測探針和存在當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射，意味著存在分枝桿菌和存在未突變的rpoB基因核心區(qū)；(ii)雜交的檢測探針不存在，以及當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射不存在或減少，意味著不存在分枝桿菌；(iii)雜交的檢測探針存在，以及當(dāng)兩個供體基團(tuán)將能量轉(zhuǎn)移到兩個受體基團(tuán)時所導(dǎo)致的熒光發(fā)射不存在或減少，意味著存在分枝桿菌，但不存在未突變的rpoB基因核心區(qū)。

3.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中分枝桿菌是結(jié)核分枝桿菌，非洲分枝桿菌，牛型分枝桿菌，牛型分枝桿菌卡介苗或田鼠分枝桿菌。

4.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中未突變rpoB基因核心區(qū)的存在表明分枝桿菌對利福平是敏感性的，而如果未突變rpoB基因核心區(qū)不存在表明分枝桿菌對利福平是耐藥性的。

5.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中該組探針進(jìn)一步包括至少與rpoB探針部分互補(bǔ)的封閉探針，以使得在不存在含有與rpoB探針雜交的核酸的核酸樣品時，封閉探針與rpoB探針雜交。

6.如權(quán)利要求5所述的方法，其中封閉探針含有淬滅基團(tuán)，其中該淬滅基團(tuán)淬滅rpoB探針上熒光供體基團(tuán)或熒光受體基團(tuán)上發(fā)射出來的熒光。

7.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中該組探針進(jìn)一步包括封閉探針，所述封閉探針與未突變rpoB基因核心區(qū)的核酸序列至少部分互補(bǔ)，其中當(dāng)rpoB探針不存在時，封閉探針與未突變rpoB基因核心區(qū)雜交，而當(dāng)未突變rpoB基因核心區(qū)存在的時候，該未突變rpoB基因核心區(qū)與rpoB探針而不與封閉探針進(jìn)行雜交。

8.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中至少一個rpoB探針包含自互補(bǔ)區(qū)域，當(dāng)含有雜交到rpoB探針的核酸的核酸樣品不存在的情況下，rpoB探針形成發(fā)夾環(huán)。

9.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中核心區(qū)包括81個核苷酸。

10.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中核酸樣品是從受試者中分離或獲得的。

11.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其中核酸樣品是從受試者的生物體液或組織中分離或獲得的。

12.如權(quán)利要求11所述的方法，其中受試者是人類。

13.如權(quán)利要求12所述的方法，其中生物體液或組織是支氣管肺泡灌洗液、支氣管灌洗液、咽喉分泌物、氣管吸出物、血液樣品、血清樣品、血漿樣品、骨骼樣品、皮膚樣品、軟組織樣品、腸道標(biāo)本、糞便樣品、生殖道樣品、母乳、淋巴樣品、腦髓液、肋膜液、痰樣品、尿樣品、鼻腔分泌物、眼淚、膽汁樣品、腹水樣品、膿水、滑膜液、玻璃體液、陰道分泌物、精液或尿道樣品。