[發(fā)明專利]基因座的拷貝數(shù)分析

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201080051034.3
• 申請日: 2010-11-12
• 公開（公告）號: CN102597272A
• 公開（公告）日: 2012-07-18
• 發(fā)明（設(shè)計）人: V·R·埃克麥弗;B·亨德里克森;T·肖勒
• 申請（專利權(quán)）人: 艾索特里克斯遺傳實(shí)驗(yàn)室有限責(zé)任公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12P19/34;G01N33/48
• 代理公司: 中國國際貿(mào)易促進(jìn)委員會專利商標(biāo)事務(wù)所 11038
• 代理人: 殷駿

1.分析目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)的方法，所述方法包括：

(a)提供多個生物樣本，每一個單個生物樣本包含目標(biāo)基因座和一個或多個具有已知拷貝數(shù)的參照基因座；

(b)進(jìn)行多個生物測定，其中每一個單個生物測定分析每一個單個生物樣本中的目標(biāo)基因座和一個或多個參照基因座并產(chǎn)生可檢測信號，以便目標(biāo)基因座與一個或多個參照基因座的可檢測信號的水平與它們各自的拷貝數(shù)相關(guān)；

(c)基于多個生物測定來確定針對一個或多個參照基因座標(biāo)準(zhǔn)化的目標(biāo)基因座的多個拷貝數(shù)估值；和

(d)評估拷貝數(shù)估值的質(zhì)量和/或拷貝數(shù)調(diào)用的統(tǒng)計置信度，從而確定是否能產(chǎn)生目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)調(diào)用。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述目標(biāo)基因座包括基因或其部分。

3.權(quán)利要求2的方法，其中所述基因或其部分包括運(yùn)動神經(jīng)元生存蛋白1(SMN1)的外顯子。

4.權(quán)利要求1的方法，其中一個或多個參照基因座選自由SMARCC1和SUPT5H組成的組。

5.權(quán)利要求3的方法，其中SMN1的外顯子為外顯子7。

6.前述權(quán)利要求的任一項(xiàng)的方法，其中步驟(b)的生物測定是擴(kuò)增目標(biāo)基因座和一個或多個參照基因座的實(shí)時PCR測定。

7.權(quán)利要求6的方法，其中所述可檢測信號為熒光信號，并且其中在每一個擴(kuò)增循環(huán)檢測所述目標(biāo)基因座或一個或多個參照基因座的熒光信號水平。

8.權(quán)利要求7的方法，其中步驟(c)包括步驟：

(i)確定每一個單個生物樣本中目標(biāo)基因座與一個或多個參照基因座達(dá)到預(yù)定的熒光信號水平所需的循環(huán)次數(shù)的差異(ΔCti);

(ii)產(chǎn)生反映正常目標(biāo)基因座與一個或多個參照基因座之間的差異的校準(zhǔn)器和

(iii)通過將在步驟(i)中確定的循環(huán)次數(shù)的差異ΔCti針對校準(zhǔn)器標(biāo)準(zhǔn)化確定每一個單個生物樣本中目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)估值。

9.權(quán)利要求8的方法，其中步驟(i)包括首先測量目標(biāo)基因座和一個或多個參照基因座的每一個達(dá)到預(yù)定熒光信號水平所需的循環(huán)次數(shù)(Cti)。

10.權(quán)利要求8的方法，其中所述校準(zhǔn)器是通過多個生物樣本的目標(biāo)基因座與一個或多個參照基因座之間的ΔCti的修剪均數(shù)定義的。

11.權(quán)利要求8-10的任一項(xiàng)的方法，其中每一個單個生物樣本的目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)估值是在線性標(biāo)度上確定的。

12.權(quán)利要求8-10的任一項(xiàng)的的方法，其中每一個單個生物樣本的目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)估值是在對數(shù)標(biāo)度上確定的。

13.前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)估值的質(zhì)量是基于針對一個或多個參照基因座產(chǎn)生的數(shù)據(jù)的質(zhì)量來評估的。

14.前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中所述統(tǒng)計置信度是通過確定測量置信度和/或調(diào)用置信度來評估的。

15.權(quán)利要求1的方法，其中在步驟(b)中進(jìn)行的生物測定是重復(fù)的。

16.權(quán)利要求15的方法，其中拷貝數(shù)調(diào)用的統(tǒng)計置信度是通過計算重復(fù)生物測定的測量置信度和基于多個拷貝數(shù)估值的調(diào)用置信度來確定的。

17.權(quán)利要求15的方法，其中步驟(d)包括：如果調(diào)用置信度小于預(yù)定閾值，則確定不能產(chǎn)生目標(biāo)基因座的拷貝數(shù)調(diào)用。

18.檢測與目標(biāo)基因的異常拷貝數(shù)相關(guān)的疾病或其攜帶者的方法，所述方法包括

(a)提供多個包含至少一個獲自目標(biāo)個體的生物樣本的生物樣本；

(b)對多個生物樣本的每一個進(jìn)行多個重復(fù)生物測定以分析目標(biāo)基因和一個或多個具有已知拷貝數(shù)的參照基因，其中多個重復(fù)生物測定的每一個產(chǎn)生可檢測信號，以便目標(biāo)基因與一個或多個參照基因的可檢測信號的水平與它們各自的拷貝數(shù)相關(guān)；

(c)確定針對一個或多個參照基因標(biāo)準(zhǔn)化的目標(biāo)基因的拷貝數(shù)估值；和

(d)評估目標(biāo)個體的拷貝數(shù)估值的質(zhì)量和/或拷貝數(shù)調(diào)用的統(tǒng)計置信度，從而確定是否能產(chǎn)生個體的目標(biāo)基因的拷貝數(shù)調(diào)用。

19.權(quán)利要求18的方法，其還包括確定個體是否患有或處于發(fā)生疾病的風(fēng)險中，或個體是否為所述疾病的攜帶者。