[發(fā)明專利]從復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中識別模塊化結(jié)構(gòu)的方法和工具

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201080051364.2
• 申請日: 2010-10-21
• 公開（公告）號: CN102667710A
• 公開（公告）日: 2012-09-12
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 王瑞;陳星原;李化常
• 申請（專利權(quán)）人: 北京華金瑞清生物醫(yī)藥技術(shù)有限公司
• 主分類號: G06F7/00
• 分類號: G06F7/00
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種從復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中鑒定模型結(jié)構(gòu)的方法，其使用一個具有一個CPU和一個并行處理設(shè)備的計算系統(tǒng)，該方法的特征是，

通過CPU上的一個數(shù)據(jù)讀取工具讀取任務(wù)數(shù)據(jù)，其中任務(wù)數(shù)據(jù)包括復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點，具有指示節(jié)點間關(guān)系數(shù)值的邊緣，以及復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中任務(wù)被執(zhí)行的任務(wù)參數(shù)。

通過CPU上的一個確定工具確定任務(wù)模塊，從而根據(jù)任務(wù)數(shù)據(jù)從一套分別指示著一個特定進程的預(yù)設(shè)子模塊中分配子任務(wù)進程，這些子任務(wù)進程將會分別由并行處理設(shè)備上的多重并行處理器中執(zhí)行，并將任務(wù)模塊轉(zhuǎn)換到CPU上的第一界面。

通過第一界面將任務(wù)模塊轉(zhuǎn)換到并行處理設(shè)備上的第一前端。

通過第一前端將任務(wù)模塊傳遞給并行處理設(shè)備上的程序匯編工具。

由程序匯編工具產(chǎn)生子任務(wù)進程，這些子任務(wù)進程能被多重并行處理器從任務(wù)模塊中讀取，并將這些子任務(wù)進程分配給多重并行處理器。

由CPU上的發(fā)報機工具根據(jù)多重并行處理器將任務(wù)數(shù)據(jù)分為多重數(shù)據(jù)子集。

由CPU上的第二界面將多重數(shù)據(jù)子集轉(zhuǎn)換到并行處理設(shè)備上的第二前端。

由第二前端分別將多重數(shù)據(jù)子集傳遞給多重并行處理器。

由多重并行處理器分別平行執(zhí)行子任務(wù)進程，其中這些子任務(wù)進程是由程序匯編工具根據(jù)數(shù)據(jù)子集分配的，來獲得平行結(jié)果。

以及由分類工具處理平行結(jié)果來獲得復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的模型結(jié)構(gòu)。

2.權(quán)利要求1所述的方法，其中的并行處理設(shè)備是一個圖表處理器，其分布于局域網(wǎng)或萬維網(wǎng)。

3.權(quán)利要求1所述的方法，其中的任務(wù)模塊包括圖表搜索子模塊和中間值子模塊的組合，或最短路徑子模塊和中間值子模塊的組合。

4.權(quán)利要求1所述的方法，其中的節(jié)點代表不同的基因或蛋白，數(shù)值代表這些節(jié)點間的特定相互作用。

5.權(quán)利要求1所述的方法，其中的節(jié)點代表一個團體中的不同成員，數(shù)值代表這些節(jié)點間的特定關(guān)系。

6.權(quán)利要求1所述的方法，其進一步的特征是，

由CPU上的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)工具提取復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，這些網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)包括節(jié)點和有數(shù)值的邊緣。

以及由CPU上的數(shù)據(jù)儲存工具將復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)作為任務(wù)數(shù)據(jù)的一部分進行儲存。

7.權(quán)利要求1所述的方法，其中的模型結(jié)構(gòu)是由多重的團體組成，這些團體各自分別含有緊密相關(guān)的節(jié)點。

8.一套從復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中鑒定模型結(jié)構(gòu)的工具，其使用的是一個具有一個CPU和一個并行處理設(shè)備的計算系統(tǒng)，該工具的特征是，

位于CPU上的數(shù)據(jù)讀取工具，用于讀取任務(wù)數(shù)據(jù)，這些任務(wù)數(shù)據(jù)包括復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點，具有指示節(jié)點間相互關(guān)系數(shù)值的邊緣，以及復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中執(zhí)行一個任務(wù)的任務(wù)參數(shù)。

位于CPU上的模塊儲存工具，用于儲存一套預(yù)設(shè)的子模塊，這些子模塊各自指示著一個特殊的進程。

位于CPU上的確定工具，用于確定任務(wù)模塊，從而根據(jù)任務(wù)數(shù)據(jù)從一套分別指示著一個特定進程的預(yù)設(shè)子模塊中分配子任務(wù)進程，這些子任務(wù)進程將會分別由并行處理設(shè)備上的多重并行處理器中執(zhí)行。

位于CPU上的第一界面，用于接收由確定工具轉(zhuǎn)換而來的任務(wù)模塊。

位于CPU上的發(fā)報機工具，用于根據(jù)多重并行處理器將任務(wù)數(shù)據(jù)分為多重數(shù)據(jù)子集。

位于CPU上的第二界面，用于接收由發(fā)報機轉(zhuǎn)換而來的任務(wù)數(shù)據(jù)。

位于并行處理設(shè)備上的第一前端，其連接著第一界面，用于接收由第一界面轉(zhuǎn)換而來的任務(wù)模塊。

位于并行處理設(shè)備上的程序匯編工具，用于接收由第一前端傳遞過來的任務(wù)模塊，產(chǎn)生能被多重并行處理器從任務(wù)模塊中讀取的子任務(wù)進程，以及分配這些子任務(wù)進程到多重并行處理器。

位于并行處理設(shè)備上的第二前端，其連接著第二界面，用于接收來自于第二界面的多重數(shù)據(jù)子集，并將這些多重數(shù)據(jù)子集分別傳遞給多重并行處理器。

多重并行處理器，用于分別平行執(zhí)行子任務(wù)進程，這些子任務(wù)進程是由程序匯編工具根據(jù)數(shù)據(jù)子集分配形成的，獲得平行結(jié)果。

以及分類工具，用于處理平行結(jié)果，獲得復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的模型結(jié)構(gòu)。

9.權(quán)利要求8所述的工具，其中的并行處理設(shè)備是一個圖表處理器，其分布于局域網(wǎng)或萬維網(wǎng)。

10.權(quán)利要求8所述的工具，其中的任務(wù)模塊包括圖表搜索子模塊和中間值子模塊的組合，或最短路徑子模塊和中間值子模塊的組合。