[發明專利]粗基質中的核酸的檢測

在審

• 申請號: 201080042456.4
• 申請日: 2010-09-24
• 公開（公告）號: CN102666872A
• 公開（公告）日: 2012-09-12
• 發明（設計）人: 尼爾·A·阿姆斯
• 申請（專利權）人: 艾利爾圣迭戈公司
• 主分類號: C12P19/34
• 分類號: C12P19/34
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100
• 代理人: 徐關壽

相關申請案交叉參考

本申請案主張于2009年9月25日提出申請的美國專利公開案第61/245,758號的優先權，所述案件的全部內容以引用方式并入本文中。

技術領域

本揭示內容涉及通過擴增方法檢測粗基質中的核酸。

背景技術

等溫擴增方法能夠使核酸靶標在幾分鐘內以特異性方式從痕量水平擴增到極高且可檢測水平。所述等溫方法(例如重組酶聚合酶擴增(RPA))可使基于核酸的診斷的應用擴大到例如重點照護測試與現場和消費者測試(field?and?consumer?testing)等新興領域。所述技術的等溫和寬溫度范圍可允許用戶避免使用復雜的需求電力的儀器。

發明內容

本發明至少部分是基于以下發現：可不進行核酸提取和/或純化在粗基質中檢測各種病原性有機體。使用粗基質不進行核酸提取和/或純化可為上述等溫核酸擴增方法的優點增加簡單試樣制備的優點。在一些情形下，簡單處理(例如堿裂解或裂解酶處理)對于檢測即足夠。在一些其它情形下，可以高敏感性檢測有機體的靶核酸序列，而無利用常規裂解溶液預處理試樣的任何需要。相反，使試樣與等溫擴增反應接觸可足夠以高敏感性檢測有機體。

在一個方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：使粗基質與靶核酸物質的等溫核酸擴增反應的組份接觸，由此提供混合物；在足以進行等溫核酸擴增反應的條件下培育所述混合物，由此提供產物；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在另一方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：使粗基質與靶核酸物質的核酸擴增反應的組份接觸，由此提供混合物；將所述混合物在低于95℃(例如，低于90℃、低于85℃、低于80℃、低于75℃、低于70℃、低于65℃、低于60℃、低于55℃、低于50℃、低于45℃或低于40℃)的溫度下維持足以進行核酸擴增反應的時間，由此提供產物；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在另一方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：使粗基質與靶核酸物質的核酸擴增反應的組份接觸，由此提供混合物；將所述混合物的攝氏溫標溫度改變小于30％(例如，小于25％、小于20％、小于15％、小于10％或小于5％)或小于20℃(例如，小于15℃、小于10℃、小于5℃、小于2℃或小于1℃)達足以進行核酸擴增反應的時間，由此提供產物；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在另一方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：實施混合物的等溫反應以提供產物，所述混合物包含粗基質和靶核酸物質的核酸擴增反應的組份；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在另一方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：使混合物在最高80℃(例如，最高75℃、最高70℃、最高65℃、最高60℃、最高55℃、最高50℃、最高45℃或最高40℃)的溫度下反應以提供產物，所述混合物包含粗基質和靶核酸物質的核酸擴增反應的組份；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在另一方面中，本揭示內容的特征在于包括以下的方法：使混合物反應，同時將混合物的攝氏溫標溫度改變至多30％(例如，至多25％、至多20％、至多15％、至多10％或至多5％)或至多20℃(例如，至多15℃、至多10℃、至多5℃、至多2℃或至多1℃)以提供產物，所述混合物包含粗基質和靶核酸物質的核酸擴增反應的組份；和確定所述產物中是否存在所述靶核酸物質的指示物。

在上述方面的一些實施例中，粗基質包括生物試樣，例如血液、尿、唾液、痰、淋巴、血漿、精液、肺吸出物和腦脊液中的至少一者。在一些實施例中，生物試樣包括至少一種選自由以下組成的群組的試樣：咽拭子、鼻拭子、陰道拭子或直腸拭子。在一些實施例中，生物試樣包含活檢試樣。

在上述方面的一些實施例中，粗基質未經受裂解處理。

在上述方面的一些實施例中，粗基質未用離液劑、洗滌劑或裂解酶制劑處理。

在上述方面的一些實施例中，粗基質未經受高溫(例如，80℃或更高、85℃或更高、90℃或更高或95℃或更高)熱處理步驟。

在上述方面的一些實施例中，粗基質未經受裂解處理且靶核酸物質是葡萄球菌(例如，金黃色葡萄球菌或耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌(MRSA))核酸。

在上述方面的一些實施例中，粗基質未經受裂解處理且靶核酸物質是支原體核酸。