[發明專利]基于體細胞獲得性重排的診斷方法

有效

• 申請號: 201080064162.1
• 申請日: 2010-12-16
• 公開（公告）號: CN102939389B
• 公開（公告）日: 2016-11-16
• 發明（設計）人: P·J·坎貝爾
• 申請（專利權）人: 基因組研究有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 左路

背景技術

個體化醫療保健是在未來5-10年中醫學的主要目標。為了達到這個目標需要許多進展，包括開發用于測量疾病負荷的靈敏的和特異的生物標志物。

例如，個性化癌癥醫學取決于個性化診斷的實施。由于癌癥其核心是由體細胞突變所驅動的，詳細的基因組篩查可能在推進個人的治療選擇中發揮核心作用。隨著用于癌癥的藥物和其他療法的范圍持續增長，存在對疾病負荷的靈敏的和特異的測量手段的不斷增長的迫切需要以指導治療方案。

在血液學惡性腫瘤中，存在通過針對頻發基因組重排的測定來常規定量殘留疾病水平。白血病與不要求全基因組篩查或開發患者特異性測定的特征性基因組重排相關的發現已使這成為可能。然而在實體瘤中，用于定量疾病負荷的方法較不靈敏和較不特異。常規地使用放射成像對患者分期，但只能檢測大于1厘米大小的顯而易見的病變，其已代表數百萬的癌細胞。血清標志物可以是有幫助的，例如針對前列腺癌的PSA，但對許多腫瘤類型是不可獲得的而且經常存在非特異性的問題。循環腫瘤細胞的免疫檢測是靈敏的，可在成千的正常細胞中檢測到低至一個腫瘤細胞，但其僅檢測血液中的細胞而且會導致對表達感興趣標志物的非惡性細胞的假陽性判斷。

腫瘤細胞在壞死或凋亡時釋放裸DNA進入血漿，而循環的游離DNA的水平與疾病負荷相關。這可以用于以一些預后值來監測癌基因中的腫瘤特異性點突變或表觀遺傳變化的水平。然而，在許多情況下源于腫瘤細胞的循環裸DNA的比例是0.01％或更低，而目前的在這一深度辨別單個突變堿基的方法是不能勝任的。因此，基于血漿DNA中點突變或表觀遺傳變化的現有的策略靈敏性差并缺乏特異性。

本發明解決疾病的檢測和監測的問題以支持個人化醫療方法。

發明概述

本發明涉及適合于監測疾病的方法，該方法包括：

a)鑒定與患者中的疾病狀態相關的體細胞獲得性基因組重排，其中通過對該患者的核酸的全基因組分析進行所述鑒定，和

b)監測含有所述基因組重排的核酸的水平變化，和/或定量含有所述基因組重排的核酸的水平，作為該患者中的疾病進展或嚴重性的標志物。

本發明還涉及適合于監測疾病的方法，該方法包含監測含有基因組重排的核酸的水平變化，和/或定量含有基因組重排的核酸的水平，其中該基因組重排是與患者中的疾病進展或嚴重性相關的體細胞獲得性突變，而其中已通過對該患者的核酸的全基因組分析進行該重排的鑒定。

本發明另一方面涉及醫學治療的方法，其包括根據本發明監測患者以及然后在必要的情況下額外地用適合的療法治療患者或改變治療或停止治療的步驟，其取決于由包含基因組重排的核酸的存在或水平所指示的疾病的嚴重性或進展。

本發明另一方面涉及患者特異性基因組重排作為該患者的疾病進展的生物標志物的用途，其中所述基因組重排是體細胞獲得性突變。

本發明另一方面涉及評估治療的效力的方法，該方法包含：

i)鑒定與患者中的疾病狀態相關的體細胞獲得性基因組重排，其中通過對該患者的核酸的全基因組分析進行所述鑒定，和

ii)監測含有所述基因組重排的核酸的水平變化，作為該患者中的疾病進展或嚴重性對治療的反應的標志物，從而評估所述治療的效力。

附圖簡述

圖1顯示在血漿DNA中基因組重排的定量檢測

圖2顯示系列樣品的分析

發明詳述

本發明大體上涉及通過對患者的核酸的全基因組分析檢測該患者的核酸中與疾病狀態相關的重排。現在可獲得的技術使得可以跨越基因組對組織樣品中的核酸斷裂點定位。一旦已鑒定到對患者適合的核酸重排生物標志物，可以通過監測患者體內的含有所述斷裂點的核酸的水平隨時間的增加或降低來追蹤疾病進展。如果所述含有重排的核酸能夠在血液或血漿中被檢測出，那么可以對血液或血漿取樣以方便地監測疾病進展。一旦通過重排生物標志物水平評估的疾病進展已經惡化或逆轉或未能檢測到，可以停止對患者疾病的治療。如果通過重排生物標志物的水平評估的疾病負荷沒有減少，可以修改或終止治療方案。也可以評估不同治療的效果和由此而來的適合性。

本發明的方法也可以用于確定是否發生復發，從而如果必要的話重新開始治療。

在癌癥的實例中，重排的篩查潛在地適用于其中可以獲取診斷樣品用于基因組篩查的所有腫瘤類型。大多數實體瘤的患者在其治療過程中經歷活檢或完全手術切除其癌癥，意味著對腫瘤DNA的獲取通常是可以實現的。以我們目前的經驗，超過99％的所分析的樣品(覆蓋眾多腫瘤類型)具有至少一種可鑒定的腫瘤特異性的基因組重排。

因此，在第一方面本發明涉及確定疾病的進展的方法，該方法包含